中日雙方的底線都暴露給對方後，交涉進入了簡單的、是與否的“問答階段”。
為了向內外交困的袁世凱政府施加壓力，日軍以換防為名向大連、青島及塘沽等地增派軍隊，進行武力威脅。但到5月4日、5日，袁世凱堅持“凡屬中國能夠讓步者，均已作了讓步，但慮及中國主權和與其他外國條約之關係以及國內輿論沸騰等，終不能再作更多之讓步”。中國國內的反日情緒和國際輿論壓力也到達了巔峰。日本元老派對內閣的二十一條要求讓國家陷入不利局麵，尤其是第五號要求嚴重惡化中日關係，導致日本在華經濟損失，十分不滿。他們對內閣失望之餘向天皇施加壓力，於是5月6日的日本禦前會議由天皇“聖裁”，決定削除最關鍵、讓中國反映最激烈的第五號要求。二十一條中最有殺傷力的第五號要求，因為日本的主動撤銷，走進了曆史。
第二天（5月7日）下午3時，日本駐華公使日置益在整整交涉了110天無果以後，主動造訪外交總長陸征祥，拿出了檔案名為《覺書》的最後通牒。
《覺書》要求除第五號各項“日後另行協商”外，限中國在48小時內完全接受4月26日日本修正案的其他所有內容。日置益警告說日本在華軍隊已經蓄勢待發，“如到期不受到滿意之答複，帝國政府將執認為必要之手段”。此前，日本政府頒布關東戒嚴令，命令山東、奉天（遼寧）日軍備戰。日本軍艦遊弋在渤海，對中國政府進行赤裸裸的武力威脅。
接到日本的最後通牒後，袁世凱在5月8日午後召集國事會議，商議對策。在開會之前，被袁世凱政府寄予厚望的英國駐華公使朱爾典緊急會見了陸征祥。他帶來了英國政府的正式意見： 建議中國政府接受日本最後通牒。袁世凱期望的外援在最後關頭拋棄了袁世凱。在由總統袁世凱、副總統黎元洪、國務卿徐世昌、左右丞、參謀總長、各部總長、各院院長、參政院議長、外交次長、參政院次長、秘書長等人參加的國事會議上，朱爾典的意見沉重打擊了眾人繼續抵抗的信心。
袁世凱在會上發言，“我國雖弱，苟侵及我主權，束縛我內政，如第五號所列者，我必誓死力拒”，現在中國內外交困，“不得已接受日本通牒之要求，是何等痛心！何等恥辱！語曰： 無敵國外患國恒亡。經此大難以後，大家務要認此次接受日本要求為奇恥大辱，本臥薪嚐膽之精神，做奮發有為之事業”；“若事過境遷，因循忘恥，則不特今日之屈服奇恥無報複之時，恐十年以後，中國之危險更甚於今日，亡國之痛，即在目前。我負國民托付之重，決不為亡國之民。但國之興，諸君與有責，國之亡，諸君亦與有責也”。
副總統黎元洪發言，弱肉強食是自然法則，“日本乘機強奪，不足為怪，所恨者我無自衛之力，不能為堅強的拒絕，致使外人輕侮”。