接下來，拿破侖就要帶著勢如破竹、所向披靡的法軍，去懲罰他隱忍至今的意大利教皇了。
（三）
意大利教皇庇護六世對法國革命一向懷有刻骨的仇恨，他還將曾經鎮壓保王黨的拿破侖視為魔鬼。為此，他積極幫助奧地利抗擊法國。如今，拿破侖向他複仇來了。
盡管驚恐萬分的教士們號召人們為祖國和信仰而戰鬥，但臨時拚湊起來的隊伍根本不是拿破侖那支鋼鐵之軍的對手。拿破侖未發一彈，僅僅憑借法軍的強大威懾力，就令他們紛紛自動投降了。敗局已定，教皇隻能無奈地向拿破侖求和。
1797年2月19日，雙方在托倫蒂諾簽訂和約。和約規定：教皇不再支持奧軍，將波倫亞、費拉拉、羅巴格納和安科納等教皇屬地割讓給法國；賠償法國3000萬法郎；交出博物館中最好的油畫和塑像。
現在，拿破侖已經是整個意大利北部的主人了，隻有威尼斯領土除外。威尼斯使節前來要求保持中立，拿破侖答應了他們的請求。隨即，拿破侖在阿迪傑河畔各城鎮留下若幹守軍監視威尼斯的中立，自己則率軍直驅奧地利的首都維也納。
奧地利宮廷立即組織大軍，這次奧地利任命的指揮官是一位年輕有為的將領——奧地利國王的弟弟查理大公。查理大公曾在萊茵戰役中挫敗兩位戰爭藝術大師儒爾當將軍和莫羅將軍。此時，奧地利帝國最後一線希望全部寄托在他的身上了。
為阻止法軍從意大利進入奧地利，查理大公扼守要道，在塔利亞曼托河對岸、崎嶇的卡林西亞山前嚴密布防。拿破侖在了解了奧軍的部署後，立即派馬塞納師前往奧軍盧津揚師堅守的皮亞河一帶，衝擊奧軍的側翼，自己則從正麵進攻查理大公。英勇善戰的馬塞納很快就擊退了盧津揚，驅散了奧軍的側翼。
3月12日，拿破侖成功渡過塔利亞曼托河。2小時後，拿破侖率領的法軍以排山倒海之勢衝向奧軍。
查理大公的部隊雖然也表現英勇，但與拿破侖的部隊相比還是差了一大截。無奈之下，查理大公隻得撤退，法軍攻占了格拉迪斯卡，俘虜奧軍5000餘人。
幾天後，拿破侖又占領了利亞斯特、阜姆以及卡林西亞地區的每一處堅強據點。此後，查理大公雖竭力保衛每一寸土地，但始終未能恢複在塔利亞曼托河慘敗所傷的元氣，不得已隻能退往維也納。
絕望之間，查理大公得到情報稱，提羅爾邊界的奧軍司令勞頓將軍已率軍下馳，憑借優勢兵力擊退了拿破侖設在阿迪傑河上遊的代理司令官，占領了整個提羅爾及倫巴第若幹城鎮。威尼斯參議會獲悉奧軍獲勝，終於鼓起勇氣拋開他們的中立立場，對法宣戰。
隨後，威尼斯軍隊越過邊界，截斷了拿破侖從後方獲得補給的路線。查理大公決定趁機與拿破侖決一死戰。
此時的法軍正向維也納推進，維也納皇宮中的人整天心驚膽戰，擔心哪一天成了拿破侖的俘虜，奧地利國王弗朗西斯二世已經準備向法國請求議和。
拿破侖一心想將法蘭西共和國的國旗插上維也納的城頭，因此他上書督政府，請求支援。但督政府並沒有答應拿破侖的請求，並告訴拿破侖，他們已經同意奧皇的議和請求。拿破侖不得不暫停進攻。
4月2日，法軍馬塞納部的前衛進入施蒂裏亞省，在此穿過謝弗林和猶登堡向穆爾河穀挺進。到4月4日，奧軍的抵抗完全停止。4月9日，馬塞納部經累歐本到達布魯克，此地距離維也納隻有92英裏。
眼看大勢已去，查理大公派出代表與拿破侖會晤，爾後雙方達成了一項休戰協定。4月18日，雙方草簽了一項和約，戰爭以拿破侖的勝利而告終。
拿破侖自累歐本回師後，毫不留情地報複了出爾反爾的威尼斯。他派兵占領了威尼斯，並改組其政府，還向威尼斯索取了300萬法郎的黃金、300萬法郎海軍物資、5艘戰艦、20幅最精美的油畫和500部珍貴的原稿。自此，威尼斯的獨立地位再也不存在了。
6月29日，拿破侖宣布在意大利北部以倫巴第為中心成立阿爾卑斯共和國。在這裏，他廢除了奧地利的一套政府機構，組成了市政府和國民自衛軍。這個仿效法蘭西政體的共和國版圖北起阿爾卑斯山脈，南至裏米尼，西迄提契諾河，東達明橋河，成為法蘭西有力的同盟國。