並派沈葆楨帶率領輪船軍隊，以巡閱為名，前往台灣生番一帶察看，“不動聲色，相機籌辦”。李鶴年5月11日的強硬照會，與稍後的上諭精神完全一致。英、法、美諸國也均照會清廷，表示對日本的行為不予支持。
但李鶴年顯然仍對領土主權為何物不甚了然。其稍後的一道奏章又回到了天下觀裏“番地不屬界內”的老調：“惟念邊釁易開不易弭，番地腹地，究有區分，如果倭兵擾入台灣腹地，自當督飭鎮道鼓勵兵團，合力堵剿。若僅以戕殺琉球難民為名。與生番複仇，惟當按約理論，不遽聲罪致討，以免釁開自我。”
這種“番地”、“腹地”的區分，難免又被日本曲解成番地無主。故而，總理衙門於6月5日再次發布上諭，嚴厲強調：“番地雖居荒服，究隸中國版圖，其戕害日本難民，當聽中國持平辦理，日本何得遽爾興兵，侵軼入境。若謂該國僅與生番尋仇，未擾腹地，遂聽其蠻觸相爭，必為外國所輕視，更生覬覦。釁端固不可開，體製更不可失。該督惟當按約理論，阻令回兵，以敦和好，不得以番地異於腹地，聽其肆意妄為也。”
天下觀裏的“番地”、“腹地”概念必須服從於世界觀下的領土主權。這是清廷對台灣是中國領土的最清晰表述，對之後挫敗日軍侵台，起到了最關鍵的作用。
事情最終捅到總理衙門。會商之後，總理衙門並未否定閩浙地方的交涉措辭，但同時密函指示閩浙各相關官員，特意強調了台灣生番地區的版圖歸屬問題：“告以生番雖非法律能繩，其地究係大清地麵，與該國領事等辯論，仍不可露出非中國版圖之說，以致洋人生心”。
在總理衙門的政治話語體係裏：1、台灣“生番”地區屬於大清地麵，是大清疆土無疑。
2、“生番”未歸“王化”，中國法律無法管轄“生番”。這兩者是可以並存不悖的，後者並不是對前者的否定。前者近似於近代西方的領土主權聲明，後者則是基於傳統中國的天下觀。
在傳統的天下觀體係中，總綱乃是普天之下，莫非王土，曆代中央王朝自視為文明的中心。自中心向外輻射，依照開化程度的不同，存在著不同的層級。
依次包括：世居其地，為國守疆的番、苗、夷及地方土司；
代守門戶、納貢稱臣的四裔藩屬；
藩屬之外，則是未知之地。其經典描述則是：大清居天下之中，四夷居天下之偏。中國與夷蠻戎狄五方之民共為“天下”、同居“四海”。這種“天下觀”裏沒有具體的領土主權界限，一切視“文明開化”程度而定。
柳原前光提出：“貴國台灣之地，貴國所施治者僅及該島之半，其東部土番之地，貴國全未行使政權，番人仍保持獨立狀態。前年冬我國人民漂流至該地，遭其掠殺，故我國政府將遣使問罪。”
總理衙門大臣毛昶熙回答說：“番民之殺琉民，既聞其事。夫二島俱我屬土，屬土之人相殺，裁決在我。我恤琉人，自有措置，何預貴國事而煩過問？”
柳原前光爭辯說，琉球已為日本的國土，清政府應懲罰殺害琉球人的番民。
毛昶熙說：“殺人者皆生番，故且置化外。皆不服王化。”
柳原前光說：“生番害人，貴國舍而不治，我卻將問罪島人。”
大清政府對於日本的抗議置之不理，理由很簡單，琉球和台灣均是大清的藩屬國，不需要日本來說三道四。
而日本一無所得便懷恨在心，想要報仇雪恨，日本內閣已製定入侵台灣的計劃，尚比大清早兩年購買英國建造的兩艘巡洋艦，建立起現代化海軍。日本正在厲兵秣馬，也在韜光養略蒙蔽大清帝國時刻，大清卻突然橫空出世一個理財能臣李國樓，全力打造新思想構築的大清帝國。這讓日本內閣驚恐，在柳原前光策劃之下，一場刺殺欽差大臣李國樓的行動已經悄然展開。