到天啟五年，魏忠賢開始大肆迫害東林黨人，拘捕東林“六君子”楊漣、左光鬥、魏大中、袁化中、周朝瑞、顧大章六人，誣陷他們貪汙受賄，並命錦衣衛嚴酷拷打。魏忠賢的下手極為狠毒：楊漣受刑最多，死得最為慘烈，胸骨被銅錘擊斷，然後用鐵釘穿耳，以沙包活活壓死，死後七日才允許家屬收屍，屍體已全身潰爛，左光鬥、魏大中等人也是三木鎖身、五刑俱嚐，直至血肉橫飛，肉腐蛆生，被害於獄中，顧大章被逼自殺。天啟六年，魏忠賢又捕殺東林黨首領高攀龍、周起元、周順昌等七人，對東林黨趕盡殺絕，造成極惡劣的社會影響。
魏忠賢權勢熏天，滿朝文武百官噤若寒蟬。他利用東廠和錦衣衛這兩個特務機構鉗製百官，鎮壓異己，培植黨羽，手下有專門出謀劃策的“五虎”，有負責捕殺的“五彪”，還有所謂“十狗”、“十孩”、“四十孫”的大小爪牙，從朝廷內閣六部直到各地方的總督、巡撫乃至於州縣都是閹黨之人，網絡嚴密、盤根錯節，全國州府都在他的掌控之下，甚至民間市井都插有他的耳目。
據說有一天，某旅店裏有五個人在一起飲酒，其中一個姓徐的術士說魏忠賢作惡多端，不久肯定會倒台。另外四人有的沉默，有的害怕，有的勸他說話要慎重，不然會招來災禍。那個術士說：“魏忠賢雖然專橫，他總不能把我剝皮，我怕什麼！”到晚上，眾人熟睡，忽然門被推開，闖進來幾個人，把那位說大話的逮走了。不一會兒，又把一同飲酒的另外四個人帶到一處衙門，先捕的那人一絲不掛躺在那裏，手腳都釘在門板上，堂上高坐著魏忠賢。他對四個人說：“這位說我不能剝他的皮，今天不妨試一試。”就命令手下人取來熔化的瀝青澆在那人身上，過一會兒瀝青冷卻凝固，用錘子敲打，隻見瀝青和人皮一齊脫掉，形成一副完整的人的皮殼。那四個人驚恐萬分，嚇得半死，魏忠賢非常得意，達到恐嚇目的後，對他們每人賞給五兩銀子壓驚，把他們放走了。
作為一個生理殘缺、心理扭曲的太監，魏忠賢把前輩們的經驗發揮到無以複加。皇帝是“萬歲”，他就明目張膽地要官員們稱呼“九千歲”，每次外出，都乘坐文軒，羽幢青蓋，聲勢浩大，塵埃蔽天，猶如皇帝出巡，所到之處官員百姓們無不齊齊拜倒，高唱頌詞。
在這種情況下，官員們都爭先恐後地為魏忠賢建生祠。本來，立祠是傳統文化中為祭祀祖先或紀念先賢的，可到了魏忠賢這裏，底下的官員們為了巴結討好，竟紛紛為這個大活人立祠，每天香煙嫋嫋，頂禮膜拜，對高坐在廟堂上的太監雕像表示忠心，拍馬屁拍得登峰造極了。一傳十，十傳百，全國各地官員也都效仿，演出了一幕幕魏忠賢個人崇拜的醜劇。應天巡撫毛一鷺建生祠於蘇州虎丘，薊遼總督閻鳴泰建生祠於薊州、密雲、昌平、通州、涿州、河間、保定，宣大總督張樸建生祠於宣府、大同，山西巡撫曹爾楨建生祠於五台山，連當時的遼東巡撫袁崇煥也不得不建生祠……
一名叫陸萬齡的監生更是別出心裁，建議在國子監也建造生詞，把魏忠賢與孔子並論：“孔子作《春秋》，忠賢作《要典》，孔子誅少正卯，忠賢誅東林，宜建祠國學西，與先聖並尊。”於是溜須拍馬者紛紛上書，歌功頌德，讓魏忠賢喜不勝收，在天啟六年的百官一份吹捧魏忠賢的奏折裏：“東廠魏忠賢，心勤體國，念切恤民，鑒此兩浙歲遭災傷，舉百年相沿陋習積弊一旦厘革，不但機戶翻然更生，凡屬茲土莫不途歌巷舞，欣欣相告，戴德無窮，公請建祠，用致祝厘”——等等顛倒黑白的奏折文章，既是對當朝太監的無與倫比的溜須拍馬，也是對這個太監掌控的王朝的莫大諷刺。
東漢有宦官“黨錮之禍”，唐朝後期也有宦官專權，但這些現象都並不延續，漢、唐兩代的宦官數量也不多。東漢末年宦官數量也就在二三千人左右，唐代玄宗後期“品官黃衣已上三千人”，唐穆宗時“高品白身之數，四千六百一十八人”，到了明朝，宦官數量急速增多，發展為曆朝曆代最為龐大的規模，僅在成化年間，太監數量就達到上萬規模，“監局內臣，數以萬計”。這些太監在帝國的各個領域裏都掌握著重要權力，他們把持著京師的稅務，大肆搜刮民財，販賣私鹽，抽取高額利潤，侵占莊田，逼得無數百姓流離失所，乃至於掌控軍隊，甚至後期開設礦廠，撈取大筆金銀到自己的腰包中。
在明史專家王春瑜《明朝宦官》一書中提到：神宗朱翊鈞時，僅萬曆元年到萬曆六年，兩次新增加的宦官便有六千多人。到崇禎皇帝朱由檢亡國之際，史載“中七萬人皆喧嘩走”，清朝初年康熙皇帝根據他向明朝老太監了解到的情況，說明朝“宮女九千人，內監至十萬人”。說明末宦官有十萬之眾，這個數字難免有誇大之嫌，但說有數萬人之多，應當是確實可信的。可見，在中國曆史上所有朝代裏，明代太監人數之眾可謂空前絕後。
宦官的專權，原因隻能在於封建王朝皇帝的高度集權。皇帝們高踞於封建等級製金字塔的頂端，深居宮中，對手下的大將、大臣難以信任，唯有身邊相伴的太監才能讓他們放心。太監，其實不過是皇帝們自身權力的向外延伸，他們的所作所為，無一不反映著皇帝的人格特征。而明王朝，無疑是中國曆史的典型“太監王朝”，也映照著封建社會江河日下的最後寫照。