武漢城市圈農產品批發市場已經初步形成多層次和多類型的市場體係。省農業廳監測農產品品種由過去的30個增加到40個，監測市州已擴大到全省17個市州林區，實現全覆蓋，監測樣品數量由1400多個增加到4000多個。常態化的監測保障了農產品質量安全。2013年4月，農業部通報了全國農產品質量安全第一季度例行監測情況，湖北省農產品監測總體合格率達99.3%，繼續位居全國前列，蔬菜、水果、畜禽產品和水產品合格率均高於全國平均水平，其中，蔬菜合格率98.9%，比全國平均水平高3.8個百分點；水果合格率100%，比全國平均水平高2.8個百分點；畜產品合格率100%，比全國平均水平高0.4個百分點；水產品合格率99.3%，比全國平均水平高4.7個百分點。
2013年6月，省工商局在全省啟動食品溯源係統運用，逐步裝備全省所有大型超市。目前，已有六分之一的流通商戶納入食品溯源係統。隻需5秒鍾，超市農產品的所有身份信息一覽無餘，如果是過期食品，商品的名稱就會以紅色高亮字體顯示，提醒消費者不要購買。若是山寨貨，掃描後便不會顯示信息，立馬現形。除了下載客戶端，還可通過登錄進入食品安全頁麵，再輸入所購買商品條形碼，也可獲取相關信息，消費者和商家均可免費使用。據悉，自2011年10月我省在宜昌試點，目前全省應用電子追溯係統的食品經營戶已達到4.8萬戶，備案供貨商7.6萬家，備案食品51.7萬種。2014年後，追溯係統向各類食品經營戶推廣應用，逐步實現全覆蓋。追溯機製可以將產地準出和市場準入連接起來，把農產品種養環節的信息保持到銷售環節，實現“從田頭到餐桌”的全程質量監管。
盡管如此，武漢城市圈的農產品安全並沒有實現放心百分百。各城市中，武漢市做得最好，其他城市相對滯後，其中最大的症結，就在於其他中小城市農產品監管體製存在弊端。農產品安全監管由多部門分段負責，既存在重複監管，又存在監管盲點，監管責任難以落實。其次，由於受體製、機製性因素製約，農產品批發市場行業建設的整體水平仍然遠落後於社會實際需求，由此興起了新一輪升級改造熱潮。與此同時，農產品批發市場行業人才匱乏，行業谘詢支持嚴重不足，一些市場對其發展趨勢和安全功能建設重點認識存在偏差。究其原因，主要有以下幾個方麵。
1、部分市（縣）“粗放型”生產方式帶來的工農業汙染嚴重威脅農產品生長環境。武漢城市圈內部分地區仍然以“粗放型”的生產方式為主，一味追求速度的提升、經濟總量的提高，導致農業區域的水、土、氣均受到不同程度的汙染，農業環境質量下降，威脅農產品生長環境，如重金屬超標問題。農業生產過程中也存在著化肥和農藥高投入、高排放、高汙染的問題，如大量地使用如甲胺磷、久效磷等有毒農藥和化肥，不僅造成土壤物理性質惡化，而且還造成環境及農產品汙染。
2、農業生產小規模分散經營製約農產品與食品的檢測檢疫能力。目前，武漢城市圈內農業生產未能實現產業化與規模化，科技水平高並有著農產品與食品的檢測檢疫能力的農業大企業少，而是以小散農戶個體生產經營為主，這些農戶既無足夠的技術能力也無充足的資金購置設備進行農產品與食品的檢測檢疫，為了節約成本，也不會出資請其他專業部門進行檢測檢疫，這樣使得農產品和食品喪失了必要的安全屏障。
3、對生態農業技術的支持不到位，濫用藥、肥、激素、添加劑等問題也未能從根本上扭轉。由於農戶們既缺乏對生態農業技術足夠的認識，也缺乏一定的生態農業技術方麵的資金與技術支持，導致生態農業技術未能得到有效而廣泛的推廣，因此過去的農藥、化肥、激素、添加劑等過多過濫使用問題得不到根本性解決。
4、農產品生產和加工環節中的逐利和短視。農戶或農產品加工者們為降低成本，提高自己的經濟效益，明知某些物質有害人體，卻仍然用於農產品，最終威脅到公眾的食品安全。如在種植環節中濫用藥肥激素；在養殖環節濫用激素和抗生素；在生產加工環節，使用化學添加劑或變質劣質原料；在銷售環節銷售假冒偽劣產品、三無產品，導致食品安全問題。