貝加爾湖出口的寬度大約有1000米，立於湖水出口正中央的巨大圓石稱作“謝曼斯基”，當河水泛濫時，這塊神奇的圓石會看上去像在滾動。湖岸溪澗錯落，群山環抱。湖水雜質極少，清澈無比，湖水清澈的原因據說是貝加爾湖底時常發生地震，地震產生的化學物質沉澱湖底，使湖水淨化，所以貝加爾湖總是清澈見底。湖水透明度竟深達40.5米，因而被譽為“西伯利亞明眸”。貝加爾湖畔陽光充沛，有300多處溫泉，所以成了俄羅斯東部地區最大的療養地。
湖中有植物600種，水生動物1200種，其中四分之三為貝加爾湖特有的，從而形成了其獨一無二的生物種群，如各種軟體動物、海綿生物以及海豹等珍稀動物。貝加爾湖中有約50種魚類，分屬7科，最多的是杜文魚科的25種杜文魚。大馬哈魚、苗魚、鯡型白鮭和鱘魚也很多。最值得一提的是一種貝加爾湖特產湖魚，名胎生貝湖魚。屬胎生貝湖魚科，由母魚直接產下仔魚。
湖裏還有255種蝦，包括有些顏色淡得近乎白色的蝦。此外，貝加爾湖底還有l～15米高像叢林似的海錦，這在其他湖泊裏是找不到的，奇形怪狀的龍蝦就藏在這個“叢林”裏。貝加爾湖有200多種端足動物和80多種扁蟲。不僅數量多，有些種類還十分奇特引人，如最近發現的一些端足類動物呈雜色斑駁，與環境色彩混為一體；同時，還有人在湖中捕到體長達38厘米的巨扁蟲。大量的鉤蝦等端足類動物使貝加爾湖具有“自體淨化”功能。這些動物能夠分解水藻、分解動物屍體，這也是維持湖水清澈的另外一個主要原因。
在貝加爾湖裏生活著世界上唯一的淡水海豹。冬季時，海豹在冰中咬開洞口來呼吸，由於海豹一般是生活在海水中的，人們曾認為貝加爾湖由一條地下隧道與大西洋相連。實際上，海豹可能是在最後一次冰期中逆河而上來到貝加爾湖的。
貝加爾湖兩岸是針葉林覆蓋的群山。山地草原植被分別為楊樹、杉樹和落葉樹、西伯利亞鬆和樺樹，植物種類達600多種，其中3／4是貝加爾湖特有的品種。貝加爾湖西岸是針葉林覆蓋的連綿不斷的群山，有很多懸崖峭壁；東岸多為平原。由於兩岸氣候的差異，自然景觀也就迥然不同。
在貝加爾湖湖邊森林處觀賞湖光景色，會看到森林的樹枝上飄動著許多絲帶和布條，都是遊客係上的，表達日後能來此重遊的願望。的確，這個藍色的深湖是極富吸引力的旅遊勝地。來自四麵八方的遊客把貝加爾湖看作“聖海”。
貝加爾湖畔約有40座小城鎮，以前這裏居民可以取清澈純淨的湖水飲用，但是在今天，湖水業已受到工業汙染，雖然如此，但湖水看上去依然很清澈。在冰雪融化的五月，可以看清四十米深水下的物體：其他湖泊能看透二十米深都是少見的。
貝加爾湖四周陸地冰封得比湖水早得多。從十月份開始，群山的峭壁就已經銀裝素裹，落葉鬆、雲杉、西伯利亞杉等樹林也蓋滿了冰雪，遠遠望去隻見一片微微閃光的銀色世界。未到一月，大部分湖麵即已結冰，有的地方冰層厚達1.5米。當地人駕駛汽車和卡車在冰上打洞捕魚。在風平浪靜時凍成的冰層，就像玻璃一樣透明，可以看到魚在冰下遊弋。但是大多數是起伏的大塊浮冰。冰塊常常迸裂，發出炮聲似的響聲。
到八月份，湖水轉暖，冰層溶化，人們可以舒服地入湖暢遊。湖上天氣變幻莫測，一年四季潛伏著危險。夏天的濃霧可能迫使船隻突然停航。即使在風平浪靜的日子，也可能隨時刮起狂風，惡浪翻滾。當地傳說，貝加爾湖是怒神的王國。