清代官員陳鑒寫有《江南魚鮮品》一書，記鯉、鱗、鱸、鱖、鱧、鮪等淡水魚類18種，均有形態描述，但側重食用價值。另外《漁書》和《魚譜》兩書，雖有著錄，但都已佚失。
明清時期水生動物的綜合性著作中比較突出的是《閩中海錯疏》。此書作者是屠本畯，他在入閩任職後，應當時在京任太常少卿的餘寅的要求，寫成此書。
屠本畯是一位學識淵博的學者，還寫有《閩中荔枝譜》和《野菜箋》等書。
屠本畯熟悉海物，有實際知識和愛好。更重要的是，他當時任福建鹽運司同知，他認為，海產動物種類繁多，與人民生活息息相關，自己身為鹽務官員，並熟悉海物，因此也將寫這部著作，作為自己分內的事。
《閩中海錯疏》成書於1596年。是明代記述我國福建沿海各種水產動物形態、生活環境、生活習性和分布的著作。對近代生物學研究和海洋水產資源的開發有一定參考價值。
全書分上、中、下三卷。上、中卷為鱗部，下卷為介部。共記載福建海產動物200多種，包括少數淡水種類。以海產經濟魚類為主，計有80多種，其中包括著名的海產品大黃魚、小黃魚、帶魚、烏賊、對蝦和蟹等，分屬於20目40科。
此外，還有腔腸動物、軟體動物、節肢動物、兩棲動物及哺乳動物。
這部著作根據動物生物學特性，將它們分成許多群，在大群中還有小群，從而體現了彼此的親緣關係，發展了自然分類體係。
《四庫提要》評論這本書說：“辨別各類，一覽了然，有益於多識，考地產者所不廢。”是有見地的。
屠本畯另著《海味索隱》列十六品為：蚶子頌、江瑤柱讚、子蟹解、礪房讚、淡菜銘、土鐵歌、頌、蛤有多種、黃蛤讚、鱟箋、團魚說、醉蟹讚、蝗魚鯗魚銘、青鯽歌、蟶讚、魚頌。
作者以頌、讚、歌、說、箋等多種文學形式，表述了水產動物的名稱、形態、種類、性味、產地和用途多方麵的知識，也很有特色。
屠本畯做學問重視調查研究，不以輯錄古籍資料為主。因而他描述的動植物，多數能說明其形態、生活習性等，使讀者能辨認其種類。《四庫全書提要》說它“辨別名類，一目了然，頗有益於多識”，這一評價是公允的。
他親自觀察、調查為重點，取得直接的實物資料，故能辨別前人對動植物認識的謬誤，不以訛傳訛。
此外，他對前人的經驗和知識頗為尊重，在《閩中海錯疏》等著作中，引用了許多前人有關動植物知識的文獻，但他在吸取前人科學知識時是審慎的。總之，屠本畯在生物學史上占有重要的地位。
繼《閩中海錯疏》問世之後，清代經學兼博物學家郝懿行著有《記海錯》一卷，追記所見海產動物40餘種，包括海帶一種。特點是注意考證，文筆精煉。
比如記“望潮”：“海蠕間泥孔漏穿，平望彌目，穴邊有一小蟹，跂腳昂頭，側身遙睇，見人歘入。”於海天泥沙生境中記海蟹形態活動曆曆如繪，生意盎然，令人神往。
再如記“海盤纏”：
大者如扇，中央圓平，旁作五齒歧出，每齒腹下皆作深溝；齒旁有髯，小蟲誤入其溝，便做五齒反張，合界其髯，夾取吞之。既乏腸胃，純骨無肉。背深藍色，雜頳以點……
形象逼真，活動如實。
在郝懿行稍後，清代水利學家郭柏蒼根據自己數十年在海濱的親見，加上采詢老漁民的經驗，還證之古籍，於1886年寫有《海錯百一錄》5卷。