一、當前稅務稽查工作存在的主要問題
(一)稽查部門獨立性不強，製約打擊涉稅違法力度
我國目前實行的征收、管理、稽查相互分離、相互製約的征管格局，其相互獨立僅僅是在同一稅務部門內部的職能劃分。但稽查部門查處涉稅違法行為，既涉及向納稅人調查取證，也涉及向征收部門調查取證，尤其對涉嫌涉稅違法甚至犯罪的納稅人采取罰款或移交司法機關追究刑事責任時，如果征收管理人員有過錯，稅務部門內部還要追究相關人員的過錯責任。這樣，稽查部門往往礙於怕追究同事責任而選擇“以罰代刑”、“以補代罰”，難以起到打擊一個，震懾一片的作用。另外，稅務部門內部征收、管理、稽查相互分離、相互製約的征管格局，決定了管理和稽查的矛盾關係。稽查部門查補稅款越多，間接說明征收管理越不到位，同一稅務部門很難同時說明征管和稽查質量是如何一並取得可喜成績的。因此，以組織收入為中心的稅務機關往往選擇重征收管理，輕稅務稽查。這也是國家稅務總局提出的“以申報納稅和優化服務為基礎，以計算機網絡為依托，集中征收，重點稽查，強化管理”治稅方針中“重點稽查”難以奏效的原因所在。
（二）現有稽查人員數量不能滿足重點稽查的要求
稅務總局原則上要求稽查人員的數量要達到同級稅務人員的40%，每年對管轄企業的檢查麵也要達到40%。以蘭州市地稅部門為例，2005年通過實施一級稽查，大力充實稽查隊伍，稽查人員從改革前的124人，增加到目前的167人，占到稅務人員的10.02%。這一稅務人員向稽查部門傾斜的辦法，目前在係統內存在兩個比較突出的問題。一是征收人員充實到稽查部門，造成征收人員不足，管理不到位的問題更加明顯。二是盡管充實了稽查隊伍，但一些稽查部門人員仍然不足，難以實施有效稽查。以蘭州市地稅局稽查局為例，稽查人員由2005年以前的12人增加到目前的24人，承擔著市局直接管轄的2600多戶納稅人和對全市重點案件的稽查任務，靠現有人員需要近5年時間才能夠把市局管轄的納稅人稽查一遍。出現一方麵征收管理人員不足，導致管理不到位，另一方麵稽查人員不足，導致稽查不力的尷尬局麵。
（三）現有稽查隊伍素質不能滿足稽查工作要求
稽查人員中具有稅收、財會、法律和計算機專業資格的人員較少，能獨立辦案的人員不多，使依法行政和依法稽查的水平受到製約。據1999年的一份資料統計表明，稅務部門的敗訴率在66%左右，遠遠高於全國行政機關40%的平均敗訴率，2000年的敗訴率更是上升到82%。而這其中，稅務行政複議案件，稅務行政訴訟案件80%以上發生在稅務稽查環節，其中相當一部分是由於稽查取證不全造成的。
針對稽查人員偏少，稽查隊伍整體業務素質不能完全滿足依法行政和依法稽查的現狀，通過加大幹部培訓力度在短期內又不能實現稽查人力資源向人才資源轉變的實際情況，建議從社會臨時聘請注冊會計師（稅務師），提高稽查管理水平。