索科洛夫元帥希望通過清剿，切斷遊擊隊和“聖戰者”的外援渠道，殲滅遊擊隊的有生力量。“清剿”的重點地區，包括潘傑希爾穀地、庫納爾哈、霍斯特、坎大哈等地區。其中，對潘傑希爾的大規模“清剿”，前後達8次之多。
最嚴重的一次是，第40集團軍出動1個摩步師，配屬各特種作戰旅團，作戰群總兵力約2萬餘人，采取全麵封鎖、飽和轟炸、分進合擊、機降突襲等戰術，在飛機、坦克、大炮等重裝備掩護下，向北方的潘傑希爾山穀內的馬蘇德遊擊隊根據地，發起猛烈進攻。
在重點清剿期間，北極熊在國際社會壓力下，勉強同意在聯合國主持下舉行日內瓦間接會談。喀布爾政權和清真之國政府代表，已經先後舉行多輪日內瓦間接會談，但未能在實質性問題上達成任何協議。
經過近四年戰鬥，抵抗組織日益發展壯大，武器裝備得到改善，戰鬥力明顯提高。至1983年10月，北極熊第40集團軍投入總兵力達12萬人，喀布爾政府軍兵力為7萬人，而抵抗組織則發展到了約10萬人左右。
在正麵大規模進攻的同時，索科洛夫元帥命第40集團軍迅速改變戰術，以格魯烏斯貝茨納茲部隊為主，以各師旅團紛紛成立的偵察部隊為輔，就象當年中國共產黨領導下的東北人民解放軍，派出若幹小部隊進深山老林剿匪一樣，以小部隊對小部隊，以遊擊戰對遊擊戰，全麵展開專門針對抵抗者或“聖戰者”的隱秘、定點清剿活動。
這一戰術的成功實施，對我軍也具有重大的借鑒意義。它是裝甲集群作戰大師索科洛夫元帥，在高原戰場非傳統作戰形勢下，對軍隊編製、戰術等的一次探索和嚐試。也是第40集團軍這支鋼鐵洪流，不斷適應戰場形勢變化的產物。
1979年12月至1980年2月，第40集團軍迅速控製山人伊斯蘭共和國境內主要城市、軍事基地和戰略設施後，先後建立起24個大戰區和101個小戰區。每個師的防區麵積達20萬平方公裏，每個團的防區達7－8萬平方公裏。
在莫斯科眼裏，戰爭應該到此為止。但他們沒想到的是，當外國軍隊出現在這個伊斯蘭國家後，反倒激起該國民眾空前的團結和反抗精神。越來越多的抵抗組織和“聖戰者”，在當地居民幫助下襲擾駐防占領軍，山地、峽穀、葡萄園都成了天然的戰場。
當第40集團軍的機械化洪流，步履蹣跚地出現在興都庫什山地和南部荒漠時，抵抗組織可以從這些隱蔽的大山中，隨時發起攻擊。當占領軍空中力量來襲時，他們又可以迅速鑽入這些連綿的大山，變得無影無蹤。
而第40集團軍建在道路邊的兩條輸油管，是鋼鐵大軍的“生命線”，雖然設立了無數兵站保衛，但油管太長，區域太大，不時被襲擊、截斷。當地居民，也紛紛偷偷地截斷油管，瘋狂盜取油料。
第40集團軍遭受的首次重創，是在1980年初春的薩朗隧道。
當時一支得到坦克加強的補給車隊，剛好從烏茲別克斯坦開來。開出隧道口時突遭伏擊，化作小股部隊的抵抗者，埋伏在隘口和大路兩旁。人數眾多的第40集團軍的行軍縱隊無論如何反擊，對方都始終控製製高點，然後輕鬆逃走。
薩朗隧道戰失利，暴露了第40集團軍正規軍麵對非傳統作戰的無奈。到底是世界第一流武裝力量，第40集團軍迅速反應，快速調整原有編製和作戰方式。
從1980年7月起，第40集團軍撤回國一批多餘的部隊，留在戰區的部隊則進行大規模編製調整和戰術整合，將結構臃腫的機械化步兵師，全部改編為旅。旅下設靈活機動並能獨立作戰的營戰鬥群，並以營為基本戰鬥單位，提高反應速度和作戰靈活性。
為應對突發事件，第40集團軍還將加強營改造為作戰值班分隊，它們裝備較多的裝甲車輛，以保證人員和武器輸送，人員編製則根據需要隨時增減。
但營規模的作戰行動，仍無法麵對戰場變化。
第40集團軍占領主要城市和交通要道，而抵抗組織或“聖戰者”發動的遊擊戰爭幾乎控製了80%的鄉村地區。由於主要是遊擊戰，且都具有突發性、突然性和跨躍性等特點，這就要求占領軍必須具備極強的快速反應能力，要有良好的身體素質、心理素質和堅韌不拔的意誌。