盡管接到了柳川氏的舉報，但德川幕府沒有立即采取行動，而是將事件擱置近兩年，延至大明崇禎五年五月，將軍德川家光指令幕府聽取雙方的主張，但是依然沒有做出任何判決。
崇禎六年十月德川家光上洛後，指令老中土井利勝和鬆平信綱審理柳川一件，十一月中旬委派上使前往對馬藩調查事件經緯，同時禁止對馬島派遣赴朝使船。
崇禎七年二月，也就是今歲二月，德川家光將宗氏和柳川氏雙方二十餘人招至江戶舉行對質審理，德川家光認為宗義成年少，與國書篡改無關，而柳川氏獨斷對朝外交，因此國書篡改之責在柳川氏而非藩主宗氏。
三月十一日，德川家光裁定宗義成無罪，柳川調興及其同夥有罪，將柳川調興流配津輕，調興之家臣鬆尾智保等斬首，以“日本國王使“名義出使朝鮮的規伯玄方和宗智順流配奧羽。
三月十四日，德川家光再次召見宗義成，確認其無罪並責令宗氏盡快請來朝鮮通信使。同時指示將事件處理結果通報朝鮮，明確今後由對馬藩宗氏全權主持日本對朝鮮的外交。
德川家光在此事件後，還終止此前因德川家康和德川秀忠褒獎對馬藩交涉議和複交之功，而特許宗氏不必按常規參覲交代的特例，加強了對馬藩的監管和控製。
今歲宗義成雖然逃過一劫，但被幕府監管、控製得極嚴，再也不敢更改對朝鮮的外交文書和禮物，直接導致此前略有緩和的倭朝關係又開始惡化。
特別是李倧上台後，對倭國使臣更是愛答不理的。今歲四月初，倭國使臣再次從對馬傳來文書，將此前對馬外交中的篡改部分做了說明，這讓朝鮮人大為惱火。
敢情以前的外交文書都是假冒的啊，倭人真是毫無信義可言，於是自此李倧下令不許倭國使臣再踏上朝鮮土地！李倧有這麼硬的腰杆，完全是因為大明備胡經略府的緣故，四月份的時候，朝鮮和明國聯軍已經抵擋住了建奴的舉國進攻，正是意氣風發之時，怎會再和毫無信義的倭國言和？
於是宗義成並未能按幕府的要求，盡快請來朝鮮使臣至江戶麵見幕府將軍德川家光。德川家光也非常惱火，給宗義成下達了最後通牒，要是在明年之內，還不能請到朝鮮使臣，宗家就等著被削掉封地知行吧！
對馬宗義成戰戰兢兢的不斷派人和朝鮮溝通，但都收效甚微，到了十一月初，宗義成卻接到了一個驚人的消息，有大批明國、荷蘭、西班牙等諸國艦隊在濟州島集結，意圖不明。同時，釜山港的朝鮮水軍明顯加強了戒備！
濟州島和對馬島一西一東，都是朝鮮和倭國重要的海外港口。對馬島北麵不遠便是朝鮮釜山港，相隔不過百餘裏，甚至晴天可在對馬的高台上，看到朝鮮的釜山。
而濟州島在西麵，它控厄住了倭國向大明西進和向朝鮮北進的海路。明軍與荷蘭等國派大批艦隊到濟州島究竟是什麼意圖呢？宗義成猜測了許久，最後認為明國的目標還是明國北方的建州胡奴，畢竟今歲初春時，明國和建奴在朝鮮惡戰，當時明國也派了大批艦隊北上馳援的。
不想一個月後，六國聯合艦隊大舉東進，很快進入了對馬海峽，而後將對馬島、壹岐島等北九州外海島嶼盡皆封鎖起來。還沒等宗義成醒過神來，明國派來的使者已經將戰書送到了麵前！
戰書說得很明白，明國、荷蘭、朝鮮等六國因不滿倭國北九州等地殘酷鎮壓天主徒，破壞海貿商路，損害了諸國利益。同時明國和朝鮮問罪倭國，四十年前無故侵犯朝鮮，因此六國舉兵前來征討倭國。如今戰事已開，勒令對馬宗氏在三天之內，開城投降，否則玉石俱焚！
宗義成接到戰書後，頓時涼了半截。對馬宗氏在對馬島和臨近的美津島上總共不過有戰兵三千人，即使動員農兵，也隻不過萬餘人。對馬宗氏麾下水軍也隻有關船二十餘艘、小早船五十餘艘，即便算上控製對馬海峽的壹岐水軍眾，也不過兩百餘艘小型戰船，水兵不過四千餘人。看著外海上遮天蔽日而來的六國聯合艦隊，宗義成怎能心中不涼？
宗義成思考了一個下午，迅速做出了應對。他一方麵派使者回複六國，希望能寬限些時日，再多給他五天時間。另一方麵宗義成派了使者偽裝漁民出海，打算將消息傳給幕府，同時派人聯絡壹岐水軍眾，打算聯合壹岐水軍眾抵抗六國的水軍。