隨著西向雨量的減少和高度的增加，雨林次於熱帶落葉森林，珍貴的木材樹，娑羅雙樹成為主要樹種；娑羅雙樹在海拔914米的高原及高達1372米的高原。再往西，草原森林（即廣闊平原上的森林）、草原、亞熱帶棘草原及亞熱帶、半沙漠植被次第出現。溫帶森林從大約1372米延伸到大約3353米，包括針葉樹和溫帶闊葉樹。
東喜馬拉雅山脈的動物主要源於華南和中南半島地區：主要是可以在熱帶森林中找到的動物類型，其次才是那些適應了在較高海拔和較幹西部地區的亞熱帶、山地和溫帶條件的動物類型。
然而，西喜馬拉雅山脈的動物卻與地中海、衣索比亞和土庫曼這些地區的動物有著較多的類同之處。一些非洲動物過去在這一地區的存在，例如長頸鹿與河馬，可以從外喜馬拉雅錫瓦利克山脈沉積層的化石遺跡推斷出來。在樹線以上高度的動物幾乎完全由適應寒冷的當地特有物種構成，它們是在喜馬拉雅山脈升高後從草原野生動物進化而來的。
象、美洲野牛和犀局限於尼泊爾南部低矮山麓森林覆蓋的達賴地區中的某些區域－－已被大體疏泄的濕地或沼澤地。印度犀牛在整個喜馬拉雅山脈的丘陵地帶曾經大量存在，但是濱臨滅絕；麝和喀什米爾鹿也達到了滅絕的程度。喜馬拉雅黑熊、雲豹、長尾葉猴（一種亞洲長尾猴）和貓，是喜馬拉雅山脈森林中其他恒生動物的一部分。喜馬拉雅岩羚羊，例如塔爾羊，也可以見到。
在樹線以上更高的地方，雪豹、棕熊、赤熊貓（即小熊貓）和西藏犛牛偶能一見。犛牛已被馴化，在拉達克被用作役畜。然而，樹線以上的典型棲息動物是多種類型的昆蟲、蜘蛛和蟎，它們是能夠生活在高達6309米之地的僅有動物種類。
喜馬拉雅山脈的礦物也很豐富，不過開發局限於較易進入的地區。查謨和喀什米爾是礦物最為集中的地區。在劄斯卡爾山脈發現藍寶石，在附近的印度河河床找到沙金。在伯爾蒂斯坦有銅礦床，在喀什米爾河穀找到鐵礦。拉達克蘊藏著硼砂和硫磺礦。在查謨山找到了煤層。鋁土礦也在查謨和喀什米爾出現。尼泊爾、不丹和錫金有著廣布的煤炭、雲母、石膏和石墨礦藏，以及鐵、銅、鉛、鋅礦石。
喜馬拉雅山脈由19條主要河流排水，其中以印度河與布拉馬普特拉河為最大，各擁有約259000平方千米的山地彙水麵積。在其他河流中，有5條屬於印度河水係－－傑赫勒姆河，傑納布，拉維河，貝阿斯河，以及蘇特萊傑河－－總彙水麵積約為132090平方公裏；9條屬於恒河水係－－恒河、亞穆納河、拉姆甘加河、卡利河（Kali，薩爾達河）、卡爾納利河、拉普提河、根德格河、巴格馬蒂河，以及戈西河－－疏泄另外217560平方公裏彙水麵積；還有3條河屬於布拉馬普特拉河水係－－蒂斯塔河、賴達克河，以及馬納斯河－－疏泄183890平方公裏彙水麵積。
雅魯藏布江像一條銀色的巨龍，從海拔5300米以上的喜瑪拉雅山中段北坡冰雪山嶺發源，自西向東奔流於號稱“世界屋脊”的青藏高原南部，最後於巴昔卡附近流出國境，改稱布拉馬普特拉河，經印度、孟加拉國注入孟加拉灣。它在華夏國境內全長2057多公裏，在華夏國名流大川中位居第五；流域麵積240480平方千米，居華夏國第六，流出國境處的年徑流量為1400億立方米，次於長江、珠江，居華夏國第3位；天然水能蘊藏量達7911.6萬千瓦，僅次於長江，居華夏國第二。河床一般高程在海拔3000米以上，是世界上最高的大河。