清朝中葉嘉道間的學術思想是清代學術史和思想史中的薄弱環節。
通常，嘉慶朝的學術和思想被視為乾隆朝學術和思想的延續，道光朝則成為道鹹以降之學追溯的對象。嘉道兩朝共半個多世紀的學術和思想，在學術史和思想史的研究中竟“被喪失”其因應時代的主體性，以及所以成為這個時代的學術和思想的獨特性。
2004年秋，我考入清華大學，有幸跟隨葛兆光教授攻讀中國思想史的博士學位，葛老師鑒於我對清代學術思想的興趣，建議研究清朝嘉道間的學術和思想。在葛老師的指導下，我著手三方麵的工作：
一是學術史的清理。係統搜集、閱讀章太炎、劉師培、梁啟超、胡適、錢穆等前賢和時彥研究清代學術思想史的著作，對比各家對清代學術流派與人物譜係的建構和取舍、研究內容與思想精神的界定和闡釋、發展脈絡與外部環境的梳理和概括、研究方法與理論典範的特色及其產生的時代環境和著者現實關懷的關聯等，充分掌握研究現狀。
二、編纂《清嘉道間學術思想編年》。主要利用各種史事年表和年譜等資料編纂，注重士人所在的地域與交遊、從事的具體研究與彼此間的書信往來、研究材料的搜集與交換、學術資訊的交流與獲取、研究成果的發布與相互間的征引利用，以及圖書的刊印與銷售等。為此，我編纂了35萬字的編年草稿，並從中輯錄出嘉道間學者往來書信編年和圖書刊刻資料編年，以備專題研究之用。2009年發表在香港《九州學林》第七卷第二期的4.5萬字長文《書信往來與清代學術——以清中葉學者書信往來為中心的考察》，就是利用書信編年資料的“邊角料”寫成。相關專題研究，雖然後來未能繼續展開，但這份資料編年卻為我撰寫博士論文時考訂諸多引文資料的時間及士人所在的地域等，提供了極大便利，也使我更加“熟悉”這個時代。
三、係統閱讀嘉道間的清人詩文集。為較徹底了解這個時代有多少值得關注的曆史人物，我利用各種人物生卒年表和錢穆《中國近三百年學術史》的附表，做了一份清代學者生卒年表（其時江慶柏先生的《清代人物生卒年表》尚未出版），以20歲作為有效年齡，看20歲以後生活在嘉道間（1796—1850）有哪些人，生活了多少年，並按生活在這一時期的“有效年數”排序，然後查找他們是否有詩文集和其他著作存世，其中被《續修四庫全書》收錄和張舜徽《清人文集別錄》著錄的有哪些，哪些是清華大學圖書館古籍部有的，哪些是柯愈春先生《清代詩文集總目提要》著錄的，然後參考其在嘉道間實際生活的年數和研究需要，係統閱讀這一時期的清人詩文集。
以上三項工作，我全力以赴地進行了一年半多。在此過程中，我發現天理教事件對清代士人和學術思想產生過很大影響，而這一點，並未看到有人討論過，於是草擬了一篇“天理教事件與嘉道之際學術轉向”的章節提綱，發給其時已在複旦大學任教的葛老師，葛老師建議可將此提綱擴充成博士論文，係統考察天理教事件對當時政治、學術和思想的影響。
此後，我將注意力轉移到天理教事件對清廷政治層麵的影響，細讀嘉慶一朝和道光朝前十餘年的實錄，結果大大出乎預料——天理教事件在當時竟引起清廷統治政策和統治秩序的全方位調整。為實現所謂“中興之治”，嘉慶皇帝推行了整飭吏治、調整文化政策、嚴格法律和社會控製等一係列變革舉措。但檢索相關研究，並未發現太多關於這方麵的成果。於是調整思路，全力進行上述專題的探討。好在先前閱讀實錄時，已係統輯錄白蓮教起義對清中葉政治、文化和社會影響的各類材料，故在展開以天理教事件為中心的各專題研究時，白蓮教起義便成為隨時存在的“背景”和可資對比參考的“對象”，以免“擴大”天理教事件的影響，脫離曆史實際。畢竟與後者相比，天理教事件曆時甚短，波及區域亦極為有限。在完成一係列專題研究後，我相信自己的判斷沒有問題。天理教事件對當時的震撼確實超過了白蓮教起義，這並不是因為白蓮教起義的影響不大，而是因為天理教事件不僅勾起時人對十年前剛剛鎮壓的這場大亂的回憶，還引發他們關於明亡的曆史記憶——張獻忠、李自成起義。
盡管這一係列關於天理教事件與清中葉政治與社會的研究，已不屬於先前設定的學術史和思想史的範疇，但它卻使我收獲頗豐。這不僅是因為展開這些研究，需要熟悉和閱讀上諭檔、軍機處錄副等各類檔案和會典、事例等官修政書，讓我對各類史料的“性質”有了進一步體會，更關鍵的是它讓我踏入政治史這一對我而言“全新”的研究領域。在完成屬於“政治史”的相關研究後，我終於發現自己先前曾努力設法“進入”這個時代的各種嚐試，竟在這看似無心插柳的研究中實現。它不僅使我對那個時代多了一份更深入的了解，也終於開始理解先前閱讀的這個時代看似純學術和思想的各種言說中指涉的對象及其現實針對性，無論它在後世看來是“先進”抑或“迂腐”。至於從檔案、實錄、官書等傳統政治史的史料中尋找和擴充學術史和思想史的資料，從政治史和社會史的角度觀察和探討學術史和思想史的問題，既是我學習和研究中的最大收獲，也是本書不太成熟的嚐試。