反叛的平定接下來的必然是一連串的清洗行動。剛剛因混平定下來而探出頭來查看情況的老百姓再次被來勢洶洶的大嚇回了家裏。當他們再次鴕鳥式地探出頭來的時候，卻發現這群來勢洶洶的大兵的目的地並不是自己，而是北京城聚集了最多貴族的地方，好奇的百姓開始出門想知道這一天裏到底發生了什麼事情。
一隊隊大兵衝進了平時高高在上的滿清貴族的府砥，接著便是一陣陣哭喊之聲與喧鬧之聲。許多平日裏嬌貴無比的小姐太太們被一隊隊大兵押解出來，老爺們被捆綁著，從大街上走過。一時間北京城裏哭喊聲連天。隻是沒有多少人對他們給予同情，更多的隻是好奇而已。
隨之而來的便是官府的安民告示。百姓們紛紛上前去，終於知道這喧鬧的一天到底發生了什麼事情。六王爺造反了，這些被大兵押解的老爺太太們都是他的同黨。百姓們憤怒了。在這些平實的百姓眼裏，現在的皇上愛民如子，英明勇武，給百姓帶來了平定安康的生活。而這些老爺太太們卻要推翻這樣的好皇帝，這是老百姓們所不能容忍的。
百姓們走上街頭開始衝著被抄了家的那些參與了奕忻造反的犯人大罵，甚至丟菜葉與雞蛋，借此發泄他們心中的憤怒。整個清洗行動抓獲了數千名人犯，鹹豐下旨近名的男囚被定於第二日午在菜市口斬首示眾，而數千女犯被賜了毒酒或白綾，在大牽裏結束了她們的生命。
第二天的菜市口上，人潮湧動，近千人的斬首自大清立朝以來也是不多的幾次。僅管突然如其來的大雨，滂沱而下也無法洗清那被染紅的青磚道。濃濃的血腥味迷漫在雨過天晴的陽光裏。
龐的斬首行動讓近日來因剪辮子而紛鬧了一段時間的混亂瞬間平定下來。所有人都看到了皇上對於改革的決心。這次與其是說因奕忻的謀反而大動殺戮，不如是說鹹豐是在借這次事情向那些頑固不化的守舊勢力的嚴厲的宣言，它在告訴人們，鹹豐要做的事情無論是誰都無法阻擋，敢於阻擋的人都將是這樣的下場。
當血腥味還未散去鹹豐便開始了整肅吏製行動。原本權力衝天，卻根本相當於皇上禦用秘書的軍機處被截去了。換上了已經被奕忻整理得有些樣子的總理衙門。鹹豐近一步細化了總理衙門的分支，整個總理衙門設立的文教部，工商部，國防部，交通部，發改部，等等一些相當於現代政府的政治格局，外務部細分為外交部與外貿部等涉外權力機構，
總理衙門將以後更完善之後，取代當時的六尚書，成為中國今後的權力機構，成為鹹豐漸次分化帝製的機器。鹹豐大膽地任用了奕忻招攬過來的所有人才，這些人有些是從南洋歸國的華僑，有些是自海外遊學歸來的學子。鹹豐不得不承認奕忻雖然很有野心，但是在用人方麵還是很有的一套的。這給鹹豐省去了很多麻煩。
奕忻死後，總理大臣鹹豐任命了祁雋藻，祁信服藻雖然隻是個儒生，但是其才能與遠見舊卓識是有目共睹。一切安排妥當之後，鹹豐的改革才真正開始，鹹豐親自舉行了大清第所綜合製大學的奠基儀式，展開新儒學運動，將儒學之中一些封閉的思想剔去，將其中教育人的仁德禮義著翰林院重編製，並在旁邊用白話文的方式將其注解出來，這樣一來既使讀書不多的人也能輕意了解其中的韻意。
為了開近一步開放國人的思想見識，鹹豐以朝廷的名義大力鼓勵民間自費出洋留學的人，凡出自願出洋留學的人朝廷將負責其在海外的學習期間的生活費用，直至其完成學業，學成歸來的人將享有優先入仕的機會。一時之間出洋留學成了當下青年學子的風潮，掀起了一股出國熱。