永淳元年（682），窺基示疾，至十一月十三日，圓寂於慈恩寺翻經院，春秋五十一。以其年十二月四日葬於樊村北渠，靠近玄奘塋隴。後於文宗太和三年（829）七月啟塔荼毗，遷入平原新塔。根據讚寧《宋高僧傳》記載：遷塔時，“大安國寺沙門令儉檢校塔亭，徙棺見基齒，有四十根，不斷玉如。眾彈指言：‘是佛之一相焉。’凡今天下佛寺圖形，號曰‘百本疏主’。”讚寧說，當時有高宗或者玄宗所製像讚流行。可見，在當時朝野信眾中，窺基備受尊崇。窺基墓塔坐落於今陝西省長安縣少陵原畔、興教寺西、慈恩塔院內玄奘墓塔西側。保存完整，塔內塑有窺基坐像和石刻塔銘。此塔與玄奘塔及圓測墓塔合稱為“興教寺三塔”。
關於窺基修行精嚴，神通廣大，民間和佛教界流傳有不少神奇的傳說。比如說，終南山趕齋之故事：唐代高僧道宣，曾參加玄奘譯場，負責潤文。道宣主張以戒為師，致力研習及傳持戒律，他是唐代律宗三派之一的南山宗開創者，後世隻有南山一係傳承獨盛（所以後來所謂的律宗，多指南山律宗），道宣是律宗初祖。道宣晚年居於終南山苦修，持戒精嚴，日中一食，感動天人供養，所以他不需要托缽，每天中午天人給他送來供養。真可謂“人有戒德者，感動諸天，天龍鬼神，莫不敬尊”。
跟道宣同時代的窺基，對道宣律師的修學十分仰慕，有一天經過終南山，順道拜訪道宣律師，道宣律師聽到這個消息很高興，他對窺基的才學很佩服，他以為窺基大師對於戒律疏忽，不太重視，所以他想以天人送供來感化窺基。當窺基來到山上時，道宣律師早就等候在茅棚前恭迎，賓主坐定，相互談論佛法，不一會已近中午。平時天人準時送齋食，可今天不知怎麼，左等右等，就是不見天人來送齋，眼看時間已經超過午時，道宣隻好跟窺基連聲道歉，隻能一起餓肚（道宣言過午不食），而窺基且不以為意。於是兩人喝茶論道，不覺日之將暮，這時道宣極力挽留窺基在此留宿，借此讓窺基體驗一下苦行的樂趣。窺基見盛情難卻，留了下來，他對道宣說：“聽人說你這兒有天人給你送飯啊！但我今天來了，怎麼也不見天人來送飯？你還是持戒的律師，怎麼還打妄語？”道宣心裏也奇怪，但無話可答。當晚，道宣一如往昔整晚打坐，脅不至席。而窺基卻是倒頭便睡，還不時地翻身，睡相不佳，鼾聲如雷。道宣被他吵了一整晚，心想：這還是一個國師呢，一點修行都沒有，明天一定要好好的數落他一頓。因為出家人戒行嚴格，行住坐臥都有一定的規矩禮儀：行如風，立如鬆，坐如鍾，臥如弓。像窺基這樣的睡姿是不符合戒規。第二天一早起來，道宣就開始數落窺基，說他睡沒有睡相，而且又翻身，又打呼嚕，吵得他整晚不能用功。窺基說：昨晚你才吵得我無法安眠，不知道是誰，昨天晚上在打坐，半夜有隻虱子咬了他一口，這個人很生氣的抓起虱子，想要捏死它，但是一想出家人不能殺生，於是就把虱子往地上一丟，那隻虱子不幸摔斷了一條腿，整晚哀哀叫，吵得我不得安眠。道宣一聽，臉一下紅了，因為昨天晚上真的有一隻虱子咬他，被他丟到地上，心想他不是在睡覺嗎？而且還呼嚕聲雷響，怎麼連這件事都知道？看來他的修行更為高深。等窺基走後，中午，天人又來送食。道宣律師很不高興地說，你是故意拆我的台嗎？昨天我有客人你為什麼沒有送飯來？天人一臉無辜的回答：我昨天也是按時送來啊！但是到了這裏，整個終南山被五彩祥雲籠罩，有大乘菩薩在這山上，滿山遍野的護法神都在這兒護衛，我隻是一個小小的天人，進不來啊！道宣律師聽了，心裏覺得非常慚愧，原來窺基大師是大乘菩薩，我沒有把他看在眼裏，還有一點輕慢心，我才一兩個護法神，他有那麼多的護法神，使得我的護法神都不敢進來。
其實，窺基大師是修學大乘佛法的菩薩，不重外在規範，在戒律上重視的是心戒，所謂：“攝心為戒，因戒生定，因定發慧”，所以在戒律上就不像一般僧眾那麼呆板。