《孫子兵法》在孫武晉見吳王闔閭時就已經成形，隨後又增加了他在吳國的戰爭經驗，從而更加完備了。從現存的漢、唐、宋古籍對《孫子兵法》的證引來看，就有好幾種不同的抄本。銀雀山出土的漢簡《孫子兵法》是我們所能看到的最古的抄本了，其中《形篇》就有文字不盡相同的甲乙兩個寫本。
在西漢中期以前，《孫子兵法》13篇是獨立而完整的。《史記》在孫武列傳中這樣寫道，吳王闔閭對孫武說：“子之十三篇，吾盡觀之矣。”漢簡《孫子兵法·見吳王》中，兩次提到“十三扁（篇）”，可見《史記》的記載並非虛妄之談。
可是，西漢末年劉向《七錄》則稱《孫子兵法》三卷。不說“十三篇”而說“三卷”，可能是由於從簡策變為帛書的緣故。而晚於《史記》100多年的《漢書·藝文誌·兵權謀》卻記載為《孫子兵法》82篇，圖9卷。為什麼會出現這種篇帙劇增的情況呢？
清朝學者畢以珣在《孫子敘錄》中正確地指出了這一篇帙驟增的原因。他悅：82篇中，除了孫武見闔閭以前所作的13篇外，其餘69篇都是孫武的佚文。這69篇佚文，大部分已失傳了。但是畢以珣還是從古籍中輯錄到一些佚文。都收在《孫子敘錄》中。他指出，這些佚文“其一為《問答》若幹篇，既見闔閭所作，即諸傳記所引遺文是也。一為《八陣圖》，鄭玄注《周禮》引之是也。一為《兵法雜占》。《太平禦覽》所引是也。外又有《牝牡八變陣圖》、《戰鬥六甲兵法》，俱見《隋經籍誌》。又有《三十二壘經》見《唐藝文誌》”。他的判斷和證明是正確的。漢簡《孫子兵法》下編中的《吳問》、《四變》、《黃帝伐赤帝》、《地形二》，都是13篇以外的佚文或者後人的注釋。
恢複13篇原型的工作，是由軍事家曹操完成的。他把13篇以外的69篇另編為《續孫子兵法》二卷。在《隋書·經籍誌》和《新唐書·藝文誌》中都有著錄，大概在唐以後才失傳。
不料曹操恢複13篇本來麵目的工作，到了唐代卻引起了詩人社牧的誤會。他居然認為：孫子的書原來有十幾萬字，被曹操“削其繁剩，筆其精切”，提煉出隻剩6000多字的13篇。對於杜牧的這一誤會，曆史學家大部予以批駁。例如，畢以珣指出：“孫子十三篇者，出於手定，《史記》兩稱之，而杜牧以為魏武筆削所成，誤矣。”但更有甚者的是，宋朝梅堯臣、陳振孫、葉適等人，竟公開否認《孫子兵法》是孫武所著。
另外，由於《孫臏兵法》自隋朝以後失傳，在清代以來的中外學者中便出現了各種各樣的猜測。有說孫武與孫臏是一個人的，有說《孫子兵法》與《孫臏兵法》是一本書的，有說曆史上根本就不存在孫武其人的，《孫子兵法》就是孫臏所作的，甚至竟有人說《孫子兵法》的作者就是曹操等等。終於由於《孫子兵法》與《孫臏兵法》的同時出土和1978年7月，青海大通縣上孫家寨西漢木簡《孫子兵法》的出土，使這些籠罩在《孫子兵法》一書上的迷霧煙消雲散了。
目前，仍有少數人以《孫子兵法》中所言的作戰方式、戰爭規模以及某些軍事製度方麵的內容為依據，認定其書隻能成書於戰國中期或後期，而不可能出現在春秋末年。這是不符合曆史事實的。我們認為《孫子兵法》一書成於春秋末期，其主要根據是：
目前，仍有少數人以《孫子兵法》中所言的作戰方式、戰爭規模以及某些軍事製度方麵的內容為依據，認定其書隻能成書於戰國中期或後期，而不可能出現在春秋末年。這是不符合曆史事實的。我們認為《孫子兵法》一書成於春秋末期，其主要根據是：有130多個國家，在戰爭頻繁、相互兼並的過程中，出現了齊、晉、秦、楚、宋（其實宋並不強大）五個強國，它們相互爭雄，蹂躪弱小，壓迫近鄰，在孫武以前的約200年時間，大小戰爭共發生了三四百次，有政治鬥爭（主要表現爭霸、尊周等問題上），有經濟鬥爭（主要反映在通商關係，以及以經濟手段吸取他國財富上），有外交鬥爭（主要表現在聯合、反聯合，或保護對方，爭取自己的勢力範圍上），有軍事鬥爭（戰場上的兵戎相見，產生了多種多樣的作戰藝術），《孫子兵法》正是總結這些鬥爭實踐的產物。