一、稽查工作目前存在的問題上
1、人員配備不夠，稽查工作開展難度大。各級稅務機關稽查隊伍麵臨所轄區域大、納稅戶多、稽查麵廣、工作量大的實際問題，人員少，人員結構不合理，難以適應日益繁重的稽查工作。例如：有的區局目前稽查人員隻有4人，管理納稅戶1993戶，其中建賬企業戶390戶，麵對征管納稅戶多，稽查人員少的現狀，稽查力量薄弱問題尤為突出，就全市而言，目前稽查在崗人員172人，占全係統稅務人員1328人的12.95%，距離省局要求30％的比例差距較大。由於稽查人員少，現在還有兩區三縣實行的是 “二分離”或者 “三分離”，新的稽查模式無法運轉，在實際運行中起不到互相監督、互相製約的作用，嚴格執法難以保證，從而影響了稅務稽查的廣度和深度。
2、“執法型”稽查的觀念沒有牢固樹立。當前我國稅收征管模式仍是計劃經濟下的征管模式，各基層稽查部門都有著不同程度的收入任務，以查補收入多少來衡量稽查工作成效的觀念仍然存在，把查補收入作為對稽查工作的主要考核指標，導致在稽查實際工作中，“查大放小”、“挑肥揀瘦”，這既影響到稽查職能的有效發揮，又影響到稽查執法的公平公正。另外，稽查考核麵過大。在人力有限的情況下，既要完成各級布置的專項檢查、群眾舉報案件檢查、全國各地稅務部門案件協查的同時，又要疲於應付稽查麵，對需要內查外調的案件，無精力查深查細，致使有些案件難以查深查透，影響稅務稽查的工作方針和法治水平。
3、以查促管機製還沒有效建立起來。稽查與征管在日常工作中，機構及人員職責上相對獨立，相互之間缺少工作焦點上的共同探討，稽查與征管之間的良性互動不足，征管部門沒有及時提供納稅人偷稅信息資料，稽查部門沒有將整改意見及時反饋給征管部門，形成了一種各行其事、各自為陣的不良局麵，使得很多問題，年年查，年年有，管理環節是否針對納稅人違章行為及時進行相關的輔導和監督整改，缺乏“事後監督”，稽查成果不能有效地促進征管水平的提高，查管互動工作沒有實現製度化、係統化和規範化，稽查成果轉化效果不明顯，稅務稽查的效力受到了一定的影響，以查促管的功能作用沒有得到有效的發揮。