王懿榮第一次出任團練大臣是在光緒二十年底至光緒二十一年（1894～1895），中日甲午戰爭爆發之時。中日甲午戰爭是日本侵略朝鮮和中國的戰爭。因戰爭爆發於農曆甲午年，史稱甲午戰爭。日本明治維新後，迅速走上對外擴張的軍國主義道路，製定了以掠奪朝鮮和中國為首要目標的“大陸政策”，加緊擴充軍備。光緒二十年（1894）二月，朝鮮爆發了東學黨農民起義。朝鮮政府派兵進行鎮壓，但屢次遭到失敗，無奈請求清政府出兵援朝。六月起義軍攻占了全羅道首府全州，朝鮮李氏王朝驚恐萬狀，速求清政府“酌遣軍隊，速來代剿”。當時北洋大臣兼直隸總督李鴻章總攬軍事、外交大權，接到朝王請求，奏明朝廷後，即決定調直隸提督葉誌超率大同鎮總兵聶士成帶清兵1500名赴朝對朝東林黨作戰。清廷軍機處還傳達光緒帝的上諭：
“此次朝鮮亂匪聚黨甚眾，中朝派兵助剿，地勢敵情均非素習，必須謀出萬全，務操必勝之勢，不可意存輕視，稍涉疏虞。派出兵練千五百名，是否足敷剿辦？如須厚集兵力，即著酌量添調，克期續發，以期一鼓蕩平，用慰綏靖藩服至意。”（《李鴻章全集》？電稿二？第686頁）。據此，聶士成部於6月6日率第一批清軍911名自大沽登輪赴朝。葉誌超於8日率第二批清軍1055名繼進。
日本覬覦中、朝，蓄謀已久，中國出兵朝鮮，日本即以保護在日僑民為借口，亦大量出兵，至6月中旬，入朝日軍已達4000餘人，是清軍數量的兩倍。由於清兵迅速鎮壓了東林黨起義，朝鮮國內局勢趨於穩定。清政府向日本建議雙方撤軍，遭到日本拒絕。於是中日兩國圍繞從朝鮮撤軍問題進行了頻繁交涉，前後曆時一個半月，但因日方強詞奪理、節外生枝而毫無進展，其蓄意挑起事端的企圖已很明顯。總理衙門致電李鴻章：“倭如添兵未已，我應否多撥以助聲援，望審籌酌辦。”然李鴻章一廂情願地說：“我再多調，日亦必添調，將作何收場耶？”仍不增兵朝鮮，想以忍讓來避免戰爭。但日方卻並沒有因中方忍讓而停止增兵，到了七月初，赴朝日軍已達萬人，其蓄意挑起戰爭的企圖顯而易見。7月2日，光緒帝發出密諭：“南洋各海口均關緊要，台灣孤懸海外，倭兵曾至蕃境，尤所垂涎，並著密電各該督撫，不動聲色，豫為籌備，勿稍大意。”對此，葉誌超對赴朝清軍的下一步行動提出建議：或速派水路大軍入朝，和派輪將其全部撤回國內。7月14日，清廷複電：“所籌派輪赴牙，將我軍撤回一節，彼頓兵不動，我先行撤退，既先示嫌，且將來進剿徒勞往返，殊屬非計。現在和商之議，迄無成說，恐大舉致討，即在隻顧。著李鴻章體察情形，如牙山地勢不宜，即傳諭葉誌超先擇要退兩便之地，扼要移紮，如期迅赴戌機，毋致延誤”（《李鴻章全集》？793頁）。如此時撤兵，或許可以暫避戰事。但此時清廷中樞既對中日雙方軍力對比缺乏清醒認識，又礙於中朝間的特殊關係和中央大國的臉麵，於是決計“大舉致討”。7月23日，清政府被迫派兵增援。同日，侵朝日軍占領王宮，發動政變，並攻掠清政府駐朝總理公署。繼而又在牙山口外半島海麵突襲了中國運兵船，爆發了黃島海戰。29日，陸路侵朝日軍進犯駐牙山的清軍。8月1日，中日雙方正式宣戰。
開戰前，由於李鴻章猶豫不決，而使我裝載清兵的“高升”號全船官兵700餘人全部遇難。開戰後，李鴻章仍堅持避戰靜守的方針，置清軍處於被動挨打的境地。9月初，日本陸軍大將山縣有朋指揮第一軍萬餘人，分四路進逼平壤。平壤陷落後，日本海軍中將伊東佑亭率聯合艦隊在黃海海麵襲擊清提督丁汝昌率領的北洋艦隊，雙方激戰5個多小時，互有損失，日艦略占優勢。李鴻章竟不顧大局，下令北洋艦隊退守威海基地。日軍趁機占領朝鮮全境並掌握了黃海、渤海製海權，遂由陸路兩線直逼中國國門。9月下旬，日本陸軍大將大山岩被任命為侵華第二軍司令。10月下旬，侵華日軍第一軍攻入中國境內，陷九連城，占安東（今丹東），直入遼東半島；第二軍渡海由花園口登陸，直犯金州。不日，兩軍南北夾擊，遼東半島陷落。光緒二十一年（1895）臘月，日軍組成山東作戰軍，海陸兩路夾擊威海衛，丁汝昌等將士在腹背受敵的情況下，仍堅持戰鬥。正月，日軍入踞威海劉公島，北洋艦隊全軍覆滅。
清末，慈禧太後與光緒皇帝親政，帝後兩黨之爭的發生及其發展，對政局的影響極大。早在甲午戰爭之前，帝後兩黨之間的矛盾業已略見端倪，但尚未表麵化；中日甲午戰爭爆發後，其矛盾才逐步顯露，並在許多問題上激烈地表現出來。
甲午年（1894）十月初十日乃慈禧太後的六十壽辰，她本想大舉慶典，是不希望戰爭發生的。但是，她本以陰謀而掌握最高權力，老謀深算，初尚忌憚清議，並對日本亦有輕視之心。故在中日決裂之前曾“傳懿旨主戰”。其實，慈禧的“主張”並非本意，她無真正把仗打下去的決心。在戰爭初期，她冷眼旁觀，除對重大問題決不放手外，一般不動聲色，伺機以操大局。（《翁同龢日記》？甲午六月十四日）
盡管慈禧早已歸政，但軍機處仍為後黨所控製。首席軍機大臣禮親王世鐸，遇事模棱，毫無建樹，但“終身無疾言厲色，對內侍尤恭謹。”因光緒十年（1884），醇親王奕與恭親王奕爭政，慈禧盡罷軍機王臣，宮內左右爭譽世鐸之賢，遂令為軍機領班。兵部尚書孫毓汶善權術，任軍機逾十年。世鐸名領樞府，然其“懦庸無能，毓汶遂專魁柄。夙值南齋，多識群奄，恒於後前稱其能，寵以日固”。徐用儀以吏部左侍郎入軍機，追隨孫毓汶之後，亦步亦趨。與翁同龢“論事不合，至動色相爭”，成為孫毓汶的重要幫手。其餘兩位軍機大臣，一為東閣大學士張之萬，一為武英殿大學士額勒和布。時張之萬已是84歲的龍鍾老翁，善體慈禧之意，“意在不輕開釁”。額勒和布則“木訥寡言”，“才欠開展”，隨聲附和而已。孫毓汶既主政樞府，深得慈禧寵信，又“素於李鴻章相納”，遂成為後黨的中堅。
自日本遞交“第一次絕交書”後，光緒皇帝非常惱怒，嚴責樞府“上次辦理失當，此番須整頓”，並派主戰的翁同龢和主和的李鴻章參加軍機會議，於是翁同龢儼然成為帝黨實際領袖。從此，在清廷高層開始形成了帝後兩黨對峙的格局。但把持軍機高層主和派後黨占上風，帝黨成了微弱少數，使戰局不能施展一籌。
中日自八月開戰以來，帝黨雖然主張對日作戰，但並無實力；而後黨的中堅李鴻章不主張交戰，慈禧太後又恰逢六十大壽，正準備大肆慶賀，更不願意打仗。所以戰爭一開始，慈禧輕敵求速，但戰局越來越對清軍不利，清政府被迫於光緒二十年（1894年8月1日）對日宣戰，但始終處於被迫應付的狀態。
轉眼來到農曆十月十日（11月7日），是慈禧太後的六十整壽。為了隆重的“萬壽慶典”，早在兩年前就著手進行準備工作，特別成立了慶典處，專管辦理慶典事宜。著派禮親王、慶郡王、大學士及戶、禮、兵、工四部尚書專理。
慶典的準備工作大致有如下項目：
其一，備慈禧所用的衣物、玉堂、金輦。
其二，宮廷的點綴、陳設、修繕。
其三，街道鋪麵修葺裝潢，點設景物。
其四，筵宴、演戲。
其五，儀仗。
其六，貢賞物品，報效銀兩。皇帝以下王公大臣、外省大員都要進獻“萬壽貢品”；慈禧為了表示對臣屬的“行慶施惠”，也要“加恩”賞賜。慶典大量經費開支，一部分由“部庫提撥”，一部分由“京外統籌”。即除了挪用邊防、鐵路經費外，則是向京內外臣工攤派報效銀兩。
在準備慶典之前，慈禧太後為自己遊樂已經挪用海軍經費白銀500萬兩，修建了頤和園，這次“六旬慶典”又花費了白銀1000多萬兩。
就在戰爭吃緊時，慈禧太後的奢侈鋪張也毫無收斂。雖然她也假惺惺、故作姿態地頒布懿旨說：“自六月以後，倭人肇釁變亂，藩封尋複，毀我舟船，不得已興師致討。刻下幹戈未戢征調頻繁兩國生靈均罹鋒鏑，每一思及，憫悼何窮！……茲者慶辰將屆，予以何心侈耳目之觀，受台萊之祝耶！所有慶典，著仍在宮中舉行，其頤和園受賀禮，宜即行停辦。”其實這不過是遮人耳目的官樣文章，一切慶典的準備工作仍大肆鋪張進行。
就其修葺街道鋪麵，點設景物一項來說，規模龐大，耗費驚人。在慶典期間，凡慈禧太後由頤和園進皇宮所經過道路兩旁，街道鋪麵要修葺一新，並分段搭建龍棚、龍樓、經棚、戲台、牌樓、亭座及點設景物，“以昭敬慎而壯觀瞻”。
點景工程共分六十段，搭龍棚18座，彩棚、燈棚、鬆棚15座，經棚48座，戲台22座，經壇16座，經樓4座，燈樓2座，點景罩子門2座，點景46座，音樂樓67對，燈遊廊120段，燈彩影壁17座，牌樓110座。
每段點景的裝飾和規模都有一定的要求。棚、樓等內用彩綢，設圍屏、寶座、孔雀扇、香幾、香案、玉爐瓶、如意、彩幢、龍旗禦仗、黃緞龍旗、祝嘏牌等；上麵掛彩綢、玻璃匾對，下麵地平板上均鋪地毯，紅漆的桌椅板凳、茶幾，均罩藍布套。並配置茶具、香盤、水果盤等應用家具。每段掛燈約150隻左右。每段派官員、茶役、士兵30人照料，僧眾、樂師29人。
點景工程繁巨而且時間緊迫，耗費驚人。每段需銀兩4萬兩，60段需銀240萬兩。
此時， 王懿榮正任翰林院侍讀、南書房行走兼國子監祭酒。他看到國家內憂外患，多災多難，而且戰爭正在吃緊，慈禧全然不顧國家及人民的死活，仍大操大辦“萬壽慶典”，深不以為然。於是於九月一日（9月29日），毅然奏上了皇太後萬壽《籲請暫停點景但行朝賀疏》，他鉤深致遠地道：
奏為訛言可慮，籲請暫停點景，但行朝賀，以靖肘腋而弭不虞，恭折仰祈聖鑒事：
竊臣等伏讀八月二十六日上諭：“欽奉慈禧端佑康頤昭裕莊誠壽恭欽獻崇熙皇太後懿旨：“本年十月，予六旬慶辰典禮，著仍在宮中舉行，等因，欽此。”仰見思患豫防，明見萬裏，曷勝欽佩！第念耳目之觀非聖懷所役，而台萊之祝，實臣下同殷，一旦撤停，在瞻仰盛典者豈乏向隅之望？以故承辦諸臣於裁減之中，仍寓鋪張之意。臣等歡忻下悃，何獨不然？惟伏聞近日倭人行蹤詭秘，津沽內外不乏華奸。日來都城多出麵生可疑之人，以瞻仰點景為名。形狀凶惡，行藏靡定，民情驚駭，竟有置盛典而不觀，反思往鄉村遁逃為避居計者。連日洋人紛紛出京，各處教堂種種聚談不一。若點景依然熱鬧，止係稍移地段，萬一偶然不警，匪徒乘機竊發，臣等備員差使，縱有意外，不足為惜，而變生肘腋，恐非六班及周廬直宿諸大臣一時所能猝辨。應如何防患未然之處，用敢籲請聖明深維事理。況皇太後膺天鍾慶，福冠古今，轉盼七旬萬壽近在十年，期頤億齡非可數計，將來紅旗報捷，隨時補行，何時非萬壽之時？何日非祝之日？此際安危所係，實在呼吸之時，必區區於一半月之內汲汲鋪張，諸臣所見誠為未廣。臣等忝同直，既有聞見，不敢不具折密陳，伏祈聖鑒。
此疏既上，滿朝為之變色。當時的許多王公大臣都認為慶典正是討好慈禧太後的機會，正搜腸刮肚想主意、送禮品以博慈禧的歡心。想不到王懿榮卻鬥膽敢於反其道而行之。很多人都為王懿榮緊張了一把。
因王懿榮在疏中有幾處使慈禧太後大為惱火之處：一、王懿榮要她此60大慶停辦，要等到70再慶；二、盡管慈禧太後在慶典麵上已經讓步裁減，王懿榮在疏中仍認為“汲汲鋪張”。但她深知王懿榮雖不算帝黨人物，他身後有若幹清流勢力，因此不好發作，要等待時機。
或許因為王懿榮在奏折中，對鋪張浪費隻是輕描淡寫，而著重陳述戰爭時動蕩不安，此係朝廷的安危，為朝廷著想，當然忠心可嘉；也或許是當時的時機不宜，所以慈禧太後並沒有當即開罪於他。但是也許從此種下禍根，王懿榮一直再也沒有升遷，按例，在王懿榮二任國子監祭酒後，應升遷或改任學政。因此，在八國聯軍入侵北京時，慈禧不露痕跡地報複了他，給了他一個送死的差事。因為慈禧是一個善於玩弄權術之人，置人於死地也能尋出個明正言順的時機來。
在同一天裏，王懿榮還奏上《時事孔極請召用親賢疏》，過了一個月，也就是十一月初四日（11月30人），王懿榮又奏上《詳度夷情審量時局疏》，陳述了自己主戰而勿輕許議和的立場。他在疏中曰：
奏為詳度夷情，審量時局，仰祈聖鑒事：竊自倭人肇寡，擾我邊隅，鳳凰不守，而陸賊全渡江；旅順不守，而水賊亦超北海，我與倭寇勢無兩全。頃者瀕海一帶，逢冬大雪，寇性畏寒，既據要害，藉此休息，陰謀布置。兼之彼國空虛，外強中幹，久成弩末，若以和議，遽來夷情莫測，願皇上勿輕許也。何以言之？我之虛實，彼已知之。彼之所缺者錢耳。和議猝成，钜款至，輸將逮半，而秩厲重來，挾我之資便以攻我，近則半載，遠或數年，中國無安枕之日，是益寇糧而資之盜也。趁此大兵雲集，精厲士馬，厚積軍火，肅清海隅，使其畏服，切誓有堅不敢再犯之心，而後從容講信，示以威福，斷在聖誌。倭寇狡詐，有非泰西諸國可比，一旦反噬，人心渙散，過於今日。若和議暫成，兵不能散，勞師靡餉，終無了期。是不以之戰賊，而以之坐耗糧糈，羅掘一空，民可畏。以億萬姓之脂膏，半以貽寇，半以防邊，國家將有內潰之患，不可不慮。臣受恩甚重，事機甚急，不敢緘默，削牘上陳，伏乞皇上聖鑒。
王懿榮在奏折裏談了兩方麵的意見，一是敵人國庫空虛，所缺是錢。如果一旦議和，必然又要賠款，他們則挾我之資，便以攻我，是益寇糧而資之盜；一是不與敵戰，則人心渙散，坐耗糧餉，這樣億萬百姓的脂膏，一半用之給敵人賠款，一半用之於邊防，國家也將有內潰之患。王懿榮一介書生，對戰局發展利害分析如此透徹。他指出當前對日講和的將使國家從此衰敗下去，不可收拾，隻有堅持抵抗才有出路的戰略方針，是可行的。隻可惜，盡管他的主張得到光緒皇帝讚同，但卻遭到慈禧太後的反對。為此，沒有被采納。
中日甲午戰爭進行至第二年，日本軍隊已由朝鮮半島打到遼東半島，又由遼東半島打到山東半島。光緒二十一年（1895年1月20日），日軍在山東榮成的落鳳港登陸，攻陷榮成縣城。采取包抄後路的辦法，進犯威海衛，企圖全殲困守港內的北洋艦隊。
自從黃海大東溝戰役之後，北洋大臣李鴻章為了保存自己的實力，實行他既定的所謂“以保船製敵為要”的方針，竟然命令北洋艦隊躲進威海衛港內，“不得出大洋作戰”。當時港內停泊的大小軍艦有15艘，魚雷艇13隻，在日軍的進攻麵前，卻不出來阻攔，他們希望陸地能予以反攻，可是清政府根本沒有反攻的準備，而且李鴻章命令陸軍是“可守則守，不守則退”。
當時膠東乃至整個山東的陸地軍事防禦力量都是薄弱的。山東巡撫李秉衡感到“練軍兵數較單，實屬不足分布”。而且“舊存軍械本屬無多”，又多是“舊式洋槍，難以及遠”。因此他奏請“募勇填營”，並急需“購西洋新式快炮、快槍”，以克敵致勝。
王懿榮看到戰火蔓延到自己的家鄉膠東，心急如焚，愁慮彷徨，寢食俱廢。王懿榮上疏請求回籍興辦團練，以禦倭寇。疏中講道：
臣籍隸山東福山縣，地處濱海，煙台即其所屬，東距威海百八十裏，為渤海南路緊要關鍵。此地一失，大局瓦裂。撫臣李秉衡，公忠廉介，中外交推。惟履任未久，兵力又單，淮軍水師依恃李鴻章，不遵該撫約束。故致有榮成失陷之事。臣家有老母，年已七十有三。聞此信，神魂飛越。登萊商賈，旅食京師者約30餘萬人之多，人人皆有身家之念。海隅有警，兵團不給，眾情惶惑。若市麵一空，轉滋動搖，亦必須先有以鎮定其心。臣父前任四川成綿潼龍茂兵備道。先臣祖源於鹹豐十年任部員時，曾經山東督辦團練大臣杜奏調回籍，專辦登州海疆一帶團練。臣於斯時年已十六七歲，跟隨周曆各口，故與鄉人夙昔治熟，二三豪俠皆所周知。惟有仰懇我皇上逾格天恩準臣回籍，會同撫臣辦理團練，兼事招募。
王懿榮在請辦團練的奏疏中還講到“惟時機已迫，非有得力軍幹迅速赴援，不足濟急。”因此，他推薦了自己的堂弟、陝西永興軍記名提督王鴻發，偕同自己一起回鄉抗擊倭寇。而朝廷卻批示曰：“著準其回籍辦理登州團練事宜，以衛桑梓。至請調記名提督王鴻發，係總兵馬心勝營中分統，此軍已歸牛師韓統帶，業經劉坤一調赴榆關。所請毋庸議。”
王懿榮所奏請協助他籌辦團練的另外幾個人都被恩準了。一個是萊陽籍的翰林院編修王垿，一個是黃縣（今龍口）的族兄翰林院檢討王守訓，一個是榮成籍的原安徽宿鬆知縣孫葆田等人，他們都是膠東籍人。
在王懿榮向朝廷申請回籍辦團練的同時，兩江總督張之洞也向朝廷發出建議：“威海戴、孫兩軍，以少擊眾，力挫凶鋒，洵為難得。惟孤軍恐難持久，援軍緩不濟急，……由東撫李電飭該軍，曉諭榮成、文登一帶居民，各集團練義勇，協助官兵擊倭。”光緒帝采納了這些建議，一麵電諭李鴻章：“集團練一策，著李秉衡即飭地方文武趕緊辦理。”令王懿榮即刻起程，命兵部“刊該關防，並請發給勘金”，著戶部“借支銀二千兩”，以作籌備所需費用。
王懿榮奉旨後，火速束裝上路，於光緒二十一年正月十九日（1895年2月13日）承領戶部所支銀兩後，於二十二日直赴登州（今蓬萊）。
在早春料峭的寒風裏，王懿榮心中卻像一團火，沿途急行，不敢作片刻的逗留。並將沿途所見所聞隨時回報朝廷：“臣此次沿途經過直隸及本省各州、縣地方，親加訪問正在舉辦的團練。畿輔以順天所屬之良鄉六裏河，東省以青州所屬之昌樂較為整齊。而萊州之濰縣民團尤屬認真。此皆逼近京城及東撫駐紮之區。”
王懿榮經過了二十天的跋涉，於二月二十三日（3月9日）在萊州府會見了山東巡撫李秉衡。至此才知道威海已經失陷，北洋海軍提督丁汝昌、總兵劉步蟾、參將楊用霖、北洋護軍統領張文宣、陸軍統領戴宗騫等，全都以身殉國了。王懿榮心情十分沉重。他不顧沿途的勞頓，立即與李秉衡商談布防及巡視團練事宜。隨後就趕赴登州，察視登州所屬十縣的團練組建情況。
二月二十六日（3月22日），王懿榮一行來到黃縣。黃縣團練總局董事候選知縣前廣東豐川縣知縣山民、四品銜候補員外郎丁世常、候選訓導王常益、試用教諭前署平原縣訓導薑淑、四項統選教職丁庭聞、候選訓導薑梧慶、廩生丁毓旃等人，共同迎拜了王懿榮，並向他彙報了黃縣團練訓練、站崗、巡夜、值勤及籌款、開支等事項。
王懿榮聽罷彙報，認為黃縣是登州府辦團練最好的縣，“辦團練認真，為合郡第一”。該縣有居民55262戶，城內共587戶，圩內共2792戶，圩外各鄉有51883戶。居民全部按照要求編入保甲，這就是團練的基層組織。除臨海漁村之外，其餘各村每十戶人家為單位，互相稽查。每村則組織一團練，每社（大於自然村的基層單位，每社有二三十村，或七八村不等）則成立總團。總團長由社長擔任，而團長則由總團長推舉一二人任職，以辦理各村事務。凡已設團的城鄉，皆有辦公的場所。有事則由團長召集議事。
團練的經費來源，總局經費由全縣紳商捐輸，各村則由各村自行捐輸。圩內軍火由總局發給，各鄉軍火則由各團練自籌。
圩內24村尚訂有自己的章程《圩內二十四村變通章程》，其中規定：“圩內二十四村圍繞，聯絡一氣，擬邀營官二名，管帶約束團丁。各村未選餘丁，無論老弱，各團長率領操練，晝夜巡街，夜則支更，看守圩牆。”
二月二十九日（3月25日），王懿榮在黃縣看過團練隊伍操練之後，甚為滿意。即起程赴府治蓬萊。
三月朔日（3月26日），王懿榮到達登州蓬萊閣炮台時，聽到“黑山島炮聲隱隱”。在蓬萊閣北上炮台視察結束時，他為表彰提督夏辛酉親自率守軍向三艘日艦發炮轟擊，使“吉野艦受創，急回旋掛白旗後逃遁”的抗敵事跡，親筆題寫了《鄆城夏公印辛酉字庚堂德公碑》。事情是這樣的：
年初，一月十八日、十九日兩日，日本海軍派主力艦吉野、浪速及秋津洲三艦駛到登州海麵，對登州府城進行炮擊，其中一炮打入蓬萊閣內，擊中閣後“海不揚波”碑刻，穿碑而過，所幸為啞炮，才得以保全千年古閣。炮台守軍在夏提督指揮下，連發大炮，其中一炮擊中敵吉野艦，該艦火煙滾滾，掛出白旗。我炮台停止發炮，貽誤戰機，後敵艦搶修傷艦，向深海逃遁。
王懿榮聞聽此事，深為遺憾，他提筆寫道：
甲午臘月二十三、四連日，日本倭寇，橫行海島，東侵登州海上，歲元日及念七日，先後來攻，提督鄆城夏公，督登州諸鎮，昌邑傅公等來往海上，悉力防禦，迎機開炮，擊日艦退，府克全，百姓安堵，偵諜即勤，固知敵視堅壁無摧無撫，使民無驚，威福所庇，萬家感戴，勒此上。（山東蓬萊師範學校教師高英轉抄）
此後，王懿榮用了短短十幾天的時間，巡察了登州所屬十個縣城。“每到一處，止留一日”，就連自己的家鄉福山也不敢多逗留。
有關當時王懿榮登州抗倭的事跡今蓬萊閣最後一個道士說了一個傳說。他講道：
王懿榮冒著漫天大雪於臘月二十三日來到蓬萊城外。登州知府賈湖昨日接到朝廷邸報，說欽差大臣王懿榮來到登州城，忙派人去城外迎接，可等了一個下午也沒見迎接人回來。他正坐在後堂生悶氣時，忽然跑進一個差役高聲稟告：“大人，海麵上有三艘不知何國軍艦在遊弋。”
賈湖一聽，嚇得臉都白了，忙率眾官員往丹崖山炮台奔去。在炮台上，賈湖用望遠鏡一看，遠處有三艘炮艦飛快地升上了膏藥旗，忽然，轟！幾發炮彈打到丹崖山後半山上，又一發炮彈打在蓬萊閣後牆的“海不揚波”碑碣上，因是啞炮，隻是在牆上穿了一個大窟隆。這時，炮手中有一曹姓青年，外號“曹大炮”，跑上前跪在賈湖麵前，道：“大人，敵艦犯我海上，向我開炮，我們應放炮回擊才是。”
賈湖一楞，怒斥道：“爾等不可造次，待我奏明巡撫，方可行事。”
曹大炮眼含熱淚道：“大人，若等上麵允準，那敵艦早就攻上來了，請大人下命令吧！”
賈湖氣極抬腳將曹大炮踢倒，罵道：“國家大事，爾等焉能視同兒戲，還不給我退下！”說著怒氣衝衝地下了炮台，然後直奔海神娘娘廟磕頭燒香去了。
眾炮手見賈湖離去，一個個急得直跺腳。這時，敵炮又在山半腰炸響，其中一炮還把避風亭女兒牆炸去了一角。又一炮把牆垛炸開了一個大缺口。曹大炮氣得兩拳緊握，牙齒咬得咯嘣直響。
就在大家怒火中燒之時，從炮台後閃出一個中年漢子，隻見他青衣小帽，兩眼神如閃電，雙手抱拳道：“兄弟們，為何不開炮？”曹大炮看了他一眼，道：“知府大人說要請奏上麵……”
“糊塗！洋人都打到我們家門口了，還請示什麼？快開炮，一切責任由本欽差擔著。”
大夥一聽為之一振，曹大炮上前吼了一聲道：“開炮！老子今個要和你們拚了！”說著領一幫人直奔炮位。曹大炮一麵目測著距離，一麵將炮點上。轟地一炮，隻見敵艘騰起一股黑煙。又一炮，打中後麵一艦的尾部，艦上立即著了火。
忽然，有人喊：“炮手，你看……”
眾人抬頭，隻見敵艦升起了一麵白旗。
這時，那個中年漢子大聲道：“我乃欽差登州團練大臣王懿榮，前來登州督辦抗倭事宜。現在，我命令速派船隻到海上招降日本人，曹炮手快裝炮以防不測。”
不知什麼時候，賈湖回來了，他從人後閃出來道：“王大人，使不得，使不得！大人有所不知，自中日甲午開戰，我朝挫敗，李中堂傳諭，沿海炮台沒有命令一律不得擅自開仗。”
王懿榮板起臉道：“混賬話！中日八月正式開戰，我北洋水師損失慘重。難道人家打到我們家門口了，我們也不還手？再者說啦，日本人首先開炮，我們怎麼打不得？日後朝廷開罪下來，由我王懿榮一人承擔！”
賈湖見王懿榮動了怒，無可奈何地向差役說：“還不快去準備船隻！”
王懿榮急得在炮台上來回走著步子，看了看敵艦，要曹大炮快裝炮。眾炮手裝好炮，王懿榮讓他們快測距離，準備開炮，忽然發現海上的日艦已降下白旗，由一艘拖著，一艦做掩護，向深海逃遁而去。
王懿榮命眾炮手快開炮，轟轟！兩炮直打在敵艦尾的水麵上，海上頓時騰起幾股水柱。不一會，敵艦變成了三個小黑點兒……
當晚，登州府署為王懿榮安排了接風宴，被王懿榮謝絕了。王懿榮連夜部署抗倭團練事宜去了。
這個傳說不管是否屬實，但起碼有一點，說明了王懿榮在任登州團練時，給當地人民留下了深刻印象。人們十分懷念他，把他的英雄事跡編成故事在民間流傳下去。
當王懿榮來到萊陽時，萊陽知縣徐桂寶對王懿榮抗倭十分敬佩，將自己珍藏多年的戚繼光當年在浙江抗倭時所繳獲倭首的寶刀贈送給他。王懿榮十分高興，他在給族兄王守訓信中寫道：“在萊陽得萬曆十年戚武毅所造刀，此是刻《止止堂（集）》之報也！”
戚繼光是著名儒將，王懿榮此時儒臣統兵，而且二人都是從事抗倭，戚繼光的寶刀今又被王懿榮所用，於是他寫下了《戚武毅寶刀歌謝萊陽徐明寶同年》長詩曰：
昔日曾刻南塘集，
今朝喜得戚家刀。
刀輕如紙光如水，
兩行款識秋芒豪。
上鐫萬曆十年字，
是時公居薊鎮地。
登州戚氏嶽家軍，
鑄刀初成姓為記。
憶昔浙閩與三邊，
公所到處皆淩煙。
虜酒朔風不成醉，
精神炯炯三百年。
幾經流傳濟南驛，
徐侯得之若拱壁。
銀函未改明時裝，
血染苔花碧。
我今持節過萊陽，
下馬直上徐侯堂。
徐侯寶刀舉相贈，
知餘團練兼禦防。
千金掛樹生不疑，
楚弓楚得千古奇。
即今防邊無二義，
關東諸將何離披。
北洋舟師更無論，
一擲三千六百萬。
遂令窮島呈天驕，
海峽蝦夷任滋漫。
朝廷命我治鄉兵，
徐侯與我同歲生。
俯仰東南天半壁，
酒酣斫地淚縱橫。
王懿榮在巡視十縣團練，也看到了許多不盡人意和不足，他指出：登州原有的團練，“因而不練，不如不團”。“無糧無餉”隻是徒有虛名。因此，他建議“以城防勇例，濟以資糧銀，月二兩兩錢，一旦寇至，率眾登陴，以守為戰”。寇退則止，臣即於其中擇其精壯嫻熟者，撥入營武，名曰“鄉練”，可“照正兵例給餉”。為了使所辦的團練具備一定規模，發揮守城能戰作用，他又提出“每縣至少須有五百人，不足則以他縣補之，再不足以招募萊、青一帶者補之”的設想。以此計之，“十縣合有五千人便成十營之數”，“使其分紮於十屬之間”，平時逐漸更替交換，使之各與鄉團相互演習，聯絡一氣，擴大聲勢，以壯其誌。如果沿海港口有警來報，“每使二百人，合鄉團共守一城，以明指揮防禦，蓋不能戰者亦不知守。而臣以此三千人者，和尾隨大軍之後，為之接運糧草，或裁擊敗寇之餘，以之奪糧斷道，其平時熟悉本地山川險要，或扼堤岸，或出偏師，以補大軍所不足”。王懿榮還說道：“積熟生巧自驚旅”。為能使所辦團練名符其實，能戰能守，他還規定了“立營之法，擬仿陝西永興軍現行之製，亦即老湘軍所遣營製，步隊一營每月須餉銀二千五百四十三兩，馬隊一營每月餉銀一千五百三十兩”。“如果戰事平息，這些人都可近歸本籍，也容易遣散。”（王懿榮撰《黃縣團練劄記？山東省博物館呂偉達手抄本》）此外，他還在故裏福山以王氏宗族為骨幹組成了一支千餘人的王家軍。
正當王懿榮要手持戚繼光寶刀指揮前線軍奮勇殺敵之際，朝廷卻派李鴻章在日本馬關的春帆樓，代表清政府在《馬關條約》上簽了字，把中華民族若幹利益出賣給了日本帝國主義。
《馬關條約》，又名《春帆樓條約》。光緒二十一年（1895）三月二十三日（4月17日），清政府欽差頭等全權大臣、直隸總督李鴻章及其子、欽差全權大臣李經方與日本全權代表、總理大臣伊藤博文和外務大臣陸奧宗光在日本馬關（今下關）春帆樓簽訂。共十一款，附有《另約》、《議定專條》。主要內容為：（1）中國承認朝鮮為“完全無缺之獨立自主”；（2）中國割讓台灣全島及所有附屬各島嶼、澎湖列島和遼東半島給日本；（3）賠償日本軍費庫平銀二萬萬兩；（4）開放沙市、重慶、蘇州、杭州為通商口岸，日船可沿內河駛入上述各口岸搭客裝貨，日本政府可在通商口岸設立領事館；（5）日本臣民在中國通商口岸城邑任便設立工廠、輸入機器，隻交所訂進口稅，日本在華製造的一切物品得免征各項雜稅，所有日貨均可設棧寄存；（6）交換俘虜，中國即行釋放日本軍事間諜或被嫌逮捕之日本臣民，並不得逮捕為日軍服務的漢奸等條款。
王懿榮聞後，義憤填膺，夜未能寢，他寫下一首詩曰：
豈有雄心輒請纓？
念家山破自魂驚。
歸來整旅蝦夷散，
五夜猶聞匣劍鳴。
據傳，王懿榮當晚到蓬萊芝山戚繼光墓前祭奠一番後，大哭一場。
光緒二十一年四月二十三日（1895年5月17日），王懿榮接到朝廷於十八日發寄的上諭：“和議已定，勿庸招募，著即回京供職。”王懿榮乘機向朝廷請了兩個月假，他已經八年沒有回故裏了。得到朝廷恩準後，他回到了福山縣城裏住宅，灑掃庭除，安置鍋灶，準備迎接母親的歸來，“藉此承歡，稍圖定省”。
原來張之洞看到戰火燒到山東半島時，曾派24個營的部隊趕到威海衛援戰，又贈送了快槍1000支，彈藥100萬發。同時他還惦念在福山故裏頤養天年的嶽母的安危，通過煙台東海關林含芳道台，告知了王懿榮，早於光緒二十一年正月初三日（1895年1月28日），派專船小火輪到煙台將謝太夫人接到了兩江總督任署，並為謝太夫人在南京城裏花牌樓大街租賃了一所住宅，在此避住。戰爭結束後，謝太夫人要歸返故裏。張之洞電函告知王懿榮。王懿榮在給張之洞的回信中說道：
香濤妹倩老前輩親家大人坐下：
在萊州得二十五日電示，家慈將以二十六日由南京啟行東歸，弟先以二十三日接到十八日廷寄：和局已定，無庸招募，諸即回京供職。弟當即具疏乞省親假兩個月，於二十七日拜發後，遣散將哨等人，即日首途，月晦抵裏，至今尚未得南來消息。八年未歸，又是兵荒遷徙之餘，在家灑掃庭除，安置鍋灶，藉此承歡，稍圖定省，亦此生一大樂事。惟是家慈攜全眷在此居住數月，往返資乘坐耗清俸祿應不下千金，且以事出倉促，敝兄弟俱未在家，故為此急就，感戴之下，益深歉疚。煙台去治署才五六日水程，弟在家兩月乘輪北上，亦不過四五日，中間可得寬綽十許日，本擬微行來詣，一為叩謝厚誼，以快十餘年未傾之愫，以泄中外大局之忿，惟限於資斧，不忍再以絡索於公，仆病未能也。此行賠銀五百餘，皆所稱貸於鄉，而部擬庫省月餉二萬五千有奇，絲毫未動，隻是所費部支二千，大為東撫所詫，渠不隻能於此種事大詫而已。瀕行慨贈千金，弟複以此係急難，並非謀差，斷無此等行逕，辭之以去。即此所賠之數，不多抵書房一節賞犒而已。且賺得不起早、不寫字、不作詩，為便宜甚大也。笑笑！回頭一想，夜夜五更秉燭揮毫，寫完即掀靴頁，無怪公之當年，力言斷不能充當此一差也。可畏也夫。此次和局不定，以區區登屬而論，所可惜者，弟周曆千局盡得形勢，各縣大姓皆屬舊戚，萊陽、棲霞西南鄉一帶人，最剽悍，群言於弟，官募斷斷不出，若弟之招集乃自己家事情，願出連環保結，即本族子弟亦情願由縣結送，以後死喪斷不相怨，但使吾郡塚墓不至淪入異域。蛇無首不行，弟則此刻，登萊兩郡京官之最大者。隻是不去，便相依為命，決無後來相累之處，反以見慰，人心甚齊，最為可用，而言及海上諸軍，皆湊集遠東敗卒，鞏綏逃餘而成。主帥，昧於地勢，哨一味克扣，兵之所過毒甚於賊，皆太急痛恨，為可念也。且弟招吳某，即黔、蜀哥老之魁傑，隴回禹即回家投誠之孫，其祀八十老酋，尚且健在，一稱有敢死之黨三千餘，一稱素養馬隊五千餘，若一旦用時聲呼即至，馬匹且不須買，並能衝抄，不須偵探，加以鄉裏子弟可得萬人，此時雖已，將來若有台澎之舉，不須乞外洋保護，且不愁海麵無兵艦，隻此一片淨土，老當道臥，豹子焉敢過也。鄉先生有智謀可用者，亦得數十人，沿海營圈遺跡了然，皆前明基址，針對海口水中無礁石，小船可搶岸處所，所安置星羅布，密如散絲，東省大小將帥烏龜王八蛋，鳥足以知之哉！東撫謀國，推心嘔血，自是當今純臣第一，然不曉洋務，二不知兵事，三且不看京報，以束薪為牛羊，機局太小，不可以為滕薛大夫，然已萬中送一矣。奈何！奈何！專謝敬賀午禧，即請勳安。
弟懿榮頓首。
王懿榮在信中講了這次組建團練經費花銷情況。原朝廷批準戶部撥銀2.5萬兩，絲毫未動。幾個月來，王懿榮雖是“量米下鍋”，但不僅2000兩銀子全部花完，而且自己還賠上白銀500餘兩，“皆所稱貸於鄉”。山東巡撫李秉衡曾經“慨贈千金”，被王懿榮斷然拒絕了。信中所提在族中招子弟組成“王家軍”外，還招募了哥老會一班豪傑。哥老會，本與天地會同出一源，為清康熙年間由鄭成功創立的“反清複明”幫會組織。又稱嚕會，哥老二字為“嚕”的音轉。為清末天地會、白蓮教兩大結社的產物。“嚕”是四川對於遊民盜竊團夥的俗稱。如當時湖廣總督舒常奏稱：“查匪類，川省呼之為嚕子，即各處所謂光棍、泥腿子之類……”再如乾隆朝四川按察使薑順龍奏：“查情係五方雜處之地外來之流棍頗多，其最著名莫如嚕子一項……”
哥老會的形式，正是太平天國爆發前夕。在內戰期間，哥老會獲得迅速的發展，蔓延川、黔、陝等省份。哥老會稱首領為大哥或大爺，互稱“袍哥”，太平天國失敗後，哥老會相繼參加了農民起義和反洋教的鬥爭。王懿榮十分欣賞哥老會的“忠義”精神，與他們廣交朋友，結成抗日聯盟。隻可惜因為朝廷議和，未能與哥老會殺日寇報國。
王懿榮把家裏安排妥當。待謝太夫人由南京返裏，他親自到煙台碼頭迎接。到家後，王懿榮向母親稟告了辦團練的情況。特別提到三個多月中奏調團練人員，委派各營哨，曆遍府屬十州縣的糧餉、馬乾、川資等項所費，戶部所支2000兩白銀全部光，而且還另外借貸了白銀500兩墊用。他認為錢雖花了，但終未能為國家出一力，“吾不敢累以國家以度支也”，仍要把從戶部支出的錢全部繳還回去。
謝太夫人對兒子的做法甚為滿意，對繳還部款，也欣然應允。她知道兒子無多少官俸，常典衣購置文物，要湊齊2500兩銀子確非易事。決定將自己的衣裘、釵釧拿出來典售，幫助兒子彌補了虧欠。並且安慰王懿榮說：“吾衣飾豈所固有，竭國恩之餘。以國家賜予複為國家之用，何憾！汝勿以累吾為念。”王懿榮對母親的大義深感敬佩，他又將部分田產賣掉，將所遣費用全部還上。
為將此次團練事宜善後善始善終，王懿榮還頒發了《谘山東巡撫文》，他說：
欽命辦理登州團練事宜、日講起居注官、南書房翰林王為谘明事：竊照本祭酒前奉欽命辦理登州團練兼籌練鄉兵，到籍後，周曆十屬，查勘情形，曾於四月初九日具奏。折內聲敘所有此次由部谘行東省藩運兩庫先行籌銀二萬五千四百三十兩，存儲該庫，以備動用。除本祭酒先在部庫借支二千兩外，此款由部谘東之項金數，現在仍存藩運兩庫，分文未動等因。相應谘行貴撫院查照前件，知照藩運兩司各行據實聲明報部查核，勿得含混遲延，實為公便。再本祭酒前於四月十五日差次移行登州十屬各州縣地方官，並劄飭各州縣團練總局團長紳董，造具清冊四本，計分現辦章程一本，城鄉團長花名一本，海汊山坳小路地勢繪圖貼說一本，前明沿海備倭營垣土圍遺址一本，以備陳對，就近申送前來等因。去後現除蓬萊、福山、棲霞、寧海（今牟平）、招遠五州縣業經造送外，所有黃縣、萊陽、海陽、文登、榮成五縣，迄今已兩月之久未據造送。蓬萊、招遠兩縣漏送城鄉團長花名冊子名一本。本祭酒假期屆滿，現擬於六月初二日由水陸回京銷假複命，一並谘請逕由貴轅統飭各該縣局迅速造送，轉寄京寓，以完公幹。為此合谘貴撫院部，請煩查照施行。須至谘者，右谘山東巡撫部院李。
六月十六日（8月6日），由煙台起程登火輪北上二十日回京複命，具疏謝恩，並奏請注銷欽命辦理山東登州團練木質關防。
王懿榮在任登州團練大臣、組織膠東團練期間，得到了軍機大臣、內閣中堂翁同龢的大力支持，他在登州給翁同龢信中寫道：
夫子大人鈞坐：
今日花衣折件未上，亦未能請訓準，擬明日矣。門生會同此數人者，去赴桑梓之難急切膚之災，蹈湯投火，甘之如飴矣。請款有章借支，更屬瑣屑，誠以亂離之際，措手無資，攜此稍有憑籍，不至為合同公騙之局。較之出使外洋擁重資得貴銜者，理欲自判。聖人在上，當可鑒此若誠，伏望夫子大人一言。讚襄得邀俞允，勝於門生哀訴萬萬。
……
倭氣一日不靜，登州不能一日無事。倭韓苦力燒磁北挖煤，種洇海，參者盡是登人。自明已然，不過，較之旅食京師與東三省者尚少，以彼總屬異域，不肯易脈安家而已。現在東撫退保萊州，則倭之在登水旱並進，恐將無城不下，逃難者來穹。城門閉後，窮民竄夥，山穀凍倭以孔者不堪觸目，借募為賬，收其精壯，亦易招集，再有半月，不知更當如何，畏死求飽何所不至。
鹹豐庚申接濟洋人兵糧軍火者，便是煙台漢奸，不然渠來天津，遠涉重洋，何從取辦口食采買米煤，故門生前折所言：威海若不保，天津萬無可守之理是也！十屬鄉人以歸骨之會有感！門生孰倭孰韓，土人俱能發覺，門生稍樹一幟，使有所歸，免為人用，不至甘心從逆，此非地方官所能做到，而門生墳墓、田舍可以保之，不至淪入異域，亦是此生輪回一次，報答先靈之，豈獨為國效盡瘁王事已耶，願言思之，涕零如雨。昨接劉道薌林複電，門生老母及全眷，去臘已為香濤由洋船接至南京。而香濤自到南洋以來，至今與門生書電一字未通，為此，亦來告語，使門生合家顛倒魂飛魄散者，殆將月餘，其倉皇失措之狀可感可想。若非賜轉煙電，至今尚在夢中，此亦安放一件大心事，敬為我夫子大人告也。以上諸語，折中不能具述，有涉聳聽之嫌，且倭韓民奸亦不欲加鄉人，以此等名色，祗為此中實情，敢向函丈陳之。專叩！
王懿榮每到一地巡視，總是向翁同龢回報情況，他說道：
懿榮於叩辭後，以正月廿二日出京，二月初四到濟南，見藩運兩公，知餉已撥成，未承領，容見東撫再為籌商，在省隻住一日，十三日抵萊，即晤東撫，聞即日發電報，知懿榮到籍日期。此次懿榮已例發專奏，海上大概情形另紙呈閱。客軍紛紛調赴海豐埕子口矣，東撫焦勞，日日嘔血，各軍烏合既不得力，東省吏治不可問，奈何！
拜折後，三兩日內調員必可到齊，既先行馳赴登州，周曆十縣，測度情形，折回萊州，再與東撫籌商合奏，此時行館龐雜，又無多函封，不及細書。高陽誌師前，乞以此啟轉閱。沿途自至濰縣，泥濘難行，東府雨雪甚大，濟陽水汛口決，過齊河水，才消三兩日耳，總遽肅上，專叩福安！
敬再啟者，門生此次在東所有日前奉，旨部撥十營月餉，一月二萬五千四百三十兩之數，仍舊存儲東省藩運兩庫，門生絲毫未動，業已於奉到廷寄，毋庸招募。請假省親，折內奏明在案，到原籍後，又複行文，照會東衡，飭知該藩運兩司，據實報部查核，勿得含混遲延等語。東省公事糜爛，東撫幕府人少，公文依傍複遲鈍，是以再三叮嚀，自京起程至萊州，除用勘合車馬外，資斧自備，惟調員薪水，借募營哨勇目，照未成軍口分，係動用部支二千兩內官錢。到登州便無車馬通行之路，所有苫轎駝載。在萊賃屋以至撤散資遣，所有不敷，係門生由家稱貸開付，亦屬有限，不過抵補分房兩節堂費堪均廑瀕行。東撫遣營務知府錫良贈行千金，係向例支撥局所出。當時辭，其贈調員鬆溪，爵生兩檢討每人百金，渠等亦概未收。門生過津，內海船直下河船，亦未拜客，隻在河船作書，向雲舫侍郎借三團勇相護，到京遣回，南齋端節皇太後禦賞各物，亦由書房太監給送到家。聞單上注差與上齋王雲舫侍郎一律明日複命，後應否直入書房。聞與試差相同，不比學差，再候仍在行走之旨。
謹再敬聞，專叩。
懿榮前於二月十六日，拜折之後，為大雪所阻，至廿三日始從萊州起身，同陳阜、王先至黃縣，每到一縣，見地方文武各官並靠近紮營之將領。先期約集城鄉各團長，於次日會晤細詢情聆。並議商現在辦法，各縣情形不同，故辦法亦隻能因地製宜。大旨總在取便於民，不能定一劃一章程。十州縣大姓多係懿榮諸人等舊戚親族，見麵時將春間備倭及一時地方營哨各官形情，皆傾筐倒篋而出之，無犯無隱。有十縣紳士所寫及三縣團長所上，集成一本文字，鄙俚大類。上海所印申報，然字字實錄，登州吏治軍情大概可見。僅以一冊呈閱，並乞轉智李高陽老師同閱。寓所嘈雜鄉黨湊楚不及。專上此冊曾分致孫萊山丈，籍知本地事實，不敢智外人傳觀。非所以處地方之道，且在外人寓目，皆談笑而道之。至懿榮等人得此，孟子所謂涕泣而道之者矣。每處住一日或二日，平路棄車，山路則棄苫子，本地即亦無人之也，到蓬萊時在三月初一日，府城凋敝不堪，居民尚未盡回，賊在黑山島有四船，在此搜查往來大小海船，距城不過六十裏水麵，一個時辰可到。炮聲連日不絕，陳阜以清明上墳，辭回濰縣，此後祗同王周曆八縣，見去年及會春所放炸炮於落地未開者，大者高四五尺，小者亦二尺數寸，此物不但雪大未開，究亦製作未甚得法，太笨太遲，非觸極堅之石不能開也。土人群相驚以為戚武毅神佑，蓋曾被數百炮雲水城內外農夫雪釋時發得之。寧文榮之縣倭退收複，亦凋敝不堪。榮城所見炸炮子尤大亦未碰開者，在寧海收得倭寇原報原印告示一張呈閱，又屬趙都司差崔外委微服探知劉公島情形。文登屬團長於霖逢勾出威海團長議事，函屬東撫於於威海加賑交團長私放，時倭寇占居海中劉公島者，仍以小船往威海賣買不絕，官坤俱不能到也，訓招在文登縣城，新到任者不敢前入，救間綬敗軍回籍者，作花麵肆搶劫晝夜逃入劉公島。登州數百年來與倭韓通商，海道嫻熟，此刻漁船活動公然日常往返，滿地奸細，防無可防。好在兩處傳話，無微不至，彼亦不自知其為奸細也。我們祗有固我民心，堅我軍實，得尺得寸，固我邊圉而已，懿榮每見鄉人輒諭以我輩祖宗墳墓後代基業俱在於此，豈能決然舍去，坐視其淪人異域也耶？登州去省九百餘裏，萊州去省七百餘裏，前明有登萊巡撫之設，署在萊州，即今登青道。治署專治兵事，看來早晚宜複明製。海上有事，東撫即不臨前敵，亦須駐紮萊州，而萊之距省七百，豈複能再回顧濟南？況曹兗向有夥弁時須彈壓，而東省此刻吏治敗壞不堪。又東撫在此，經年能不隔絕，若回省照常辦事，則登萊又屬嚴疆，各軍羅列事權不一，各不相能，東撫在省相隔殊絕，不能兼顧。豈不為亂！此刻隻知遠調各營齊集海上，而不知東撫一去則無以善其後。誠恐將來不複明製，設一專治兵事之登萊巡撫，其勢必不濟矣。此知明製旅順等處之必設東江巡撫，暨此次和議後，必須陰相宅尚書建陪京之地，為第一要義，第一長策。風鎬初成，洛京已起，書訓甚不誣也。中國將帥不講地勢，為天下近日一大通病，本地情形，山川形勢，本地土人知之較書本上清楚，切實。
王懿榮對這次甲午海戰、陸戰失敗查找原因，他認為：
登萊兩府濱海之地，前明所設備倭威海衛、又靜海衛、成山衛（今榮成）、大嵩衛（今海陽縣城）及萊之靈山衛（今即墨），又鼇山衛外其餘沿海一帶，大小營圈土阜，至今猶存，此不但陸岸正當要衝，凡此皆與海中水道針對，凡有營圈之處，皆海中小船可登岸之處，下無礁石者也。不然登州海汊極多，豈能盡以兵防哉！今日即派弟一明白形勢之將，查勘險要，夫遠來漠不相習之人，不能不滿口胡說，藉以銷差也。況此等營圈，不盡皆戚武毅所築，此終明之世，前後換增減所為。凡今日圈形高顯處，即是年公較後，用之得力處。今日暴殄所勘，不如當年之裁度久熟者也。
今春之不守福仙、孟良兩口，失卻寧海，不守橋頭，報信兩口之失卻文登、威海團長鄉民跪求，且不肯聽。帥將昧於地勢，況複知踏尋舊基，酌度成慮，之留心海上明營舊勢者乎？現在登州二十八營，惟夏辛酉一人最力得民心，所統十營八營府城，二營在黃縣，冬春之交，府城被炮數次，尚屹然不動，亦聞老北山一炮破一倭船，此炮乃明製，多年即在此山頂，可見前人之事不謬，卻未與陸路接仗，此人堅確誠樸，亦一自用之人，不知洋法，亦昧於地勢，其接此八營，緊貼城南，聚集一處，略總散布，倘若臨敵，便無退身一步之地。而附近劉家汪，八角汛等海口虛盡無著，此不比尋常海汊不能言傳盡杜者，而所用皆曹州人兵，亦多培李正榮合並之數，填街塞巷，好在尚無奸搶。其餘黃縣一營，係提督廖庭讚統帶，煙台七營孫金彪，寧海五營新來之王寶華，文榮五營孫萬林，各軍皆威海鞏綏敗軍及濟南招募遊手，孫金彪係嵩武久壞之兵，與淮軍一律，不但無訓、無練，一味不通人性之物，榮等正在文登，當夜孫萬林部下即在周家屯奸搶傷人，並不知回避。次日營官難堪，強殺一名，榮等由榮城折回文登，聞是夜複有重到尋仇之事，屯民逃盡，沿途所見隊伍，半係煙鬼小賊之流，真不成事，見賊既逃，害民有餘。兵之情形已盡，與東撫及其營務處，榮同年錫太守，良盡言之，又何論地勢何論戎機哉！登州如此，不知關東又作何收？沿途所見團長自移。去冬今春遍外皆賣軍械者，無論槍刀火器，不過一千文一副，其賤異常，不但敗仗所棄餘，每一營拔隊後，必跟售火槍、子藥、馬刀等物，鄉村收者不少。每一營兵勇過時，必有極賤女衣及細軟等物。東省兵事大概如此。萊州有十七營，撫標一營馬開玉五營，皆東省此散彼招重合之人，提督楊昌魁六營，提督李本清五營，皆新來外省之人，此兩軍俱未知高下。懿榮現住萊州，靜候批折，以定行止，餘容續稟。（以上均見故宮博物院特藏部，呂偉達手抄本。）
有關王懿榮致翁同龢登州辦團練信劄，目前尚收集到八封。是從《翁同龢文獻叢編？之二》（考試？國子監）中摘編了三封，另外五封原件藏於故宮博物院特藏部。原信為紅信箋，25.8×12.4cm，共3函6張；第一函2頁，第二函3頁，第三函1頁。被翁同龢帖入《緊要信件隨手粘入》線裝冊中。另外五封可能作為清宮檔案，被收入故宮博物院中。
前三封通信時間為光緒十七年（1891）辛卯七月二十七日（1891.8.31）。王懿榮時任各省鄉試磨勘卷官、庶吉士教習等職。最後一封為光緒十八年（1892）壬辰四月十三日（1892.5.9）。
除了辦團練外，則是王懿榮以各省鄉試卷磨勘官的身份向翁同龢彙報各省考生情況。
前幾封信是非常重要的，是研究王懿榮政治思想的重要資料之一。時間為甲午戰爭進行到第二年（1895），日本軍隊已由朝鮮半島打到遼東半島，又由遼東半島打到山東半島。1895年1月2日，日軍在山東榮成的落鳳港登陸，攻陷榮成縣城。采取包抄後路的辦法，攻陷威海衛，企圖擊毀困守港內的北洋艦隊基本力量。
王懿榮看到戰火蔓延到自己家鄉膠東，心急如焚，愁慮彷徨，寢食俱廢，義憤填膺。毅然上疏請旨回鄉辦團練，要與日寇決一死戰！
王懿榮的請纓，迅速得到朝廷嘉許，光緒帝批準了他的請求，王懿榮的恩師翁同龢也非常支持他回鄉辦團練，打擊投降派的氣焰，為主戰一方增加砝碼。為此，在早春料峭的寒風裏，王懿榮火速束裝上路了。王懿榮臨行前，翁同龢還和王懿榮的好友們送王懿榮至京城東便門外，足見他們師生二人的友情至深。
王懿榮於正月二十二日（2月16日）登程奔赴登州。沿途急行，不敢作片刻的逗留。並將沿途所見所聞隨時回報給恩師翁同龢和朝廷：“臣此次沿途經過直隸及本省各州、縣地方，親加訪問正在舉辦的團練。”“畿輔以順天所屬之良鄉六裏河，東省以青州所屬之昌樂較為整齊。而萊州之濰縣民團尤屬認真。此皆逼近京城及東撫駐紮之區也。”
王懿榮經過20多天的長途跋涉，於二月二十三日（3月9日）在萊州府會見了山東巡撫李秉衡。才知道威海已經失陷，北洋海軍水師提督丁汝昌等人，全都以身殉國了。他聽此消息，心情更加沉重，於是，便加緊了團練組織的籌建和訓練。以上便是第四、五、六、七等信致翁同龢的內容。在王懿榮等人的艱苦工作下，一支抗日隊伍迅速組成。此時傳來慈禧太後遣李鴻章東渡日本議和。王懿榮聽到這個消息後，十分震驚，繼而悲憤交加，他痛心朝廷被投降派所把持，非他一個文職官員所能左右。他更痛心，剛剛被調動起來的老百姓們的抗日熱情，被一些投降派給毀滅了。他更痛心的是他剛剛訓練起來的‘王家軍”還沒有打出一槍一彈，就要被遣散了，他怎麼向這些家鄉父老們交待？帶著這種心情，他給翁同龢寫了第八封信，這封信非常長，內容也十分豐富，是王懿榮愛國思想的流露和爆發點。
王懿榮在這封信裏，雖然也發了幾句牢騷，但他總結了甲午戰爭失敗的原因，就軍事而言，王懿榮提出了許多中肯可貴的建議。例如，恢複明製沿海軍事行政的設立，兵源的設置，如何才能迅速馳援沿海重鎮衛的建議，如若朝廷采納，不失為以後抗擊入侵之敵的好舉措。然而，腐敗的朝廷，被以慈禧太後為首的保守派把持，對外是媚賣路線，就連翁同龢也主張多賠錢，不割地。而李鴻章為首的洋務派，不但葬送了北洋水師，也葬送了人民抗日的可貴精神。還有一些封疆大吏，如張之洞等，他們把希望寄托在帝國主義身上，主張利用其他列強來製約日本等。這種“以夷製夷”的策略和投降派沒有什麼本質上的區別。這一切，王懿榮都看在眼裏，痛在心上。但他是一個忠臣，忠臣就要忠於皇帝的一切，當然也包括皇帝的缺點，他建議的一些用兵方法，不但沒有被朝廷采納，就連一些對海防的防務建議，也被統治階級束之高閣。他隻能望而興歎，用詩句“五夜猶聞匣劍鳴” 來抒發自己未酬的壯誌。
王懿榮致翁同龢信劄少，是因為兩人同在京城，見麵機會多，故致信就自然少。從《翁同龢日記》上看，翁同龢與王懿榮見麵、議事、詠詩、鑒定以及金石文物等記載多達百餘處。可見二人關係非同一般。
翁同龢當年61歲，身為軍機，主考官，而王懿榮時年47歲，兩人可謂忘年之交。盡管他們二人從政道路迥然不同，但他們研究學問的興趣和政見是相同的。從他倆身上，我們能夠看到許許多多共同之處。例如，在對待中日甲午戰爭的態度上，二人相跟相隨，堅決要求主戰。王懿榮回籍辦團練抵抗日寇侵犯，得到翁同龢大力支持，翁同龢親批團練銀餉給他。《翁同龢日記》還記載，王懿榮動身返裏時，翁同龢還親送出京城，為王懿榮贈詩壯行。可見翁、王兩人的交往，遠遠超出一般的師生關係了。
在王懿榮回籍辦團練時，還交識了鄉人宋慶。宋慶（1820～1902），字祝三，山東蓬萊人。鹹豐十年（1860）晉升總兵，敕號“毅勇巴圖魯”。光緒二十年（1894）中日甲午戰爭爆發後，宋慶受命幫辦北洋軍務，率部赴九連城，節製各軍。王懿榮與他相識後，宋十分崇仰王懿榮，多次致信問候。後宋慶在天津多次照顧王崇烈，王懿榮也寫信致謝他。
臘月二十三日，光緒帝蒙恩頒賞，禦筆“福壽”字、“榮慶”字各一幅，王懿榮謝恩領賞。第一次團練使命就這樣結束了。
據傳，王懿榮返京在天津對李鴻章屬下有一次“冒犯”。事情是這樣的：王懿榮接到和議已定、停辦團練的上諭，他將團練事宜善後工作處理完畢後，由煙台乘坐小火輪到天津。
這一天，他下船後，派仆人朱壽去驛站雇馬車，自己卻微服來到天津衛天後宮周圍古董街麵上搜求文物。當他來到北城根時，看見一個人在大聲吆喝著“買呀！買呀！二兩銀子一個，李中堂老娘的泥像啊！”
頓時，圍上來許多人，來看李中堂老娘的像。王懿榮信步向前看個究竟。當他拿起泥像端詳時，不由心頭一樂。原來，泥像捏得鮮活生動，栩栩如生。剛要上前搭話，猛地來了幾個兵丁，不分青紅皂白，就上前抓住賣泥像的老人。王懿榮一看，頓時大怒，喝道：“青天白日，朗朗乾坤，憑什麼亂抓人？”
為首一個官樣的人上下打量著王懿榮，陰陽怪氣地說：“什麼人呀，敢管中堂衙門的閑事！”
王懿榮一聽，明白了，冷冷一笑道：“原來是李中堂的人，敢問這位老藝人犯了什麼法呀？”
那官兒一看王懿榮不卑不亢，臉色語言透著硬氣，不免遲疑了一下，道：“吾乃總督衙門總管，中堂大人叫這個泥人張給中堂大人老娘捏個泥像，他漫天要價，非索要二十兩銀子。中堂大人嫌貴，這個刁民竟將原像帶回去，公開在市集上叫賣。有辱中堂大人臉麵，所以我們要拿他回去，交給中堂大人發落。”
王懿榮一聽，本想怒斥這群狗仗人勢的東西，轉念一想又改變了主意，道：“這是我的名刺，請回去交給你家中堂大人，就說我說的，泥像上並沒有刻著中堂大人老娘的名諱，怎能說是李中堂老娘！再者說啦，人像是供奉崇祀用的，中堂大人老娘的人像若是能和觀世音一樣，人人得以供著，豈不是中堂大人前世修下的恩德，豈有拿人之理！”
那管家一看名刺便忙打個千道：“原來是王祭酒大人，小人有眼不識泰山，得罪，得罪！我回去一定稟告中堂大人。”說著向兵丁們瞪眼道：“還不快退下！”說完率眾人狼狽而去。
王懿榮這才對泥人張作揖道：“原來是張明山先生，失敬，失敬！”
泥人張忙跪下道：“小人泥人張，今日幸得大人相救，感謝王大人大恩大德。大人怎知小人名字？”
王懿榮笑道：“次子崇烈常向我提起先生，今日得以幸會。先生不必言謝，繼續做你的買賣吧！”說罷便離去。
第二天一早，家人來報，說有個泥人張來找大人。王懿榮忙吩咐家人快請。不一會，泥人張來了，先是感謝王懿榮昨天相救之恩，然後，從懷裏拿出一尊大泥像，道：“大人，小的昨天回去，思前想後覺得沒有什麼可報答大人的，給大人捏了一個像留個念想，請大人笑納！”
王懿榮接過一看，心中大喜，道：“你們藝人生活不易，我一定要付銀子的。”
泥人張說什麼也不收，兩人推辭了一番，泥人張看見桌子上正放著王懿榮昨日才寫好的一幅對聯，上聯曰：“舉世盡從忙裏過”，下聯是：“一心須向靜中求”。
王懿榮道：“也好，這幅拙書就留給你做個紀念吧！”說完哈哈一笑。
王懿榮送走泥人張後，昨日那個總督府管家又來了，他拿著李鴻章的請帖，來請王懿榮去中堂府赴宴。
王懿榮聽罷冷冷一笑，道：“回稟你家大人，懿榮王命在身，不便打擾。”說完吩咐家人備車拿著泥像行駛在京津官道上。據王懿榮重孫王憲銓講，此泥像現存北京清華大學圖書館內。
光緒二十四年（1869）四月，王懿榮為母親守孝服闋期滿，率長媳張允淑及長孫王福坤自家鄉福山回京後，奉旨仍在南書房擔任行走一職，“恩綸獨深倚任鑒別書畫，恭寫禦筆甚多”。這一年因是戊戌年，以康有為為首的在京舉人1000餘人，聯合上書，要求進行效仿日本維新變法，史稱“康梁維新”和“公車上書”。
據康有為在悼念王懿榮殉國一詩中記載，康有為曾去拜訪過王懿榮，王懿榮也回訪過康有為，康有為曾拿出“公車上書”一稿請王懿榮指點，王懿榮曾為他修改過數處。王懿榮還贈送過康有為一把扇子作紀念。後來“戊戌變法”失敗，康有為倉皇逃走而遺失。為此，康有為一提起這把扇子就惋惜不已。
五年以後，王懿榮再次擔任團練大臣，已是光緒二十六年（1900）了。
義和團是以農民為主體的中國人民自發的反帝愛國運動。中日甲午戰爭後，帝國主義加緊侵奪中國沿海港灣，深入內地掠奪路礦資源和權益，並不斷策劃瓜分中國。清王朝無力阻止和抵禦帝國主義的侵略，反而鎮壓了救亡圖存的資產階級維新變法運動。在民族危機不斷加深的情況下，爆發了義和團運動。義和團源自義和拳，以設壇練拳並以“保衛身家，防禦盜賊”為號召，吸納群眾參加。大刀會原屬白蓮教係統的八卦教之分支。這些不同源的秘密結社經過較長時期的互相對立或互相滲透的演變，到了十九世紀末，在反對外來侵略勢力的基礎上，逐漸彙成一支反帝愛國的洪流。嘉慶十八年（1813）山東八卦教起義中，義和拳亦被列為官府禁止的“拳會”之一，但它與八卦教又往往勢同水火，後被清政府利用來鎮壓八卦教。十九世紀中葉以後，與屬於八卦教係統的大刀會互相滲透，其他民間秘密結社如梅花拳等也相繼改稱義和拳，後出現了由“拳”改“團”的義和團運動。義和團參加者主要是農民、手工業者和其他勞動群眾、無業遊民。光緒二十二年（1896）以後，山東曹州（今菏澤）等地大刀會，德州一帶以朱紅燈為首領的義和拳，都進行過反對外國教會侵略勢力的鬥爭。義和團缺乏統一的組織，其基本單位是壇口、壇場和拳廠，以某一城鎮或自然村為基點，各自形成獨立的拳團單位。每壇設老師、大師兄、二師兄等名目，主持練拳、指揮戰鬥及管理日常事務。女則組織紅燈照、青燈照等組織。各壇之間，互不統屬，有時臨時相商，以傳帖等方式，聯合行動。光緒二十五年（1899）下半年，義和拳等組織逐漸改稱義和團。山東義和團提出“扶清滅洋”口號，為各地義和團所接受，它吸引更多群眾參加反侵略的鬥爭。次年春，在華北、東北各省獲得迅速發展，京、津一帶聲勢尤其浩大，僅北京城內設壇即達800餘所。義和團的反帝鬥爭，引起了帝國主義的恐懼。三月，英、德、美、法等國公使聯合照會清政府，限令在短時期內將義和團“剿除淨盡”。四月，各國政府進而以“保護使館”為名，陸續派軍隊進入京津。局勢頓時緊張起來。
義和團戰士手持長矛、大刀，到處焚燒教堂，破壞鐵路和電線，攻擊為外國侵略軍提供情報的洋教士，給帝國主義以沉重打擊。清政府迫於形勢，為了利用義和團，同時也為了借洋人之手消滅義和團，承認了義和團的合法地位，並發布了對外宣戰的詔書。這雖然是個騙局，但在全國也產生了一些推動義和團運動發展的影響。
義和團運動的發展，嚴重地威脅了帝國主義在華侵略利益。五月，義和團在京、津一帶發展迅速，許多清軍官兵也開始同情並參加義和團隊伍。同時，以端王載漪為首的頑固舊排外勢力在清廷上層占據上風，他們力主招撫義和團。各國公使看到清政府已無法控製形勢的發展，總理衙門也無力說服朝廷采取嚴厲的鎮壓措施。各國開始策劃直接出兵幹涉。五月十四日（6月10日），俄、英、日、德、法、意、奧等八個國家拚湊了2000多人，在英國海軍中將西摩爾的帶領下，乘火車由天津向北京進犯，開始了八國聯軍的侵華戰爭。
五月二十一日（6月17日），朝廷上諭：著兵部侍郎李端遇（字小研，山東安丘人）、王懿榮為京師團練大臣，辦理京師團練事宜。會同五城禦史，督率弁勇，嚴密稽查，加意巡邏，城門出入，要按時開閉，以靖閻閭。
接到聖旨，王懿榮仰天長嘯曰：“此天與我以死所也！”王懿榮明白為國殉難的時候到了。保衛京城責任十分重大，但時局則難以收拾，隻有以死來表明自己的心跡了。他在《謝授京師團練大臣疏》中說：
奏為恭謝天恩，仰祈聖鑒事：本月二十一日，內閣奉上諭“五城禦史文等奏，京城地麵情形日極，請安民心而弭禍變一折，著派李端遇、王懿榮為京師團練大臣，會同五城禦史督率弁勇，嚴密稽查，加意巡邏，城門出入，亦按時啟閉，以靖閭閻。欽此。”仰見廟謨周至，軫念時艱，跪聆之下，欽悚莫名。時值臣李端遇偶患感疾，適在假期，臣恭奉簡命，叩謝天恩，麵聆慈誨，自顧駑愚，惶恐無地。臣惟從來團練之設，原與大兵相表裏，度事機之緩急，量辦法為變通。況京城重地，安輯巡防，均關緊要。臣雖少侍先臣，曾衛海疆，中東多事，親防倭亂，不敢以稍有知解，遂致大意疏虞。遵即往見李端遇，並會晤五城禦史臣等，妥速籌商，即日開辦。所有近日京師地麵情形及參酌從前團防成規，客當隨時隨事次第奏聞。總以嚴奸細彈壓土匪為第一要務，以冀上慰宸廑，仰答高厚鴻慈於萬一。所有臣感悚下忱謹先繕折，恭謝天恩，伏乞皇太後、皇上聖鑒。
跟隨王懿榮辦理團練的還有陳壁（字雨蒼，福建侯官人，舉人，官至郵傳部尚書）、郎中鐵良（字寶臣，滿州人，官至江寧將軍）、宴安瀾（字海臣，甘肅人，舉人，官至度支部左丞員外郎）、工部主事於宗潼（字梓生，山東福山縣人，進士，官至四川勸業道）、潘江（字問樓，直隸鹽山縣人，舉人，官至刑部郎中）、盧德複（字來庭，山東福山縣人，進士，官度支部主事）、道員劉祖桂（字仲木，直隸吳橋縣人，官湖北候補道）等。
以上人等皆由王懿榮精心挑選，每日大家在一起籌劃團練事宜，輪流值日巡邏城防，嚴陣以待，隨時迎擊來犯之敵。
夜不能寐時，王懿榮煩心寫下辛棄疾《破陣子》明誌：醉裏挑燈看劍，夢回吹角連營。八百裏分麾下炙，五十弦翻塞外聲，沙場秋點兵……
十四、血灑京師
身為京師團練大臣，王懿榮根本沒有軍事指揮權。下屬千餘人，半是老弱殘兵，而且缺乏武器，在敵人的洋槍、洋炮下形同虛設。
當時兵部侍郎李端遇（小研）又多病，因病請假，團練大臣的擔子，就落在王懿榮一個人身上。為了能搞到武器，他四處奔走，但官場腐敗，隻有推諉，無人肯幫助。他隻好向遠在湖廣（武漢）的妹夫張之洞求援，他寫信道：
香濤妹倩老前輩親家大人坐下：
得書如獲拱壁，蓋正在艱難憂憤中也。前已有另紙條聞數事，未具款，屬玉叔令住附竹報中速上，刻想鑒及。弟自奉簡命，實作看街老兵，朝廷亦嚐以兵事責之。然自甲午以來，及今又六七年，中國兵事仍是不行。津事已極，則重臣之不得無罪，夫複何辭。鯫生一命，何足道哉！弟全眷俱在京寓，師旅饑饉，一時湊臻。好在為時亦不必能久。次兒崇烈先於五月十二日乞假攜其婦子乘海宴輪船徑歸。裏舍紫竹槍炮中弟又少此一種心事。至京師地麵如甘軍及義和團一日不出，便一日不得安靖，弟亦隨時緩急，盡其心力之所能為者而已。前曾附片奏，向鄂局暫乞軍械，交片傳諭：團練隻是彈壓地方，與行軍不同，即著自行酌核籌備。此一千五百人赤手白戰，即有錢亦無處籌買。公能稍為損置相助否？此垂泣而道之者也。即頌勳安，並詢合署清福。弟懿榮頓首。六月廿三日（7月19日）
王懿榮在極其艱難的條件下，仍日夜操勞，“往往夜晚漏三下，未即就眠，心力交瘁，殆難言喻。”他操練兵馬，準備抵抗八國聯軍，決心與京城共存亡。
由西摩爾率領的八國聯軍，在廊坊沿途遭到義和團的猛烈襲擊。義和團拆毀鐵路，阻止侵略軍前進。聯軍隻好修一段路，再往前挪動一段，行動十分困難。與此同時，列強們開始策劃更大規模的軍事行動，各國都在大沽口增了兵。他們在五月十九日（6月15日）晚上，先後派出侵略軍偷偷登岸，埋伏在塘沽火車站和大沽炮台的後側。停泊在大沽口外的各國軍艦也作了戰鬥部署。五月二十一日（6月17日）零點五十分，聯合軍艦隊從海麵和炮台後側向大沽炮台猛攻，守軍頑強還擊，經六小時激戰，因雙方兵力相差懸殊，大沽炮台失守。聯軍從大沽登陸，打開了進攻天津和北京的門戶，進一步擴大了侵略戰爭的規模。侵略軍開始向北京入侵。
在義和團和部分清軍已同列強進行殊死搏鬥的形勢下，清政府必須在戰與和問題上做出抉擇。對於這個問題，清政府高層內部意見分歧。許景澄、袁世凱等人以為清軍無力與八國聯軍開戰，說到底對任何一個國家作戰也難以取勝！況且八個……，主張答應剿滅義和團，使聯軍停止進攻。光緒帝也支持這些人的主意，但把持朝政的載漪、剛毅等頑固派則堅決主張利用義和團去抗擊列強，傾向於開戰。慈禧太後在戰與和問題上反複無常，但主要支持開戰。這其中的緣故在於戊戌變法失敗後，她為了鞏固自己的統治地位，保證後黨官僚不再受“歸政”的威脅，一心想除掉光緒皇帝。但是帝後兩黨各有靠山，他們之間鬥爭由來已久。當時，沙俄支持後黨，企圖通過保住光緒皇帝的辦法牽製慈禧及沙俄政府在華勢力。慈禧太後也曾想玩弄手法，揚言光緒皇帝病危，想把光緒皇帝置於死地。不料，英、法等國公使，竟向總理衙門提出警告，慈禧這一計劃未能成功。後來，慈禧又想立端親王之子傅為大阿哥，準備廢除光緒帝，但英、法、日等國又表示拒絕承認。慈禧太後對英、法、日等國阻撓她廢除光緒皇帝，幹涉朝廷內務，既恐慌又仇恨。八國聯軍突然攻陷大沽口炮台，氣勢洶洶地撲向天津、北京，引起了慈禧太後的極大猜疑。盡管洋人一再聲明他們出兵是為了救護駐華使館和僑民，還幫助中國鎮壓義和團運動，絕不是與清政府作對，但不管如何表白，慈禧還是擔心洋人用兵是為了來救助光緒皇帝，影響她的統治。五月二十日（6月16日）連續四天召開禦前會議，討論對外宣戰問題。這時，以端親王載漪為首的主戰派也放出風來，造謠說洋人用兵是為了讓慈禧太後把權再交給光緒皇帝。她一聽到這個消息，十分驚慌，也沒有查一查是否屬實，就草率下了決定。於五月十五日（6月21日），宣布朝廷對八個國家“宣戰”並頒布了宣戰詔書。
與此同時，慈禧太後還繼續向帝國主義獻媚，為對外投降預留後路，宣戰後四天，慈禧太後就下令義和團和清軍停止圍攻使館。命令軍機大臣榮祿派人到各使館商議和局，還在英使館附近禦河橋邊，豎起“欽奉懿旨，力保使館”的木牌。還向各國使領館送麵粉、蔬菜、瓜果等，來討好各國列強。
王懿榮的錫拉胡同11號住宅，在王府井大街中段，距東華門近在咫尺，與皇宮大內相距甚近。住宅的第二進院落有一個小花園，花園中心地有一棵高大的楓樹，楓樹下有一口深井，平素為了安全起見，王懿榮就叫人在井口上放一塊大橫石，並請石匠為井作了一個圍欄。當八國聯軍占領大沽口炮台的消息傳到北京，王懿榮感到時局愈發嚴重了。他親率仆人將井挖深、淘淨。他麵對這口老井，意味深長地對家人說：“此吾之止水也”。這是他告訴家人，一旦城破之日，這口井將是他最後的歸宿。
據時任翰林院編修吳士後在《王文每公遺集》序中追憶：“時公（指王懿榮，作者注）會辦京師團防。公退食之暇，校訂棲霞牟陌人（庭）先生《同書尚書》手稿。顧謂士曰：‘對先生一生精力萃於是書、其精遂淵奧，有過於季逑、艮庭諸老者。吾誓必理而董之，以彰絕學，特世亂方殷，未知能卒業否？’因唏噓慨歎，不能自己。指園中古井曰：‘他日若有非常之變，吾其得死所矣！’”
此時京城糧食的供應也斷了。王懿榮在給天津的次子王崇烈（字漢輔）的信中講道：“京師閉塞，若非爾謝仲廉母舅之接濟，已成餓莩。……”
王懿榮仍每日到團練局率兵勇巡邏城防，四處購置武器，以應不測。這時，鄉人濰縣古董商人範維清又帶著兩麻袋甲骨抵京，他也高興不起來，隻是按二兩銀子一塊結帳，勸範維清早早離京遠離是非之地。他將甲骨全部堆在花園楓樹下，隻是下朝後以銅盤托出幾片拓片成冊而已。在戰火燒到北京的前夕，他和仆人將這批甲骨秘密藏起來了。
義和團在北京燒殺搶掠，引起了京師地麵混亂，光緒帝因義和團失控事大發雷霆，質問大臣們，為何不派兵彈壓義和團。慈禧仍不想認錯，她還是老調重彈道：“國亡在目前，若意拱手讓之，我死無麵目對列宗。一戰而亡，不是更好嗎？”
此時光緒帝完全被慈禧軟禁，他就像一尊木偶像，慈禧在背後扯什麼線，他就發什麼腔。比如，以他的名義發出的宣戰詔書，根本看不出要和那一國或那幾國宣戰。這道詔書沒有點出任何國家的名字，也從未以任何形式送達給任何國家。詔書是這樣寫的：
朕今涕泣以告先廟，慷慨以誓師之，與其苟且圖存，貽羞萬古，孰若大張撻伐，一決雌雄。連日召見大小臣工，詢謀僉同。近畿及山東等省義兵，同日不期而集者不下數十萬人，下至五尺童子，亦能執幹戈以衛社稷。彼仗詐謀，我恃人心。無論我國忠信甲胄，禮義士櫓，人人敢死，即土地廣有二十餘省，人民多至四百餘兆，何難翦彼凶焰，張我國威。
真是荒唐的年月，荒唐的朝廷，荒唐的詔書。
大沽口炮台失守後，傳來消息，炮台守將羅榮光吞金自殺，陣亡將士有陳廷福、劉思榮、封得勝、馬朝龍等90餘人。當天下午，駐守在紫竹林租界的洋兵怕遭報複，便先發製人，進攻近對租界的天津北洋武備學堂。
北洋武備學堂是清政府培養軍官的學校。該校總監蔭昌早已躲進租界，教職員也多數不知去向，300多學生中尚有90餘人守留學校。敵人進攻後，遭遇學員頑強抵抗，這一批年輕軍官幾乎全部陣亡。這時駐守天津的清軍也迅速行動起來，見北洋武備學堂學員大多戰死，義憤填膺，立即將炮口對準紫竹林租界，猛烈還擊。
這一場炮火，把直隸總督裕祿也逼上了抵抗的戰場。他本來是主和派，這時也改變了態度，調兵遣將，戰績赫然一時。
六月十二日（7月8日），日軍、英軍、法軍、俄軍搶先分頭衝進租界。隨後，6000多名日英法俄聯軍猛攻聶士成所部清軍。聶軍抵擋不住，退至八裏台，終為聯軍包圍。激戰兩個多小時，清軍傷亡劇增。聶士成兩腿中彈，部下要他後撤，遭到他嚴厲拒斥，他振呼：“此吾致命之所係，逾此一步非丈夫矣！”奮臂驅馬向前，終於壯烈殉國。聶士成陣亡後，清軍潰退，戰死約350多人。義和團戰死達2000餘眾之多。
六天之後，天津淪陷。聯軍在天津成立了天津都統衙門（臨時政府），進行了殖民統治。此時，聯軍在天津休整，補充兵力、彈藥，準備向北京進犯。
七月十日（8月4日），八國聯軍離開天津，沿運河兩岸進犯。
沿路，北倉、楊村的清軍防線被很快擊破。清軍守將宋慶、馬玉昆率部節節後撤。這時，新任幫辦武衛軍事務大臣李秉衡臨危受命，奉旨迎敵。他臨行前慷慨立誓：“寧為國而捐軀，勿臨死而縮手。”
光緒二十年（1894），中日甲午戰爭爆發。李秉衡因威海、榮成失陷，受到朝廷處分。二十三年（1897），李秉衡又因組織軍民抵抗德國借口巨野教案在膠州灣登陸，被朝廷撤職。
光緒二十六年（1900），李秉衡被張之洞保薦重新被起用，任長江巡閱水師大臣。並參與東南海防互保事務。
七月十二日（8月9日），李秉衡離京上陣，隻帶少數幕僚和數百義和團，指揮歸他節製的幾支勤王部隊。
第二天，他率兵行至天津西郊運河碼頭，令所部清軍，一一部署陣線。安排完畢，未及喘息，八國聯軍已發動進攻，火力甚猛。李秉衡倉促應戰，但防禦工事尚在構築，槍彈匱乏，沒有大炮，力不能支，且戰且退。清軍傷亡慘重，李秉衡的副將楊得勝也陣亡了。
從早晨到中午，雙方不斷廝殺。李秉衡身臨前敵，終日督戰。曾一度擊退聯軍。無奈敵人大炮顯威，他被迫撤退。在後無援軍的情況下，馬玉昆餘部又臨陣脫逃。李秉衡火速奏訴朝廷，對此萬分感慨：“臣自少至老屢經兵火，實未所見。兵將如此，豈旦夕之故哉。”
他在奏折中仍力陳軍中所弊，分析轉危之道，誠述求援之切，並再發誓言：“竭彈心力，招募散亡，誓死前進，迎剿堵截。”
次日朝廷仍沒派援兵，八國聯軍兵力猛增，李秉衡已成為光杆將軍。他身邊除了幾個幕僚外，別無一兵一將。在悲憤絕望中，他退守通州，在通州張家灣服毒投水自盡。此日，通州失陷，北京就暴露在八國聯軍麵前。李秉衡也成為抵抗八國聯軍為國捐軀的第一個福山人。
七月十四日（8月13日），八國聯軍在通州燒殺搶掠之後，在通州稍加休整，共集結各國軍隊共二萬餘眾，便成群結隊向西，向南開進，進逼京城，先是圍攻齊化、東直門、廣渠各門。此時，王懿榮在東直門和朝陽門組織抵抗。次日，上午辰時，八國聯軍日本、俄國方隊距東直門約有一箭之地外，其中列隊幾個軍官用望遠鏡朝東直門看了一會，舉起指揮刀，一隊炮隊立在方隊前列，看到指揮刀向空中一劈，一陣陣猛烈炮火將東直門的城牆炸開一個大豁口，成隊的洋兵在炮火稍停時，便從後麵豁口擁進。守城將士有的從死人堆裏爬出，與敵人展開肉搏……從淩晨開始，八國聯軍對北京發起一次次攻擊。俄軍猛攻東直門，日軍又攻朝陽門，美軍攻廣渠門。英軍於中午始達北京，與美軍合攻廣渠門。下午至晚九時許，東直門、朝陽門皆破。王懿榮敗回家中。
這時，慈禧連續五次召見軍機大臣。
然而，頭次召見，大學士九卿沒有一個來的。慈禧對載瀾悲歎道：“事已至此，隻有走吧！不知你能否守住？”
載瀾忙答：“臣無兵，不勝任此。”
到深夜，也隻有剛毅、王文韶、趙舒翹三人來見。慈禧悲中有怒：“隻剩下你們三人在此，別人都回家啦，扔下我們母子不管，你們三人一定隨駕同行。”
此間，榮祿獻策曰：“權且送信給使館，請先停戰，再慢慢圖救議和，也許是最好的辦法了。”
慈禧應允，催榮祿趕快去辦。
七月二十一日（8月15日）清晨，慈禧攜光緒帝一行倉惶出逃。走到景山前，才瞧見一乘騾車，問了騾夫，才知道是載瀾車子，她倉皇登車，一口氣逃出了德勝門外。此時，董福祥甘軍象洪水一般撤退，勢不可擋。王懿榮又指揮守城兵勇及義和團很快將洋人擊退。東直門失而複得。箭樓上青龍旗又獵獵飄揚。下午未時，日、俄軍又弄來了幾門大炮，他們架在東直門外護城河邊，對準東直門城牆猛烈轟擊。不一會東直門城牆被炸開一個數百丈大口子，毫無城守之勢。王懿榮在東直門被炸開後，自知城防已不可為。便組織團勇巷戰。他見東直門的龍旗已被炸飛，而出現在城牆上的是太陽旗時，氣得直在牆根上狠狠垛了幾刀。這時，成千上萬的聯軍蜂擁而入。退守在巷內的團勇們奮勇抵抗不降。王懿榮被數團勇擁簇送往家中。他一路上極不情願地被擁簇回府，當謝夫人問他外麵怎樣？他隻說了一句：“主辱臣死，吾今可以報朝廷矣！”半夜，王懿榮徘徊於庭院，門外不斷傳來槍炮聲和百姓的慘叫聲。當他得知慈禧太後挾光緒帝已逃出了京城時，他仰天長歎，說：“吾可以死矣！”然後，麵向南方，跪倒在地，大呼：“皇上，你多保重！是臣無能使您蒙受恥辱……”此時，大街小巷，百姓扶老攜幼，狂奔亂逃。濃煙烈火，衝天而起。八國聯軍用重炮轟擊東安門包鐵大門，陣陣巨響，傳出數裏。第一道門轟然傾倒，敵人蜂擁而入。王懿榮感到自己不能再苟安於亂世了，他對家人說：“吾義不可苟生！”他不願做亡國之奴，感到以身殉國的時候到了，又對繼室謝夫人講：“吾可以死矣！”說畢，用楷書在紙上寫下絕命詞：
主憂臣辱，
主辱臣死。
於止知其所止，
此為近之。
末署“京師團練大臣國子監祭酒南書房翰林王懿榮”。
然後吞金、服毒，兩次未果，當即令家人將井石挪開，準備率妻子謝夫人、長媳張允淑及四子崇煥（9歲）、長孫福坤（8歲）一起投井。眾仆人“環跽而勸”。王懿榮厲斥之。這時，有跟隨多年的仆人將小兒崇煥、長孫福坤搶出抱走。王懿榮仰天笑曰：“有義仆搶出小主人，吾家幸甚，吾家可謂忠、孝、節、義俱全，死而無憾！”說著，先將戚繼光寶刀擲入井中，跟著縱身跳入井中。繼後謝夫人、長媳張允淑也相繼跳入井裏。一家人壯烈殉國。享年55歲。謝夫人42歲，張允淑夫人僅31歲。
謝夫人，名雲鶴，山東福山縣城裏村人。生於鹹豐八年（1858）戊午九月二十六日，享年42歲。其父乃王懿榮母舅謝偉勳。光緒八年（1882）十二月初八日王懿榮抵直隸（今河北省）良鄉縣謝偉勳（方平）衙署，此時謝偉勳任良鄉縣知縣。王懿榮在縣署與謝夫人結為連理。王懿榮長表妹與妻子12歲，當時王懿榮37歲，謝夫人24歲。
光緒十年（1884），謝夫人生下第三子崇熿，不幸夭折。光緒十八年（1892）謝夫人又生下第四子崇煥（字漢章）。光緒二十一年（1895）謝夫人又生下一女乳名來往，不幸夭折。
王懿榮繼室謝夫人，出身詩書世家，名門望族。謝夫人儀容端莊，性情嫻淑，為人爽朗剛正。婚後，伉儷恩愛，謝夫人處處體貼入微，使王懿榮時時感到家庭安樂，以慰他痛失元配愛妻之苦。謝夫人孝敬公婆、小姑，待黃夫人所生崇燕、崇烈如己出，深受王懿榮敬佩。王懿榮也對這位小表妹痛愛有加。王懿榮曾給陳介祺一信中提到，他一生：“不酒、不煙、不二女！不解為利，故自覺神不乏。”可見他對謝夫人感情至深。
王懿榮長媳張允淑，字嘉問，張人駿之長女，生於同治八年（1869），享年31歲。張允淑生有一子，名福坤，字光地，乳名大相，生於光緒十七年（1891），他母親隨王懿榮夫婦殉難時，王福坤8歲，本與其母一起投井，被女傭人從井邊強行救出。後被接到張人駿家中撫養，於宣統元年（1909）成婚，卒於1944年，享年53歲。
張人駿，直隸豐潤人。張佩綸侄子。字千裏，又字安圃。同治進士，選庶吉士授翰林院編修。光緒二十六年（1900）任山東布政使，後又調任河南巡撫、山西巡撫，漕運總督、兩江總督、協辦大學士、總理各國事務衙門大臣等職。
十日後，禮部侍郎張英麟（字振卿，山東曆城人，同治四年進士）籌措了70餘金，置辦了3口薄棺，親自率國子監諸生到王懿榮的府邸。由國子監學政王伯恭，學生王杜鬆等率南學監生們，將王懿榮、謝夫人、張允淑夫人屍體從井中撈起，史載：“三人麵容如新”，眾人將他們暫時裝殮，淺葬於花園空隙地方。距井不過數十米。
一個月後，道員王瑾與侍郎張翼看到八國聯軍在城內燒殺搶掠的高峰已過，又把王懿榮等三人的靈柩入城郊寶應寺義園。
九月初九日（10月30日），行在內閣抄奉上諭：
二品銜國子監祭酒王懿榮敦品績學，持躬清正，侍從南齋，迭承恩眷。平日夙懷忠義，恩濟時艱。本年七月間，臨難捐軀，從容起義。洵然大節凜然，加恩著追贈侍郎銜，照侍郎例賜恤。其妻謝夫人及其長子妻張氏亦同時殉難，忠烈孝義萃於一門。允宜特別予以褒揚，以彰貞節。王謝氏、王張氏均著其旌表。伊長孫王福坤著俟服闋後，以主事分部行走。該部知道了。尋予諡：“文敏”。
內閣抄出，光緒二十六年九月初八奏上諭，“袁世凱奏大員殉節，籲懇恩施一折，王懿榮追贈侍郎，照侍郎例賜。欽此。”應將該員照侍郎殉難例。蔭一子入監讀書，六月期滿，以知州注冊候銓。光緒二十七年（1901）五月十九日奏準。
光緒二十七年（1901）二月，王懿榮次子崇烈（字漢輔）由寶應寺義園將父母及大嫂的靈柩啟運回故裏，由天津經海路抵煙台港碼頭，然後起陸運至福山古現北頂嶺安葬。
王懿榮生前有四個兒子和三個女兒。其中長子、次子、長女、次女為元配黃蘭夫人所生；三子、四子、三女為繼室謝雲鶴夫人所生。
長女保生生於同治二年十月（1863年11月），生於保定，4歲時因病天花夭亡於北京。
次女定任，生於同治五年十月（1866年11月），北京，黃夫人分娩後，流血過多，病體幾乎難以支持。祖父王祖源給孫女起名崇瑛。
光緒八年八月（1882年9月），王崇瑛嫁於海豐（今山東無棣縣）吳式芬之孫、吳重熹之子吳崶。
同治七年十二月七日（1869年1月19日），王懿榮長子王崇燕出生。
王崇燕，字翼北，又字孟喜。光緒十三年（1887），王崇燕入府庠，是年20歲。光緒十五年（1889）王崇燕迎娶張人駿長女張允淑為妻。光緒十七年（1891）24歲的王崇燕參加山東省鄉試，中式第十六名舉人。同年八月二十三日（9月25日），王崇燕長子王福坤於福山新宅出生。
王崇燕聰穎好學，思路敏捷。尤喜讀《穀梁傳》。研究穀梁學，發揮先儒的遺蘊，頗有成就。曾著有《穀梁集解糾謬》十二卷、《穀梁發微》四卷、《穀梁旁通考》一卷、《穀梁注疏箋證彙義》三十卷。
光緒十八年（1892），王崇燕參加壬辰科會試，頭場剛過，咯血滿地，被抬回家中。次年五月初三（1893年6月16日），王崇燕病逝於北京，是年25歲。
同治九年七月十五日（1870年8月11日），王懿榮第二子王崇烈出生。王崇烈，字漢輔，一字火傳。光緒十三年（1887），王崇烈入福山縣庠。光緒十六年（1890），王崇烈與湖北督糧道張之洞胞弟張之淵之女結婚。第二年他們的兒子福堯出生。
福堯與福坤是同年所生，但比福坤大幾月，因而為長孫。出生後不久，就過繼給王懿榮侄子王來庶為子。王來庶是王懿榮大伯父王伯潤的長孫，年輕時從祖父在陝西陣亡。福堯就過繼給他為子，故其字曰大宗。但不久福堯夭亡。他的母親張氏也因產後生病，不久卒於北京。
光緒十八年（1892），王崇烈又續娶山東章丘縣知縣蔣慶第女兒為繼室，在濟南成婚。過了兩年，他們生了一個女兒，名福至，是王懿榮長孫女。
光緒二十年（1894），王崇烈應甲午科順天府鄉試，中式第三十二名舉人。
光緒二十二年（1896），蔣氏生下一男孩，為王懿榮次孫，名福塨，字次蠡。因福堯早殤，王懿榮又將福塨過繼給王來庶為子。
光緒二十四年（1898），王崇烈妻蔣氏病逝於北京。同年王崇烈以舉人、援例為直隸候補知州，供差永定河工。後保薦為候補知府、候補道員，分發直隸候缺，駐天津。
光緒二十五年（1899），王崇烈在北京三娶山東章丘縣知縣陳代卿（字雲笙）次女陳孺雲為妻。
光緒二十六年（1900），即庚子年，王崇烈遵父命，攜妻子返故裏福山。王懿榮殉國後，一切善後全賴王崇烈料理。
王崇烈穎悟聰敏，勤奮好學，治公羊學，年方10歲，有“神童”之譽。居京師時，國子監祭酒宗室盛昱、提學黃紹箕等名流，都對他十分讚賞。他所研究的經學、金石學、訓詁學，“翹和為金石諸生冠”。
王崇烈有著述多種：《公羊解詁義證》二卷、《史宬存稿》四十卷、《智雨齋文集》二卷、《佛教淺說》一卷、《智雨齋題跋》四卷、《佛教簡目提要》十六卷、《璜齋金文》一卷、《雙紅薇館經眼錄》四卷、《種瓜亭筆記》一卷、《殷墟文解字》四卷等。王崇烈卒於民國八年（1919），享年48歲。
王懿榮的三子王崇熿、三女來住為繼室謝夫人所生。降生不久就夭亡了。
光緒十八年三月二十一日（1892年4月17日），王懿榮的第四子王崇煥出生，他時年47歲。
王崇煥，字漢章，筆名如堪，踽公。王懿榮殉國時，他才8歲，寄居在姐夫吳崶家讀私塾。宣統二年（1910）考入天津鐵路局，後與上海葉楚倫辦《太平洋報》，並加入“南社”。
辛亥革命後，王崇煥入河北省教育廳任秘書。後又在京奉鐵路警察教練所擔任教官。他在工作之餘，致力於文史資料輯錄和編輯工作。
建國後，王崇煥任天津鐵路學校校長，1953年病逝，享年60歲。
王崇煥一生著作甚豐，早年在“南社”從事文學創作活動。創作許多詩文，晚年從事甲骨文與人物年譜研究，著有：《甲骨文存》、《古董錄》、《澹歸大師年譜》、《劉繼莊年譜初稿》、《紀曉嵐年譜》、《王文敏公年譜》、《盛意園先生年譜》、《天南遯叟年譜》、《福山王氏劫印譜》、《王文敏公墨跡手紮》、《王文敏公奏疏稿》、《王文敏公遺集》等。
光緒二十九年（1903），王崇烈奉旨在北京錫拉胡同11號王懿榮故居建家祠奉祀王懿榮。正在京城的湖廣總督張之洞為王懿榮題寫了祠額“福山王文敏公家祠”。家祠落成順天府尹陳夔龍題楹聯：
率諸生以時習禮，君隆祀典，臣重儒行，癉心講學術。且幸文章宗工，政事名族，金石通家，春酒一尊瞻遺像；
憶聖駕蒙難出巡，我捍牧圉，公守社稷，淚筆寫奏稿。可憐父子盡節，夫妻捐軀，兒媳從井，秋風七月葬忠魂。
陳府尹又在井旁築一精致磚亭，內豎一碑，上鐫：“福山王文敏公殉節處”九個大字。
光緒帝禦筆祭文碑一塊，後又有宣統帝題寫禦筆祭文碑一塊，皆立於井旁。光緒帝題曰：贈侍郎銜國子監祭酒諡文敏王懿榮祭文
朕惟儒臣，礪節千秋，垂青史之名，國典褒忠，九陛拜筵之賜，奮雄心而敵愾同仇，義不偷生，孝彝典以文，恩宜特沛爾！原任國子監祭酒王懿榮，稟靈山左，抗誌朝端，經術淹通，文章雅正。入金門而登上第華，則譽擅蓬萊，持玉尺而中州，籲後則材呈嵩洛，曾試諫垣而居首旋膺祭。典而書名，會回詞苑，托英淩雲賦奏遂荷天章，錫寵畫日，毫命直乎！南齋仇書乎！東觀超遷俟讀，晉授司成珥筆禁廷，記金鑾之盛遇，授經太學流辟，沼之清芬，考文而會典，勤修頭銜，用錫肆武而海防，通整指畫無應，爰及還朝聿勤內直，豈意猝開兵寡求，頗牧於禁中，頓教共火畫，灰震鼓筆於輦下，表奮劍結纓之誌。臣節克完動疾風勁草之思。朕裹增慟宜加優恤，以慰忠魂，既予，諡以易名更晉偕而錫蔭，褒章告備俎豆，薦馨於戲取義成仁。讀聖賢書而無愧，表忠勵節壯河山，色而彌光，惟此，潔蠲爾其歆受。
由國子監奏準，將王懿榮及同在庚子年（1900）殉國的另一位祭酒（滿祭酒）熙元（字文貞），附祀於國子監韓文公祠內奉祀。張之洞作《國子監拜文貞、王文敏公兩祠，遂觀石鼓》詩一首曰：
戟門階下綠苔生，
風翥鸞翔老眼明。
人紀未淪文未喪，
巋然石鼓兩司成。
王懿榮靈柩回故裏安葬之日，禮部、順天府、國子監、翰林院官員前來路祭，達300餘人。
在京有關官員、國子監諸師前來題送挽聯。題聯的有直隸總督袁世凱、兩江總督張之洞、河南巡撫張人駿；其他官員：陳恩棨、譚祺慶、阮忠樞、崔惟華、蔣誌達、肖樹聲、肖騰驤、葉大匡、蔣慶弟、黃華、黃篤瓚、陳代卿、陳新銓、王揚芳、李祖年、徐撫臣、晏宗燕、蔣式瑆、陳明遠、李宗棠、潘風藻、金授、李舒馨、陳啟泰、陳德昌、毛澂等人。
張之洞還寫了一首悼念自己的內兄和摯友的長詩，詩中充滿對王懿榮的回憶、懷念和讚頌。
詩的題目是《癸卯之都，讀王文敏公懿榮絕筆一紙，慷慨從容，敬仰悲歎，非言所罄，賦詩述哀》曰：
勁木少繁卉，
節士罕多文。
試數群雅才，
恒以智包身。
卅年閱館閣，
博古無如君。
遠諍翁阮吳，
近籠劉李陳。
書為九州霸，
行筆來風雲。
洪纖夷險等，
然齊鵬昆鳥。
當其入集賢，
恩禮貫同群。
首錄大寶箴，
筆諫陳義純。
盡發天祿秘，
一一別瑉。
臣學信已劬，
知己逢至尊。
金鑾賜對數，
密記不得聞。
多箭報銀虯，
歸猶逡巡。
在公豈恤私，
大宅割與鄰。
舉朝昏不學，
聽妖如聽神，
五鬥距朱邸，
六甲塞禁闉。
袞袞狂且醉，
翹足策殊勳。
讀君貽予書，
赫蹄墨猶新。
上言韓賈繆，
編虎殃君民。
下言素誌定，
掘井如廣輪。
身為國子師，
臣道自我存。
詐窮到潰決，
天脫青城屯。
留守諸貴人，
棄職爭西奔。
君獨屹不去，
闔門從靈均。
楚毒備三死，
所求臣誌伸。
絕筆卅八字，
劫焰不敢焚。
近代文且節，
鹿床差比倫。
回憶交君時，
灑落驚眾賓。
嬉笑出坦率，
不畏一世嗔。
雖罵他無腸，
人亦諒其真。
真偽有時見，
須待疾風晨。
韓祠分一席，
模楷俱千春。
侈哉談生堂，
掠賣隨煙塵。
市上見朱記，
壁輸其珍。
我知浩然氣，
豈念屩玉分。
有兒豐俊才，
不憂衰此門。
的的虎賁肖，
對之輒巾，
照影俯寒碧，
常見貞苦臣。
癸卯入都，讀文敏公絕命筆一紙，慷慨從容，敬仰悲歎，非言所罄，賦詩述哀。時臂痛經年，不恒作字矣。南皮張之洞題。
後有康有為在海外聞王懿榮殉難消息後，欣然題詩曰：