根據傳統的行政行為理論，知識產權管理機關授予、調整知識產權及效力確定等行為均屬行政行為，對其審查應通過行政訴訟完成。那麼，在現有憲政體製下，我國是如何解決知識產權民事行政交叉案件呢？為此，最高法院曾先後頒布了一係列司法解釋予以指導。現分類對各司法解釋及其確定的處理模式的優劣予以辨析，以期探求最高法院對如何解決知識產權民事行政交叉案件處理的演變過程。
1.第一階段：一律中止，民事訴訟須等待行政機關裁決
1985年4月1日起施行的《專利法》第48條、第49條就專利複審委員會對專利效力的最終審查製度予以規定，為配合《專利法》實施，最高法院於1985年2月26日頒布了《關於開展專利審判工作的幾個問題的通知》（以下簡稱“1985年通知”），“1985年通知”第三部分第2條規定：在專利侵權案件中，隻要被告提出原告的專利權無效，則法院必須中止審理，等待專利權效力問題解決後，再恢複訴訟。最高法院處理原則非常明確：完全尊重行政行為的公定力，知識產權侵權民事訴訟程序不以任何形式對行政行為的效力提出挑戰，因此也避免了任何司法權與行政權行使結果不一致或者司法權幹預行政權的情況。
然而，這一司法解釋在實踐中仍存在問題並因此飽受爭議，其中主要問題是民事訴訟的周期過長，效率無法保證。由於行政機關複審程序沒有審限限製，而民事訴訟又必須中止等待專利複審的結果，導致大量的民事訴訟久拖不決。其中，華旗與朗科在廣東省深圳中院及廣東省高院進行的長達四年的“閃盤”之爭就是一例。此外，最高法院的司法解釋給侵權者以可趁之機，其往往利用專利無效申請製度中止民事訴訟，另一方麵則繼續實施侵權行為，從而在漫長的專利複審及民事訴訟過程中牟取非法利益。“遲來的正義是非正義”，而這種非正義因為知識產權民事侵權訴訟中止而在實踐中屢屢發生。
2.第二階段：區分不同案件類型確定是否中止
最高法院針對人民法院在審理專利侵權案件中，經常發生侵權人利用請求宣告專利權無效故意拖延訴訟，繼續實施侵權行為，於1992年12月29日頒布《關於審理專利糾紛案件若幹問題的解答》（以下簡稱“1992年解答”），對於“1985年通知”確定的處理模式進行了修正。“1992年解答”確定的基本處理模式是：對於實用新型和外觀設計專利糾紛案件，原則上法院應當中止訴訟；對於發明專利侵權案件，法院則可以不中止訴訟。同時，基於督促當事人及時行使權利的考慮，最高法院區分當事人是否在答辯期內提出有關無效確認申請程序而給予了不同處理。
最高法院之所以采取上述兩分法，有其實體上及程序上的原因：從實體上看，根據《專利法》規定，專利局對於發明專利在授予之前即進行實體審查，因而在無效確認申請的審查階段推翻原授予決定的可能性較小；而對於實用新型和外觀設計，在授予前僅進行初審（形式審查），因此在無效確認申請的審查過程中作出無效確認的可能性相對就要大得多；從程序上而言，盡管1992年《專利法》進行了修改，但1984年《專利法》所確定的專利複審委員會宣告實用新型和外觀設計專利權無效請求所作出決定為終局決定的規定並未修改。這也是最高法院原則上認為這兩類案件應當中止，等待行政機關決定的重要原因。
3.第三階段：對於實用新型和外觀設計專利侵權訴訟也須審查是否具有中止的理由
最高法院“1992年解答”相對“1985年通知”對於案件是否中止給予了法官更大的空間，但基於相同的理由，實用新型和外觀設計侵權訴訟的效率問題仍沒有得到解決。此種情況下，配合《專利法》於2000年的修改，最高院於2001年6月19日頒布了《關於審理專利糾紛案件適用法律問題的若幹規定》（以下簡稱“2001年規定”），對實用新型和外觀設計侵權訴訟的中止再次進行了調整。根據該規定，對於侵犯實用新型、外觀設計專利權案件，原則上應當中止訴訟，但在原告出具的檢索報告沒有作出否定性評價，或被告能夠證明其使用的技術已經公知，或被告證明原告專利權無效的證據明顯不足等情況下，可以不中止訴訟。此外，最高法院2003年對江蘇省高院作出的《關於對江蘇省高級人民法院〈關於當宣告專利權無效或者維持專利權的決定已被提起行政訴訟時相關的專利侵權案件是否應當中止審理問題的請示〉的批複》（以下簡稱“2003年批複”）中，對當事人不服專利複審委員會有關宣告專利權無效或者維持專利權的決定提起行政訴訟的情況下，民事侵權訴訟是否應當中止給予了答複。根據批複，民事侵權訴訟可以不中止，但根據現有證據材料，認為繼續審理與相關專利行政案件的判決結果可能發生衝突的，經當事人書麵申請，也可以中止訴訟。
從“2001年規定”及“2003年批複”的上述內容可以看出，最高法院對於知識產權民事訴訟案件是否中止給予法官更大的自由裁量權。即使對於在授予階段僅僅經過形式審查的實用新型和外觀設計引起的侵權訴訟，法院仍可以在專利複審委員會的複審決定作出之前，或者因此引起的行政訴訟結束前，根據現有材料進行判斷並決定是否中止民事侵權訴訟。
4.特殊情況的處理：兩種形式合法的權利衝突案件原則上根據在先原則審理