二是農業產業化賴以存在的市場運營機製尚未建立。農業產業化經營是市場經濟的必然要求，因而必須按照市場經濟的運作規律來建立農業產業化的運作體係和方式。但是西部在農業市場運營方麵還很不到位。在觀念上，許多人還信奉“莊稼活不用學，人家種啥，咱種啥”；在產業結構上，以種植業為主、種植業以糧食為主，2003年糧食作物在農作物種植結構中占65。22%以上；在產品結構上，存在著“四多四少”的問題，即大路產品多，低檔產品多，普通產品多，原料型產品多；優質產品少，高檔產品少，專用產品少，深加工產品少；在產業鏈條上，由於“龍頭”企業或中介組織數量較少，而且農業產業化經營中存在著簽約雙方地位的非對等性、契約本身的非完善性以及契約執行過程中的違約問題，農戶利益很容易受到損害，從而在很大程度上製約了農業產前、產中與產後的連接與延伸，影響了產業化的進一步發展。
（三）科技製度缺陷：西部農業的科技水平急需提升
2003年我國西部農業化肥施用量為1099。57萬噸，有效灌溉麵積12395。3千公頃，農業機械總動力為12620。7萬千瓦，無論是人均，還是地均水平都較低，科技進步在農業經濟增長中所占的份額不足40%。具體來說：
一是農業科技投入不足。目前世界各國農業研究投資占農業總產值的比重平均在1%以上，且有不斷上升的趨勢，而我國雖然在2006年中央財政用於“三農”的支出達到3397億元，但是專門用於農業科技投資數額仍然偏低，西部農業科技投資占農業總產值的比重還不足0。15%，從而嚴重地製約了農業科技的發展。
二是農業科技成果轉化率偏低。改革開放20年來，全國平均每年取得7000多項農業科技成果，但農業科技成果轉化率僅為30%～40%，真正形成規模的不到20%，而且還存在著“四多四少”，即常規技術多，高新技術少；產量技術多，品質技術少；生產技術多，加工技術少；知識形態技術多，轉化為現實生產力的技術少。
三是農業科研人力缺乏。美國、日本、德國等發達國家，每萬名農業人口，就有40多名農業科技人員，而我國西部還不足6名，且由於科研經費不足和科技體製不合理等原因，還有相當比例的科技人員閑置或流失。
四是農民受教育程度較低。從農民素質看，發達國家的農民基本上是知識型的勞動者。而我國西部廣大農民受教育程度低，據統計，青壯年農民中大學文化程度隻占百分之一，中學文化程度占40%，小學文化程度占30%，還有30%左右的文盲、半文盲。較低的文化素質不僅限製了農戶對科技成果的掌握程度，降低了技術效益，而且增加農戶采用新技術的風險。
三、我國西部農業現代化的製度創新取向
建設西部農業現代化既是整個中國農業現代化建設的重要部分，也是西部建設社會主義新農村的必要途徑。而要使西部農業現代化在未來得到持續穩定健康地發展，必須突破現存製度的缺陷，開辟可行性的路徑。
（一）以農業製度創新為保障，用製度現代化推動西部農業現代化
製度經濟學認為，經濟增長是製度變化的結果，沒有製度演變和創新，經濟增長是不可能的；同樣，沒有農業製度的演變和創新，農業現代化的實現也是不可能的。因此必須從過去主要突破舊體製轉向建立新體製，由政策調整轉向製度創新，由單項改革轉到整個製度安排和製度環境的變革。
1.土地製度的創新。所謂土地製度的創新，就是在現有土地家庭聯產承包責任製的基礎上將有利於規模經營的土地進行適度的整合，實現其規模經營。具體來說就是：在西部農業現代化過程中，必須通過明晰產權，在兼顧規模、平等與效益的條件下建立起合理的土地使用權的流轉機製、股份合作製、返包倒租等，甚至對於一些偏僻的荒野土地可以推進“二級所有權”的轉讓（一級所有權屬於國家），這也是社會主義市場經濟條件下的現代農業製度，更是農業現代化發展規律所必需的。
2.組織製度的創新。按照產業經濟學理論，產業組織結構決定產業組織行為，產業組織行為決定產業的績效。我國西部戶營經濟所占比例極大，這也意味著產業組織安排與社會化大市場之間的矛盾更為嚴重，為此必須實現有利於西部農業現代化發展的組織製度創新。具體來說就是：在西部農業現代化過程中，減少家庭聯產承包責任製中“承包”的比例，增加“聯產”的份額，通過“公司+中介組織+農戶”等多種形式使西部農業產業向市場化、規模化、專業化、社會化以及產業一體化方向發展，這也是農業現代化發展所必需的。
3.行政製度的創新。要從行政體製上解決農業發展的製度環境，就必須撤銷鄉一級政府，減少鄉鎮憑所有權而征收的鄉統籌，分解鄉政府的職能。一是把鄉鎮對經濟的調節引導權收歸縣級政府，以便從全縣的角度進行縣域性的調節，增強縣級財力和調控力及調控的統一性。二是把鄉鎮所承擔的應由社會中介組織承擔的職能交給社會中介組織，以利於市場化運作，減少對農戶的幹預。三是鄉鎮機關的公務人員年輕的、素質比較高的充實到工商、稅務、公安等部門，以加強執法部門的力量，確保國家工商和稅務的完成，維持農村社會的穩定。