自從斯坦因、伯希和盜劫敦煌遺書後，中國政府便將劫餘部分共8000餘卷，運送北京，入藏京師圖書館（今北京圖書館）。既然如此，為何橘瑞超、鄂登堡還能盜去大量遺書呢？斯坦因於1914年來敦煌時，又能從王道士處騙購600餘卷呢？在運京途中及入藏京師圖書館前，又有許多散失呢？因此，探討敦煌遺書之流失和被盜劫，不僅要研究斯坦因、伯希和、橘瑞超、鄂登堡、華爾納等外國“考察家”、“探險家”的劫奪，而且要分析國內官僚地主及一些權勢人物對敦煌遺書的盜劫，從而使一部分珍貴文物流散出去，造成了我國學術文化不可彌補的損失。這正如陳寅恪先生所說：“或日，敦煌者，吾國學術之傷心史也。其發見之佳品，不流入於異國，即秘藏於私家。茲國有之八千餘軸，蓋當時唾棄之剩餘，精華已去，糟粕空存，則此殘篇故紙，未必實有係於學術之輕重者在。”
一、敦煌文書的流散
敦煌文書發現後，即引起了我國學者的關注與研究。文書發現之初，王道士就請城中紳士來參觀。紳士們不知其可貴，隻認為這些佛經流落於外，誠大造孽，都叮囑王道士仍藏洞內。“王道士頗機詐，思借之以貿利，私載經卷一箱至酒泉，獻於安肅道道台滿人廷棟。廷棟不省，以為此經卷其書法乃出己下，無足重。王道士頗喪沮，棄之而去，時嘉峪關稅務司比國人某將回國，來謁廷棟，臨行，廷棟出數卷贈之。此比國人行過新疆，複謁長庚將軍（亦滿人）及道台潘某。相與道敦煌事，複以經卷分贈長庚和潘道台”。
1902年，敦煌知縣汪宗瀚把王圓篆送給自己的部分敦煌遺書、遺畫和拓片等，轉送給了甘肅學台、金石學家葉昌熾。葉昌熾深知這些文物的重要價值，立即建議甘肅省當局，要求將藏經洞全部文物運送蘭州保管，而政府當局則以經費困難為由拒絕了這一建議。1904年3月，甘肅省藩台令敦煌知縣汪宗瀚對藏經洞出土文物進行清點並封存。汪宗瀚乘機擇其精品，送給了新疆、甘肅等一些地方官員。敦煌文獻從此開始在外界流傳。
斯坦因、伯希和盜劫文獻後，藏經洞文物才開始為人們所知，並引起政府的重視。1908年，清朝政府責令敦煌知縣並王圓篆“將此項經卷，妥為保存，毋再遺失私賣，致於咎戾”。於是將殘存卷子分裝兩大木箱，名為“轉經筒”，藏於第367窟。但狡詐的王道士還是私藏了不少經卷，偷偷出售。當1909年敦煌遺書運送北京時，由於王道士做了手腳，並沒有全部運完，因此1914年斯坦因第二次來敦煌時，又從王道士手中買去五六百卷。當時在新疆一帶也不時有人向外國人兜售。後來又在莫高窟發現了一批藏文佛經，甘肅省政府教育廳便令敦煌知縣：“將該項番字經卷，悉數運送來省，交由省圖書館保存”。並派人會同敦煌縣地方政府共同清理查驗，共清理出藏文經卷94捆，重440餘斤；帶夾板經書11打，重1744斤。這些藏文經卷由敦煌勸學所、莫高窟寺院和甘肅省圖書館保存。
二、運京途中遭劫記
伯希和盜劫敦煌文獻後，於1908年5月從敦煌出發往東，途經西安並停留了一個月，再經鄭州、北京，於1908年12月12日到達了河內。
1909年伯希和又來北京，為法國遠東學院購買漢文古籍。這次他於5月21日從河內出發，夏天到達北京。經田中慶太郎（東京文求堂店主）介紹，羅振玉等人於中秋節訪伯希和於蘇州胡同寓所。伯希和出示所帶敦煌遺書《老子化胡經》、《尚書》殘卷等10餘種，並送給羅振玉一些敦煌文獻照片。
關於伯希和在北京及敦煌遺書的流傳情況，田中慶太郎也有記載，可以使我們了解的更詳細一些。田中用救堂生這個筆名將當時的見聞題為《敦煌石室中的典籍》一文，發表在北京日僑主辦的《燕塵》雜誌2卷11號（1909年11月1日出版），文章說：