最後的戰役被命名為“暮光”，精疲力竭的亞特蘭蒂斯人與以逸待勞的卓金蟲族在卓金星上展開了殊死的戰鬥。
卓金蟲族在科技方麵遠不如亞特蘭蒂斯人，可它們勝在數量龐大而且繁殖速度極快，亞特蘭蒂斯人剛剛清理出一塊無蟲區，卻發現要不了幾個小時，來自四麵八方的蟲子就會重新填滿這一區域。
由於蟲族的繁殖能力實在是太恐怖了，亞特蘭蒂斯人想盡了一切辦法都沒能徹底清除卓金星上的蟲族，雖然已經消滅了蟲族所有的科技設施，使得這些蟲族再也沒有機會離開卓金星，可為了防止卓金蟲族的再次崛起，絕望的亞特蘭蒂斯人在近地軌道上發射了一枚星彈，燦爛無比的爆發之後，卓金星從此徹底的消失在太陽係的版圖之中。
千年戰爭結束了，疲憊不堪的亞特蘭蒂斯人再也無力回到自己的母星，飛馬座的51PegasiD，他們選擇在地球上進行休整。
讓所有人沒有想到的是，選擇地球這個卓金星的鄰居做為修正基地實在不是一個明智的選擇，換句話說，是一個非常愚蠢的選擇。
在全銀河係都在遭到奎雅維洛人侵略的情況下，偏偏與卓金星一衣帶水之隔的地球看上去卻相安無事，這雖然讓覺得有些難以理解，可當時的亞特蘭蒂斯人所有的注意力都在卓金蟲族身上，並沒有注意到這一點。
很多情況下，一個小小的疏忽就會造成形勢逆轉。為了不影響地球本身的文明進程，亞特蘭蒂斯人選擇了一塊與世隔絕的大陸，當時隻有少量的人類活動的跡象。
在地球上，最後的亞特蘭蒂斯人按照記憶中的母星建造了一座城市，並將其命名為亞特蘭蒂斯城。在他們的科技理論中，宇宙宇宙的本源被濃縮到了一張小小的太極圖上，就憑這這張小小的太極圖，亞特蘭蒂斯人才最終將卓金蟲族趕回了老家，連同卓金星一同抹去。
太極圖的作用在亞特蘭蒂斯人這裏並不是用來驅鬼辟邪，而是為了調動並吸收宇宙中最本源的能量供自己使用。與人類現在正在開發的核能相比，這種能源更加純淨更加穩定，而且取之不盡用之不竭。
經過數千年的努力，亞特蘭蒂斯城終於初具規模，人口也開始緩緩的恢複。雖然亞特蘭蒂斯人行事非常低調也很小心，可數千年的時間裏總有出現在地球人類視線裏的時候，由於當年的人類無法理解，因此形成了各種各樣的神話、宗教等等，而高高在上的亞特蘭蒂斯人則成為了那些人口中的“神”。
卓金蟲族被消滅了，可狡兔三窟，狡猾的卓金蟲族在它們的鄰居家裏埋下了一顆定時炸彈。
卓金蟲族的足跡踏遍銀河係的時候，它們一直在通過各種途徑悄悄的將微量的蟲族基因藏入人類的體內，就像蚊蟲叮咬這種就是最常見的手法。