為了防止漏網的恐怖分子化裝成學生家長逃竄，當晚，俄聯邦警方在別斯蘭市所有出入口都設置了武裝哨卡，封鎖了北奧塞梯邊境，軍警仔細搜查了所有居民樓和其他建築，相篦頭發一樣，每一個房間都不放過。
別斯蘭市的局勢逐漸平穩下來，下半夜在街上巡查的警察已明顯減少，街口的大檢查站已經撤去。3日晚上八九點鍾時，曾有3名兒童被幾名恐怖分子劫持，藏進民房。但在俄聯邦特種部隊的嚴密搜尋下，恐怖分子被擊斃。3名兒童2人死亡，1人受傷。
與此同時，在車臣幾個地區持續約兩周的戰鬥後，俄軍成功俘虜了約50名準備在達吉斯坦共和國境內發動恐怖襲擊的武裝分子。
俄國防部“東方”特種山地作戰營指揮官蘇裏姆·亞瑪達耶夫表示，在戰鬥中他們繳獲了大量武器，包括30支衝鋒槍、3個火箭筒、一個自動式火箭筒、防空裝備、20公斤爆炸裝置、錄像機、16枚地雷、大量子彈和兩艘充氣橡皮艇。他透露，有情報顯示這些武裝分子得到了50萬美元，並準備在達吉斯坦境內發動襲擊。
9月6日這天，莫斯科和千裏之外的別斯蘭市同時下起了蒙蒙細雨，舉國悲慟，蒼天垂淚，整個俄羅斯都在為300多名和平居民的不幸去世而哭泣，為俄羅斯的苦難和不幸而哭泣。從清晨起，俄羅斯全境及駐各國使、領館一律下半旗誌哀。在首都莫斯科，克裏姆林宮也降半旗為別斯蘭人質事件中的遇難者致哀。文化部門和廣播、電視係統停止了所有娛樂活動。普京與政府成員在克裏姆林宮舉行會議前，全體起立，為別斯蘭事件的罹難者肅立默哀。
一名俄羅斯婦女在位於首都莫斯科的北奧塞梯共和國代表處門前，用鮮花和淚水哀悼在別斯蘭人質事件中的遇難者。
此時，別斯蘭憑吊和安葬死難者的工作已進入第二天，這一天，有200多具死者遺體被安葬。這座北高加索小城，整天都籠罩在悲風秋雨之間。由於死亡人數太多，當地政府隻好在郊區臨時辟出新的墓地。這一天，別斯蘭市幾乎所有的交通工具都在朝一個方向行駛，所有的男人肩上都抬著大大小小的棺木，所有人的眼裏都噙滿淚水。潮濕陰暗的墓地，鮮花噙淚，堆滿墳頭。死者親人悲愴的哭聲上衝九霄，下臨地獄，鬼神聞之，無不垂淚。
新開辟的穆斯林與基督教徒的墓地相距不遠。基督徒墳頭插上十字架，而穆斯林教徒的墳頭插上木樁，上麵都鐫刻著罹難者的姓名、出生日期和遇難時間。不少家屬還在十字架上鑲嵌了孩子的照片，讓人看到的是一張張活潑可愛的笑臉。
13歲的小姑娘塔馬耶娃是第一個入土的罹難者，她身旁安葬著年僅40歲的母親，母女倆都是別斯蘭事件中的不幸罹難者。
北奧塞梯總統紮索霍夫在悼念會上呼籲共和國居民團結起來。俄聯邦委員會（議會上院）主席米羅諾夫、俄總統駐南部聯邦區全權代表雅科夫列夫等人也出席了悼念會。
9月7日，俄羅斯13萬民眾冒雨在首都莫斯科舉行主題為“俄羅斯反對恐怖”的集會，悼念在別斯蘭人質事件中遇難的同胞，用鮮花和淚水表達了整個俄羅斯與別斯蘭人民同呼吸、共命運的心聲。來自莫斯科市政府的代表以及俄文化界、藝術界的許多著名人士來到位於市中心克裏姆林宮旁的瓦西裏斜坡參加集會。
集會在一分鍾默哀儀式中開始。
莫斯科市長盧日科夫在集會上發表講話說，莫斯科的天空在為遇難的人質哭泣，同樣經曆恐怖襲擊的莫斯科人能夠比其他人更加深刻地感受恐怖主義的危害。他說：“麵對毫無人性的恐怖分子，我們不能軟弱，大家團結起來就能夠戰勝並且一定要戰勝恐怖主義。”
著名滑冰運動員伊戈爾·博布林在一個廣告中說：“最近幾天發生的事件隻能稱之為戰爭，”“我們必須感覺到，我們正肩並肩站在一起。”電視台還播出了6日俄羅斯其他城市舉行的類似集會，其中包括第二大城市聖彼得堡的1.5萬人集會。除了俄羅斯，獨聯體國家與世界許多國家的民眾也紛紛舉行自發的悼念活動。
烏克蘭總統庫奇馬6日頒布命令，要求全國上下在7日中午12時整默哀1分鍾，以悼念俄羅斯北奧塞梯共和國別斯蘭市劫持人質事件中的遇難者。此外，庫奇馬已責成烏政府在一周內將烏方捐贈的人道主義救援物資轉交給俄羅斯方麵。
哈薩克斯坦、烏茲別克斯坦、土庫曼斯坦、吉爾吉斯斯坦和塔吉克斯坦五國總統紛紛致電或前往俄羅斯駐當地大使館，就俄羅斯北奧塞梯別斯蘭市發生的劫持人質事件向俄羅斯人民表示慰問，並對死難者表示哀悼。
哈薩克斯坦總統納紮爾巴耶夫6日赴俄駐阿斯塔納大使館並在留言簿上寫道：“哈薩克斯坦過去、現在和將來都堅定不移地支持俄羅斯反對恐怖主義的正義鬥爭，哈準備為在這次毫無人性、殘暴血腥的恐怖襲擊中受害的無辜者及其家屬提供一切所需要的幫助。”