聶士成率武衛軍第五師，搶先攻克南京的將南京城外重要據點龍脖子攻克。此處地勢高，可俯看南京城，壓製天軍炮火，而鄂軍胡林翼則率軍進圍到了南京城的神策門與太平門之外。至此天京真正地隻餘下一座孤城南京了。由於楊洪內烘，太平軍內部早已人心離散，對清軍的進攻，都隻進行消極抵抗，大軍或一觸即潰，或直接率軍投降清軍。
此時南京城內一片哀鴻，楊秀清派人將城內糧食物資全部收集起來，隻定量發給天軍和一些城民。百姓於城中饑腸轆轆，餓死無數，屍體充野，卻無人填埋。於清軍進攻之日饑餓難耐的南京城民聚集起來手執木棍等物，在城內鬧事。楊秀清聞言大驚急命其弟楊輔清率部鎮壓，打死鬧事百姓數千人。
至此楊秀清與天軍各將更加離心離德，是夜南京太平軍將領聚集商議欲立幹王洪仁玕為眾將首領領導南京天軍。眾將一拍即合，當夜便各領本部人馬兵圍天王府，悄無聲息地殺了進去，將正與王娘烏山雲雨的楊秀清抓獲，並當場殺死，既而大開殺戒將楊氏一門滿門都誅除了。
守將紹永寬與李容發前去延請鎮守南京城內治安的幹仁玕，並請其代眾將定奪天軍去留。洪仁玕到時天王府城一片死傷狼藉，悲憤欲死，卻是無可奈何，隻得聽眾將的建議，接手南京政務，成為新的天王。
洪仁玕本是天國裏麵最為不爭權的一個，與石達開互為好友，在天軍定都南京之時便提出了許多建設天國經濟的建議，並參與了天國的各項律法的創立。他一心在於天國經濟建設，曾提出過建立類似於今天的銀行的建議，卻沒有得到當時的洪秀的同意而一直未能達成心願。
洪楊內烘，洪秀全中伏身死，楊秀清為了拉攏人心，依舊任洪仁玕為幹王，並對其提出的建議毫無保留的支持。隻是當時天國危及，根本不容洪仁玕施展天京被清軍圍困了。於是他也隻能隨著楊秀清過一天算一天，心中誌願早已死去。
見楊秀清已死，眾將都有歸降之心，而無抵抗之意。洪仁玕便當夜與眾將招開緊急會議，建議派人出城與清軍商談投降。眾將轟然應諾，並由帶頭起事的紹永寬連夜出城與清軍商談。紹永寬到達清軍太平門外的大營時，清將眾將也在這裏商談第二天攻打南京城的度劃，突然聽說城內發賊派出人來和談，一時相視莫名。
紹永寬唯唯諾諾地將洪仁玕與眾將的意思說與胡林翼與聶士成、張宗禹等將聽了。意思隻求留得一條活命的機會，其他一切都隨清軍去發落。另外他還說起城中糧食短缺，百姓餓死無數，屍體無人收埋，開始有小規模病疫出現，希望清軍念在全城百姓的麵上，能考慮一下他們的投降請求。
清軍雖有與天軍一戰的意思，但是畢竟南京城高大堅固，既使以新軍武力也難以短時間攻克，這段時間內要餓死多少百姓？若天軍狗急跳牆，據城死守，清軍傷亡也不是一般的。於是胡林翼與聶士成、張宗禹各自商議決定接受城內天軍的投降。
第二日紹永寬打開南京城門迎接清軍入城，幹王洪仁玕率領城內眾將出城接受清軍的收編。胡林翼一麵派人接收城內天軍，一麵派人快馬進京詢問洪仁玕一眾將領的處置事宜。由於這是鹹豐沒有想到的，並未直接像急於收降石達開與李秀成、陳玉誠一樣下達旨意，所以胡林翼不敢擅自處置降將。
南京告破，為時六年之久的太平軍起義自此終於告落。清軍進城之時見到最多的便是欣喜若狂的南京城百姓與麵黃肌瘦的天軍士兵，他們都餓了不知道多少天了，盼清軍進城如同後世百姓盼紅軍一樣渴望。
城中斷壁處，腐臭盈天。時而都能見到無人收埋的餓死的百姓屍體橫於街道之上。百姓如同行屍走肉一般，雙眼無神。清軍將領見到這幕無不傷感，但戰場之上，對戰兩軍無所不用其極卻是無可奈何的事情。胡林翼見得城更是悲憤欲泣，大歎造孽。