安娜的話讓哥白尼十分感動，好一個善解人意的女孩子，哥白尼不由自主的又將安娜緊緊抱在了懷中。
懷抱著安娜，哥白尼有生以來，第一次體味到幸福、滿足和愉悅的感覺，他像是開始了新的生命，找到了又一個自己。
可是，他心中隱隱地感到了一陣擔憂，他畢竟是一個神甫，就這麼公然和安娜相處，教會那天又會是什麼樣的態度呢？
無可奈何的結局
哥白尼的感覺是敏銳的，當他選擇和安娜在一起的時候就已經考慮到了兩人驚世駭俗的戀情所需要承擔的後果。
果不其然，哥白尼和安娜的幸福日子還沒有過上多久，教會就出手幹涉了。
1533年瓦爾米亞主教改選，格旦斯克啤酒釀造工的兒子丹蒂謝克，被選作主教。丹蒂謝克知道，哥白尼當初是不支持他當選的，於是一旦大權在握，便開始報複他和以前妨礙他當主教的人。
哥白尼深知新主教的為人，因此從一開始他就非常小心地與他周旋。他很有禮貌地回答丹蒂謝克的每次來信，不讓自己流露一絲輕視主教的跡象。
哥白尼知道主教經常與他通信，是想從他那兒了解一些最新的消息，因此他總是將自己聽到的那種消息轉達給主教聽。
這樣一來，雙方之間的關係也就漸漸地緩和了下來，丹蒂謝克曾經多次請哥白尼治病，也曾經幾次邀請哥白尼陪同自己一起視察神甫會的財產。
可是就在這個時候，他和哥白尼又發生了一次劇烈的衝突。
哥白尼有一個好朋友叫斯庫爾泰蒂。他們曾是親密確合作者，一起繪製了波羅的海沿岸、利弗蘭地區的地圖。
丹蒂謝克懷疑斯庫爾泰蒂在選舉前曾向教皇說過他的壞話，因此便設法收集各種材料創陷他。
丹蒂謝克心胸十分狹小，他還無理地要求瓦爾米亞所有神甫同斯庫爾泰蒂拒絕來往，並特意叫人提醒哥白尼，讓哥白尼知道他同斯庫爾泰蒂的友誼可能對他自己有害。
哥白尼的忍耐是有限度的，他對丹蒂謝克的逢迎是有原則的。丹蒂謝克的無理要求使哥白尼很憤怒，他當時毅然宣布，自己不想這樣做，因為他“尊重斯庫爾泰蒂勝過許多其他人”。
就這樣哥白尼得罪了丹蒂謝克。但他萬萬沒有想到會因此失掉了安娜。
也就是因為這個原因，丹蒂謝克總是陰冷冷地盯著哥白尼的一舉一動，而這一次，終於讓他找到了報複哥白尼的機會。
丹蒂謝克主教把哥白尼叫到了教堂，和他說道：“哥白尼，你的舅舅是我們瓦爾米亞地區德高望重的主教，你是他一手培養起來的神甫，又住在他的城堡裏，你就應該明白我們的教規，不做有損於教會聲譽的事情才好。”
丹蒂謝克主教不僅用綿裏藏針的語言戳痛了哥白尼，而且還四處散布輿論，說哥白尼被一個可惡的女人給迷住了，和這個女人不幹不淨，有辱清規。
為了打擊報複哥白尼，丹蒂謝克主教還給哥白尼的好朋友德曼·吉斯主教寫了一封信，信中說：
聽說傑出的、學識異常淵博的哥白尼先生直到現在一直享有很高聲譽，聞名遐邇，他的多才多藝令人欽佩，普遍受到讚揚。
我們一直都很敬重他，像是愛親生兄弟一樣愛他。但在哥白尼先生卻在幾乎是無能為力的老年時期，同自己的姘婦幽會。
這個女人心如毒蠍，她勾引了我們正直的哥白尼先生，企圖陷害他，讓我們的兄弟晚節不保。
我十分擔憂哥白尼先生會一時不慎落入這個女人編製的騙局中。此外，教會講究清譽，不會允許這樣的醜陋事情發生。
閣下如果能用最友善的語言私下提醒他一下，使他停止這種醜事，那可真是閣下的一大善行。
如果閣下能使他做到這一點，就算替我做了一樁無與倫比的好事，這樣我們倆就重新奪回了一個珍貴的兄弟。
另外，閣下在同他談這些事兒的時候千萬注意分寸，以便使他更加重視。同時也不要使他知道這是我對他的勸告，隻讓他知道，這是你對他私生活的關心，切記。
鐵德曼理解哥白尼的想法，他是一名天文學家，是搞科學的，是懂得人性，理解人的情感的。
對於丹蒂謝克主教的小人行徑，他反倒是十分看不慣。不過站在好朋友的角度，鐵德曼有義務將這件事情告訴哥白尼。
當然，哥白尼德高望重，鐵德曼也真的害怕哥白尼會為這個女人而影響了自己的名望。
所以，鐵德曼寫了一封信給哥白尼，勸告說：“丹蒂謝克真是愛管閑事！可是，哥白尼，你怎麼辦呢？你的事業，難道就讓這些小人給毀了嗎？我看，你還是讓安娜離開你吧！你說是不是？”
丹蒂謝克主教不但給鐵德曼寫信，他還親自找了弗龍堡教堂中與哥白尼關係好的費利克斯·賴希神甫，勸說他對哥白尼做說服工作。
賴希聽了主教的話，搖了搖頭，深深地歎口氣說：“主教大人，我明白您的好心。您是要拯救哥白尼的靈魂，這點我非常讚成您所持的立場。可是話說回來，如果你這樣直截了當地跟哥白尼說明的話，我想這樣會使他羞愧得無地自容的。”
賴希這樣淡淡地說著，言語中透露著他對哥白尼深切的同情。
四方射來的子彈，撕裂著哥白尼的心，他的心在滴血，如果說不是《天體運行論》還沒有完全定稿，他一定會不顧一切去和教會爭取幸福。同時他也不忍教會傷害自己心愛的安娜。
秋風蕭瑟，月冷星稀的一天，哥白尼感到落葉在飄飛，靈魂遊離於軀殼，他言不由衷地說：“安娜，我保護不了你，不能讓教會把我倆一起吞掉，我想，你還是先離開弗龍堡，出去避避風頭吧。”
哥白尼當然清楚，他們這麼一分手，就像是兩顆遙遠的星，隻能天各一方，苦度殘生了。甚至可能連彼此發出的光芒也不會看見。
可是，麵對著咄咄逼人地陰冷主教，他們又有什麼辦法呢！
“是的，親愛的，我明白你的處境。為了你能過得舒心些，不讓他們來糾纏你，我可以離開。”
說到這裏，安娜已淚流滿麵，她是重感情的女人，心碑裏隻載著哥白尼一個人的名字。現在的分手，就是生離死別，怎不讓她柔腸寸斷，哭幹淚水。
可是，在安娜柔弱的外表下，她還具有一顆鋼鐵般的堅強的心。
安娜的話讓哥白尼心如刀割，他們在一起生活了六年時間，和安娜的感情已經十分深厚，他又怎麼能夠離得開安娜啊！
“要不，我還俗算了，如果不做這個神甫，他們就拿我沒轍了。”哥白尼一狠心說出了這話。
安娜撲到哥白尼的懷裏，抱住他的脖頸央求著說：“不要！親愛的，別做傻事！我們不做天上的星，遙遙相望。而要做天上的雲，空中的風，有合有散，看上去散，無形中合。好麼？我要定期看你，我不能失去你。”
“好！我答應。安娜，你應該知道，我又何嚐不想見到你呢！”’
很少流淚的哥白尼，也不由得眼圈紅了，他知道安娜已經成了他生命的一部分，安娜離去，他的生命必然會縮短。
於是，哥白尼和安娜相約，為了應付主教的監視，他們表麵上分開了，安娜也搬出了哥白尼的家。
聖誕節到了，街道上上張燈結彩，到處都充滿了節日的喜悅氣氛，孩子們歡快地玩弄著各種玩具，戀人們幸福地緊緊擁抱在一起。
而哥白尼的塔樓中，卻是冷冷清清，沒有一點節日的氣氛，他覺得自己很無能，很沒用。他可以在天文學中任意遨遊，但是到頭來卻連自己的女人都保護不了。
“親愛的，我們雖然短暫的離開了，但是你一定要振作，《天體運行論》是你的根本，是你一生的心血所在，你可一定要好好修改，將他出版啊。”
安娜臨走之時的話語曆曆在目，往昔的情景又一次浮現眼前，哥白尼的眼角濕潤了，他依偎在窗口，透過窗戶，望向天空，他仿佛看到了安娜，她正在那裏癡癡地笑著……
麵對著教會的蠻橫幹涉。安娜卻恨不得天天以淚洗麵，她覺得他們的命運就像大海上遇到狂風的小船，將不知擱淺在何方。
安娜憤恨、悲傷、痛苦，可是又無處申訴，心裏像是有一團火，要把整個黑暗猙獰的世界燒盡。
可是，她一個弱女子，怎抵得過堂堂的教會主教大人呢？為了她的愛情，為了她所愛的人的事業，她乘上馬車，掩麵哭泣離開了哥白尼。
安娜並沒有立即離開弗龍堡，而是住在弗龍堡一個朋友的家裏，她希望能夠與哥白尼近些，可以常常看見他。
可是盡管兩人住得不遠，哥白尼卻很少去探望安娜，因為丹蒂謝克派仆人監視著他們的一舉一動。
有一次，，在一個市場上，兩人意外地相遇了。安娜喜出望外地迎上去，注視著哥白尼。多日不見，哥白尼似乎蒼老了很多，花白的頭發亂蓬蓬的。“您最近身體好嗎？晚上還去看星星嗎？”安娜說不下去了，淚花遮住了她的視線。
這次見麵很快傳到了丹蒂謝克的耳朵裏，他又讓鐵德曼去勸告哥白尼，並逼安娜離開了弗龍堡。
哥白尼形影孤單地在自己的房間裏工作著，累了，他便在他看的書旁畫幾片長春藤的葉子，在這些葉子裏傾注著他對安娜深深的懷念。
哥白尼的生命中有兩大支柱，一個是安娜，另一個，就是天文學。現在安娜已經被迫離去，哥白尼就隻有把他全部的精力都用在了《天體運行論》身上。
教會可以剝奪哥白尼的戀愛自由，但是不能禁錮哥白尼的思想，他要用自己的科學，來打破教會的專製統治，還世界一篇太平。