此外，在建設三門峽水庫時，陝西舍棄了2座縣城、21個鄉鎮、248個村莊和100萬畝耕地，28.7萬移民從被稱做是陝西省“白菜心”的關中平原先遷寧夏，後又返回陝西，再返庫區，幾經磨難，飽受遷徙之苦。時至今日，三門峽水庫仍影響著國家對陝西渭南市重大項目的布點，影響著招商引資的環境和渭南中心城市的擴展，給陝西省遺留下了複雜和繁重的庫區防汛抗洪及移民的生活保障問題。
隨後的許多年裏，三門峽水庫的運用方式雖幾經調整，但對三門峽水庫的不滿和爭議仍時常出現。
在2003年10月水利部召開的“鄭州會議”上，陝西省水利廳副廳長在彙報中再次提出：“三門峽庫區問題已經綿延了近40年，矛盾的發展完全是三門峽水庫過多顧及下遊利益而運用不當造成的。”
三門峽水庫從建成起就伴隨著質疑和爭議，而在這些質疑和爭議的背後，則是地方與地方、局部與全局、眼前與長遠的利益衝突。不同的利益訴求，使三門峽水庫的出路變得更為撲朔迷離。
尷尬出路
三門峽水庫從規劃起就一直存在的上下遊利益的對立，這也成為解決三門峽水庫問題的糾結點。
據了解，此次安啟元等委員在提案中明確提出停止三門峽庫區蓄水發電，盡快實行空庫敞泄排沙，從根本上消除洪災隱患。建立黃、渭、洛三河及南山支流集中統一的防洪管理機構，改變黃河水利委員會、陝西河務局、三門峽庫區管理局和地方政府在防汛問題上存在的條塊分割、多頭管理體製。
盡管敞泄被認為是降低潼關高程的一條有效途徑，但是究竟能起到多大作用也存在很大分歧。據悉，在敞泄問題上，水利部曾委托清華大學、中國水科院、黃委會、西安理工大學等四家製作衝刷模型，以測算如果實現敞泄，將會對降低潼關高程起多大作用。
但四家單位的模擬結果差異很大：西安理工大學數據最高，五年降低3.5米；黃委會的數據最低，僅降低1米。
潼關高程被認為是黃河上遊水情安全一個關鍵指標。通常而言，泥沙淤積得越嚴重，潼關高程越高，上遊特別是其最大支流渭河的水情也就越危險。水利界普遍認為，三門峽大壩的改建產生了很好效果，特別是1973年的第二次改建，在連續敞泄四年之後，運行方式變為“蓄清排渾”，利用汛期洪水衝刷潼關淤泥，從而使潼關高程一度由328.4米降至326.6米，並在相當長的一段時間內趨於穩定。
但在1986年之後，潼關高程則又迅速抬高，目前已經超過了1973年改建之前的水平。西安理工大學水利係教授、著名泥沙學專家曹如軒認為，之所以出現這種情況，是因為三門峽水庫的運用不當，“光顧著發電，不顧上遊安全”。
而從目前三門峽水庫的情況來看，別說廢棄，就是全年敞泄也有很大壓力。
有專家認為，若三門峽水庫真的實現全年敞泄，水位大跌後，庫區形成已久的供水、灌溉鏈條就會中斷，而且三門峽水庫運行40多年來，已經建立了新的生態平衡，水庫滋養著一個百萬人口的三門峽市，那裏的農田、果園、生態，甚至局部氣候都因它而成，如果簡單地廢棄三門峽水庫，又會打破現有的平衡，可能造成新的危害。
上下遊利益的博弈，使得決策層難以在短期內作出決定。據悉，在2003年10月的鄭州會議上，索麗生指出有必要對三門峽水庫的運行方式進行調整，三門峽水庫的防洪、防淩、供水等功能可由小浪底水庫承擔。
鄭州會議後不久的10月17日至18日，水利部再次會同中國工程院在北京開會討論如何降低潼關高程，索麗生提出的“改變三門峽的運用方式”方案在會上依然被認為是解決問題最重要的方法。
無論三門峽水庫最終命運如何，重提三門峽問題的意義，不僅僅是簡單的否定，而在於怎麼看待並盡量避免，在於怎樣建立一個容納多種意見甚至是反對意見的科學的論證製度，讓決策更科學，讓三門峽水庫的尷尬不再重演。