錢正英院士的介入，以及後來形成以全國政協的名義上報黨中央、國務院的《關於渭河流域綜合治理問題的調研報告》，吳建民說，“這是這一係列程序中真正發生作用、有轉折價值的行動”。朱振義解釋說，“政協向中央反映意見，一般程序是必須通過全國政協提出”。
安啟元介紹說，“國務院領導先後兩次就渭河流域的綜合治理作出了批示”，此後政府各機構實際運作正式開始。渭河流域各省開始治理規劃的編製工作，水利部也委托黃委會製定整個渭河流域的規劃設計大綱。
多次參與規劃設計工作的吳建民說，渭河綜合治理最為核心性問題就是，“第一，渭河是資源型缺水，尋找什麼解決辦法？第二，潼關高程問題，這也事關三門峽水庫運行方式，如何處理？”朱振義介紹說，“渭河治理，其他問題比較容易達到一致，關鍵仍然是三門峽問題。”
此後在全國政協提案這一線路上，朱振義說：“由治理渭河，並把治理納入國家重點工程規劃轉入到希望盡快審批，進而又進入到討論三門峽水庫運行方式問題上來。”安啟元不放棄自己的努力，年年提出相關提案。
另一個不那麼引人注意的事實是，記者研究發現，在安啟元向全國政協提交相關提案，促使渭河流域問題得到重視與解決之際，關於三門峽的作用與功能的研究，在中國工程院專家進行“西北水資源谘詢項目研究”，也成為關注重點。
在清華大學教授周建軍與中科院院士、中國水利水電科學院原院長林秉南《對黃河潼關高程問題的認識》的論文裏，他們提供了從科學角度重新認識小浪底工程投入運行後（2000年），三門峽水庫的作用。結論是，“三門峽水庫在防洪、防淩、蓄水灌溉和下遊河道衝淤等方麵的作用，將主要由小浪底工程承擔”。“降低潼關高程首先需要衝刷水庫，在短期內需增加下泄泥沙量。在沒有小浪底水庫或當小浪底水庫的攔沙庫容大量消耗之後，三門峽大量排泄泥沙將對黃河下遊造成嚴重的淤積，是不可行的。隻有在目前小浪底水庫擁有較大攔沙庫容的時機，利用其本來就會淤積占用的攔沙庫容來消化三門峽水庫衝刷排泄的粗沙是合理的。所以，應當抓住當前難得的機會。”
三門峽水庫的運行方式成為渭河治理的核心問題，水利部對此也安排了黃委會黃河水科院、中國水科院、清華大學、陝西省水利廳、西安理工大學等單位開展了潼關高程控製及三門峽水庫運用方式的研究。有意思的是，相關人士介紹說，各家單位得到的結論卻“相差很大”。
在綜合治理渭河這一具體的規劃設計裏，三門峽水庫的運行方式越來越成為必須解決的問題，看上去，似乎到了必須對三門峽工程給出一個明確判斷的時機了。
2003年渭河的洪災，被普遍認為“小水大災”的這次洪災，終於使三門峽價值的重估進入媒體與公眾層麵。在回複水利部辦理政協委員提案的意見表裏，安啟元對他的提案“關於改變三門峽水庫運行方式案”的“對辦理情況是否滿意”問題的答複十分簡單明確，“不滿意。如果及早采取實施，今年渭河流域的洪水就不會造成如此巨大的損失”。今年的政協會上，安啟元告訴記者：“我專門找到水利部有關領導，說你們不解決問題，我會一直提下去。”
今年全國兩會，安啟元再次也是第五次提交《停止三門峽水庫蓄水發電消除渭河下遊水災隱患》的提案。與此同時，陝西省人大代表也聯名提交相同的議案。相關人士介紹說，稍早一些時候，陝西省委、省政府有關領導也聯名向上級機構提出類似的建議。
3月19日，媒體報道說，“渭河近期重點治理規劃通過專家審查”。這一包括水資源配置與保護、防洪、水土保持等內容的規劃，“2010年前規劃安排投資205億元”。水利專家吳建民解釋這筆投資，“這是渭河治理曆史上最大的一筆投入，在全國支流河域的治理投入中也沒有過這麼大的額度。”記者查了一下今年陝西省長的《政府工作報告》，其中記錄“陝西省去年地方財政收入175億元，加上上撥中央稅收共322億元”。
回顧自己過去的工作經曆，安啟元用一句話概括：“抓大事抓落實。”五年堅持得到的這樣一個中央大額度的治理投入，安啟元很平靜，“這算一個階段性成果吧”。由安啟元啟動並激活各方參與的對三門峽工程價值的重估，就這個規劃而言，安啟元說，“沒有對三門峽工程給出明確的答案”。
（《三聯生活周刊》）