牛頓以客觀的態度，分析的方法，對待一切自然現象。把感覺經驗分析視作科學認識的基本途徑。用自然的事實說明一切客觀現象之原因，“而不虛構任何假說”。不僅如此，牛頓還提出了公理化方法，用演繹規則對感覺經驗和主體認識進行分析，從而構建起人類知識的大廈。
牛頓的分析—綜合方法是科學研究、科學發現的方法，是揭示現象、事物、過程的規律性聯係，解釋現象和預言現象的方法。他個人的科學研究活動中就充分地運用了這一方法。而其公理化的方法雖然也有解釋和預言的職能，但這種職能不是從概括中產生的，而是要求認識主體發揮創造性的想象。事實上，雖然牛頓聲稱他不作任何假設，不虛構任何原因，但是，他的力學體係，運動理論中的假設、公理性出發點不僅存在，而且不止一個兩個。
無論如何，牛頓的方法中仍然十分明確的以分析性思維為主體，強調觀察、歸納、分析、綜合，這是牛頓思維方法的重心。這種思維方式不僅對他個人的研究活動，而且對於歐洲近現代以來多少人的思想，都形成了一種傳統的影響。從這個意義上來說，沒有分析性思維，就沒有近現代西方的自然科學文明。在微觀領域，分析思維把人們的視野不斷地引向深入，從分子到原子，從原子到基本粒子，循著認識的每一次深化，都給人類帶來了巨大的物質文明。對分子的分析引起了分子物理學、熱力學等學科的興起，與此相應，帶來了蒸汽機時代的機器文明，並且因此而引起了產業革命。分析性思維引導人們的視野從分子層次深入到原子層次時，化學與原子物理學等應運而生，並得到了迅速的發展。循之而來的是電子文明、高分子合成工業的人化自然文明、電子通訊文明的迅猛崛起。當分析的視野深入到原子核和基本粒子層次時，奇妙而又充滿神秘色彩的現象足以使人類驚奇而又產生濃厚的興趣。深入分析那些奇妙的微觀粒子的運動，使人們在實驗中一次又一次得到了一個又一個驚喜的結論：微觀世界是豐富多彩的。原子能科學和原子能工業的崛起，以雄辯的事實宣告了分析性思維在這一領域的成功。
第三，在現代和當代人的思維方式中，中西方也存在著直覺整體思維與分析思維的差異。
中國人在認識論上非常崇尚“覺悟”這一範疇。無論在哲學思維還是在日常生活中，人們都喜歡將“覺悟”視作一種崇高的認識境界和重要的認識途徑。這種強調悟性的本質是崇尚直覺思維。這一點在現代新儒家哲學中有突出的表現。例如梁漱溟、熊十力等人就十分推崇直覺。他們稱直覺是“玄學的方法”，而科學的方法則是智慧的。這種觀點基於他們對科學與哲學的絕對區別的關係的主張。他們認為，科學與哲學，既要“分其種類”，又要“別其方法”。梁漱溟在《東西文化及其哲學》中提出中西思維方式的差別在於直覺與智慧的偏向不同，他本人崇尚東方的直覺思維。熊十力也認為理智的方法與直覺的方法是中西思維方式的差異，他同樣主張師承老祖宗的直覺主義方法，發揚光大儒家道德理性傳統。
哲學思維為什麼不能用理智的方法？包括熊十力在內的當代新儒家認為，這是因為人的理性並不是一個隻具有認知功能的主體，而是理智、情感、意誌的內在的具體的統一。所以，理性的自我認識也不能是一個“純思”的活動，不能是一個單純的理智的分析的邏輯的過程，而是必然伴隨著情感體驗等等更為複雜的因素，這是一個“真的自己的覺悟”的過程。而這種“覺悟”的過程，在實質上是一個通過直覺而達內省的過程。
西方現代哲學思維中重視“反思”，主張人的思想應該審視自身。那麼以什麼方式審視呢？西方思想家們都以共同的傾向說明，以精神自身為研究對象的反思本質上是一種思想的理性澄清過程。反思的途徑是理性的分析和解剖。這種方法與中國思維的直覺、內省是不同的。因為直覺、內省的過程中，不僅包含著智慧的理性成分，而且還包含著感性的（如情感、意誌、興趣等）因素。如熊十力所認為的內省、直覺不是一個“純思”的過程。事實上，中國思維中的直覺，不僅不具有分析的特性，而且在相當程度上表現為本能的功利的感性的色彩。例如，在對於人的認識上，西方思維主張持客觀的分析態度，看一個人究竟如何，分別通過對其性別、性格、職業、興趣、知識結構、工作貢獻、社會關係、體格特點等的分析，然後才能作出綜合判斷，並且經過交往的過程，逐步證明和深化這種認識。而中國思維則往往因一事一時，一麵之交，一下子形成一個對於人的先入之見，並且這種先見一旦形成，就很難改變，因而稱之為先入為主。重要的是這種先入之見，不是通過分析形成的，而往往是以自我之悟性，本能地直覺地一下子形成的。這種思維方式，在現實生活中，司空見慣。上司因尊卑、宗法觀念和封建文化心理作祟，習慣了聽恭維話，因而常常是佞者幸而智招患。賞其乖巧，用其無能的統治策略，使得多少庸才、奴才誤國害民。如果說這種現象是封建思維的曆史表現的話，那麼，從文化傳統的曆史沉積而言，我們不能不提醒今人重視這一曆史的沉渣，防止其無形地影響我們的思維。
由此可見，西方思維中所講的“反思”與中國人所講的內省，其根本途徑是大相徑庭的。前者以理性分析為根本途徑，而後者則以悟性的直覺為手段。
這種差別在當代人的生活方式和行為方式中，也形成了某種明顯的特征差異。例如，時下流行的“跟著感覺走拉著夢的手”的時髦思維方式，使得多少中國人“活得瀟灑”，但往往瀟灑過去緊伴迷惘。這種靠感性、直覺把握人生的態度，是一種不講過程而隻重結果的直覺主義思維方式的表現。而西方現代盡管也有十分崇尚感覺主義的生活態度的傾向，但是，這種感覺主義是建立在重視過程、重視分析的前提下以求知為目的的。
現代西方思維中，盡管人文主義的思潮有所發展，但是，科學主義的勢力仍然占據主流位置。同時，無論科學主義還是人文主義思潮，在對於問題的處理上都采取了實證、分析的態度，而不是思辨的直覺的方法。
就科學主義思潮而言，“維也納學派”的邏輯經驗主義是一個典型的代表。石裏克、卡爾納普等維也納學派的代表人物們，繼承了老實證論的傳統，把思維認識的方法視作感覺經驗的獲得、證實、加工、分析、意義解釋的過程。他們從科學命題的意義標準、證實原則方麵，對認識過程進行了深入細致的分析，把科學命題區分為分析命題和綜合命題兩種形式，分別對其職能、蘊含、證實方法、意義等作了具體分析。在邏輯經驗主義看來，一個科學命題的意義，就在於證實這個命題的方法之中，而科學證明的方法本質上是一種思維的方式問題。對此，他們主張經驗的分析方法是科學認識的基本方法。因此，以邏輯經驗主義為代表的現代西方科學主義思潮的思維方式，在主流上仍然是分析性的思維。
20世紀以來，西方人文主義思潮異軍突起，形成了在對象和內容上與科學主義思潮的對壘局麵。他們不像科學主義那樣從正麵研究科學之於人，自然之於社會的功利關係，沒有把注意力集中於對科學的結構、科學認識、科學發展、科學的意義和證實問題的研究上，而是傾心於在科學條件下人以及人類社會自身的問題，甚至把人、人類社會作為在一定意義上與自然界、科學相對立的因素，力圖站在主體的角度，以人為本，探討人的存在與發展的自律性，以人性、人的價值、人的解放、人的自由、人道主義為主要內容，展開了對於人的問題的研究。我們把這種在思維對象和內容上與科學主義相悖的思潮，統稱為人文主義思潮。存在主義、心理分析學說等是其主要代表。
值得注意的是，雖然現代人文主義與科學主義形成相悖的思潮，可是，如果就人文主義自身的曆史沿革而言，20世紀的人文主義思潮，與以往的人本主義的最大的區別點就在於其在研究方法上，實現了由思辨說教到分析實證的過渡。特別是存在主義和心理分析學說，仍然采用科學的分析方法，對人性、人的價值、人的存在、人的潛意識及心理活動等進行了像科學主義思潮對待科學認識那樣的嚴格分析，並且其命題係統也可以追求一定意義上的實證意義。因此，就這一點而言，現代西方思維方式，在一切思潮的主流中，都表現了一種新的分析的定式。這一點與中國的直觀悟性思維大相徑庭。
三、知合而不重分的整體性思維
人類文明進程的邏輯必然，表現了思維方式和方法的發展，必然要經曆由整體模糊到精確實證，由直覺內省到分析綜合的變革過程。在現代科技高度發展的世界圖景麵前，如果墨守直覺整體性思維方式，就會延誤發展的機遇，延緩人類文明的步履。唯其如此，變革中國傳統的直覺思維，吸收、移植和培養分析思維的品質，是時代精神對我們的呼喚。
“就事實而言，西方哲學的開始點是基於一種對立、分裂與衝突的曆史和人生經驗。與其相反，中國哲學無論是儒還是道，從一開始就追求一種與天道渾然一體的境界，也就是要掌握一種整體的宇宙觀”。“由於中國哲學在早期往往過分強調整體經驗，乃往往陷於知合而不知分之弊，更由此疏於掌握部分，分析條理；並以為，隻要抓住了整體，在整體的基礎上不變不動，就可以求得安穩平衡”。由此造成中西哲學思維模式的相異，整體模糊與精確分析各執一端。
中國傳統思維方式有一個特點，就是整體思維。知合而不重分是中國傳統哲學思維的重要特點：
朦朧的天人不分
模糊的主客不分
樸素的人人不分
大化流行的整體思維。宇宙演化論的過程思維——生生之謂易。語言的非分析性：用詞多歧義。立辭多獨斷。大而不當、大而化之，不求甚解。
中醫非常強調整體，把人體看成是一個整體，同時又把人與整個世界看成是一個整體。這可以說是中國古代的係統觀點，在哲學上，也有很多論證。《易傳》講“觀其會通”，強調要從統一的角度去觀察事物。惠施講“泛愛萬物，天地一體”，天地是一個整體，所以才應該泛愛萬物。莊子講“天地與我並生，萬物與我為一”，也強調個人與世界是一個整體。“天人合一”是中國哲學的傳統特質。宋明理學特別強調這一點，他們認為，如果一個人隻把自己的身體當成是“我”，這隻是“從軀殼上起念”（王守仁），沒有什麼價值。人應該把天地萬物都看成是“我”，超越“小我”，以天地萬物作為“大我”。但是“天人合一”並非天人不分，如果說天人不分，無異於說中國根本沒有文化，中華民族是野蠻民族。事實上，“天人合一”的認識，是經過了把人與自然分開這個認識階段後，進一步認識到了人與自然的統一。這是認識上的否定之否定，是比人與自然對立的觀點更高的觀點。恩格斯在《自然辯證法》中就多次強調了人與自然的統一，自然界與精神的統一。不重視分析，這是中國傳統思維方式的一個嚴重的缺點。當然，也不是完全不講分析。《中庸》講“博學之、審問之、慎思之、明辨之、篤行之”。它講的還比較全麵，明辨就是分析。但事實上，中國傳統思維是比較輕視分析的。
中國傳統哲學，不論儒家或道家，都強調整體觀點。整體是一個近代的名詞，在古代稱之為“一體”或“統體”。所謂整體觀點，就是認為世界（天地）是一個整體，人和物也都是一個整體，整體包含許多部分，各部分之間有密切的聯係，因而構成一個整體，想了解各部分，必須了解整體。《易傳》強調“觀其會通”，即觀察事物與事物之間的統一關係。惠施宣稱：“泛愛萬物，天地一體也。”即肯定天地萬物是一個整體。莊子強調“生死存亡之為一體”，即承認由生而壯、而老、而死是一個自然的過程，死是不可避免的，不可貪生而怕死。中國醫學的整體觀點最顯著，認為天地是一個整體，人存在於天地中間，與天地息息相通；人的身體也是一個整體，身體的各器官之間存在著不可分的密切聯係。漢宋的儒家宣揚“天人合一”，其主要意義即肯定人與天地有不可分的密切聯係，人與天地不存在對抗的關係，而是具有一種相互依存的密切聯係。人依靠自然界而生存，自然界亦有待於人的調整安排（即所謂“裁成”“輔相”）。“天人合一”並不否認天與人的區別，主要是肯定天與人雖有別而更具有統一關係，天是總體，人是天的總體中的最重要的部分。
《周易》早已提出了整體論的初步圖式，把一切自然現象和人事吉凶統統納入由陰陽兩爻所組成的六十四卦係統，並且具有初步的時空態和自我調節作用，但它和占卜等宗教迷信尚未分開。《易傳》進一步提出“易有太極，是生兩儀，兩儀生四象，四象生八卦”的整體觀，和空間方位四時運行聯係起來，以“生生之謂易”“天地之大德曰生”的有機論為其軸心，形成了一個有機整體論的思維模式，為整個傳統思維奠定了基礎。道家所說的“混沌”和“樸”，也是原始未分化的整體。混沌和樸的破壞，便出現了世界和萬物，開始從無序走向有序。後來，八卦和混沌思維被太極（道、理）和陰陽五行思維所代替，標誌著有機整體思維模式的正式完成。經過兩漢經驗論和玄學、佛學的本體論，直到理學範疇體係的完成，這一思維方式基本上沒有改變，而是更加完善了。
“天人合一”是這種整體思維的根本特點。它不是自然機械論或因果論，而是有機生成論和目的論（並非西方那樣的神學目的論），即不是把人和自然界看做一架自動機，而是把人和自然界看做一個互相對應的有機整體。“天地以生物為心”，“道體流行”，具有“生意”，自然界是一個有結構—功能的統一整體，人則“以天地生物之心為心”，從而能“為天地立心”，人既是自然界的產物，又是這一整體的具體體現。人和自然界不是處在主客體的對立中，而是處在完全統一的整體結構中，二者具有同構性，即可以互相轉換，是一個雙向調節的係統。它也不是西方那樣的身心二元論，把精神和物質靈魂和肉體看成兩個實體，而是身心合一、形神合一的結構—功能係統，精神和物質、思維和存在是完全統一的。表現在思維模式上，雖然有形上與形下，體和用之分，但形上不離形下，本體不離作用，渾然一體，不能區分。
在中國傳統思維中，儒道兩家都主張“天人合一”，道家傾向於把人自然化，儒家傾向於把自然人化，但他們都認為，人和自然界是一氣相通、一理相通的。老子的“四大”，《易傳》的“三才之道”，是這種整體思維的早期表現，而董仲舒以陰陽五行為框架的天人感應論，則提出了更加係統更加完備的整體模式，對後來的理學產生了重要影響。理學家的宇宙模式和“天人一理”“天人一氣”的“天地萬物一體說”，正是這種整體思維的進一步發展。但是應當指出的是，這種天人合一、萬物一體的整體思維，並不是以認識自然為目的，而是以實現真善美合一的整體境界為最終目的，因此它導向了主體意向性思維，而不是對象性認知思維。