3、征管質量考核形式、考核體係不科學
國家稅務總局從1999年提出征管質量並設立具體的考核內容、指標起，先後對考核辦法進行了多次修訂與變更，考核指標由最初的考核“十率”[登記率、申報率、入庫率、滯納金加收率、欠稅增減率、申報準確率、立案率、結案率、處罰率、複議變更（撤銷）率]轉為2003年確定的“六率”（登記率、申報率、入庫率、滯納金加收率、欠稅增減率、處罰率等六項指標）。2006年初，國家稅務總局又對六率中的欠稅增減率、處罰率等考核指標的計算公式進行了修改，發布了最新的報表格式。國家稅務總局還明確表示將根據征管工作需要和征管信息化要求，適時調整考核指標。但無論如何設定，其強調的隻是稅收征收管理的結果，而不包括稅收征收管理的過程，僅有的幾個率也不可能完全代表稅收征管的好壞程度。並且考核方法、考核形式還存在許多不科學之處。
4、征收成本居高不下。稅收成本高低折射出征收管理的優劣、效率的高低。國、地稅機構分設以來，稅務幹部人數快速增長，以西固區地稅局為例，職工幹部人數由1994年的 53人增長至2009年的132人，增長幅度達149％，單就每人每年的工作經費，新增成本也都是一個不小的數字；根據有關資料顯示，目前全國稅務機關征管力量分布情況為：大約80—90％的稅務管理人員管理著10—20％的稅收，而以10—20％的人員管理著80—90％的收入，管理力度明顯不足。就西固地稅局的稅收征收管理情況，直接征收一線人員77名，僅市場分局就23名幹部，占全局征收一線職工的29.87％，但市場分局完成的稅收任務隻占全局稅收任務的4％，稅收成本的高低是顯而易見的。
5、稅收管理體製有待改進。1996年，國家稅務總局提出征管模式改革，但實際工作中，征管查沒有完全整合，沒有形成科學的征管體係；征收還停留在開票及部分統計方麵，偏重於空間上辦稅場所的集中，缺乏高層次、高效的納稅信息集中處理和對納稅人快速便捷的全方位服務，大量人力物力被低效耗用，影響了征管資源的合理配置，也影響了征管模式的進一步優化和征管效率的整體提高；稽查還沒有真正起到震懾作用，特別是打擊偷、欠、抗稅方麵，沒有起到打擊一批，教育一批的重拳作用。稅收管理出現思想認識不到位，征納信息不對稱，人員素質不適應，管理力量相對不足，運行機製不夠健全等問題，集中表現為“疏於管理、淡化責任”。目前，稅收專管員要完成路段巡查、登記核查、納稅評估、日常檢查、定額調查、信息維護、日常統計、稅法宣傳、催報催繳等辦稅大廳無法完成的事項；如果沒有征收的嚴格把關，沒有稽查強有力的支持，稅收管理隻能疲於應付，要麵麵俱到，隻能蜻蜓點水，征管質量難於提高。