不過343航空隊也不可能永遠有好運氣罩著。進入4月份，美軍發起了對衝繩的攻擊。作為最精銳的空戰部隊，343空也投入了很大的精力為特攻部隊護航。
4月15日下午，343空司令部接到雷達警報，稱有美軍機群正在接近中。於是源田實立即命令待機中的戰鬥301飛行隊緊急起飛迎戰。就在此時忽然有數架F6F出現在地平線上。多數日機飛行員立即中止起飛，隻有兩架紫電改仍然試圖升空迎戰。
這兩架飛機是留下70個擊落記錄的日本海軍著名王牌杉田莊一和他的僚機。就在杉田的飛機剛剛離開地麵時，第46艦載戰鬥機（VF-46）指揮官羅伯特·威瑟拉普少校的飛機已經俯衝而下發起攻擊。杉田莊一的飛機拖著黑煙一頭撞向機場跑道，炸成一團烈火。他的僚機也同時被擊落。兩名飛行員均當場死亡。
4月16日，343航空隊的三個飛行隊共36架紫電改戰鬥機再度出擊為特攻機群提供護航。在奄美大島-喜界島上空，日機與美軍第17和第47艦載戰鬥機中隊的F6F戰鬥機遭遇。戰鬥第407飛行隊遭到美機從後方的突襲，11架飛機中有6架被當場擊落，其中隊長林喜重大尉率領的4機編隊中有3架被當場擊落。
4月21日，343空參加了對B-29轟炸機的攔截。林喜重的座機被B-29的自衛火力所擊落，林大尉也因此成為整個343航空隊中第一個陣亡的飛行隊長。
6月2日，美軍航空母艦艦載機再度大規模空襲日本目標，343空出動21架紫電改迎戰。空戰後，宣稱擊落美機34架，源田實再度獲得大勝損失了4架飛機。
7月24日，美軍艦載機第二次大規模空襲吳港。由戰鬥701飛行隊長鴛淵孝大尉指揮下的21架紫電改戰鬥機從大村基地起飛迎戰。在豐後水島上空，紫電改編隊與美軍第49艦載戰鬥機中隊（VF49）的F6F戰鬥機和第1戰鬥轟炸機中隊（VFB1）的F4U戰鬥機發生激戰。戰後，日軍宣稱擊落美機16架，但是鴛淵孝大尉和杉田莊一陣亡後被源田實調入343空的零戰王牌武藤金義以下6架紫電改也被擊落。
8月1日，美軍陸航的B-24轟炸機和P-51戰鬥機的混合編隊空襲日本本土目標。由碩果僅存的戰鬥301飛行隊長菅野直大尉率領下的20架紫電改戰鬥機升空迎戰。
交戰中，另一名日軍飛行員忽然接到菅野直大尉的電信，稱機炮炸膛必須返航，並且拒絕接受護航。這也是菅野大尉的最後的消息。當日的空戰中，美國陸軍航空隊第348戰鬥機大隊的P-51D野馬戰鬥機記載有擊落Frank（日本陸軍的4式戰鬥機疾風，外觀和紫電改很類似）一架的記錄，看來這就是菅野直大尉未歸還的真相了。至此，第343航空隊所擁有的全部三名飛行隊長已經徹底死光，一個不剩。
到1945年8月，精銳的343航空隊所擁有的飛機總數已經下降到20幾架。8月8日，343航空隊迎戰來襲的美軍轟炸機群。空戰後，宣稱擊落美機6架，自損9架。這是曾經興盛一時的劍部隊的最後的戰鬥，淒淒慘慘。
8月9日，考慮到部隊連續作戰幾個月後已經疲憊不堪，源田實大佐難得的給飛行員們放了一天假。然後登山嬉戲的飛行員們遠遠的目睹了廣島升起的蘑菇雲……
事實證明，源田實的集中精銳飛行員和優秀戰鬥機從美軍手中重新奪取戰區製空權的想法已經遭到了徹底的破產——當然從一開始就不可能實現的。在半年的戰爭中，343空曾經多次出動精銳的紫電改戰鬥機為特攻機群提供護航，現在，戰爭已經進入了無法挽回的局麵，終於輪到誇稱精銳的劍部隊自己組織特攻了。航空隊的司令源田實大佐本人就是特攻作戰最早的創始人之一，副長中島正中佐則是最早的特攻作戰的直接指揮者，有這兩位經驗豐富的老手，343空的特攻生涯前途一片光明。可惜航空隊飛行長誌賀淑雄少佐不買賬，看到兩位上級的最新的好主意，誌賀少佐表示：“如果上級堅持命令我部參加特攻作戰，我也沒辦法，但是，至少應該讓我們這些當官的先走一步！”別的人筆者說不好，不過源田實大佐肯定是沒什麼興趣先走一步的，誌賀還真是能搗亂。好在此時戰爭已經進入了最後幾天，第343海軍航空隊的特攻作戰在準備階段就迎來了戰爭結束。
8月12日，由日本陸軍給了兵力所剩無幾的343航空隊最後一擊。當天，由宮崎勇飛曹長帶領的一個4機編隊在唐津上空做例行巡邏。地麵的日本陸軍防空部隊將他們當成了F6F。陸軍炮手們表現出了前所未有的精悍戰力，4架紫電改轉眼間就被炮彈的炸點所包圍。兩架紫電改被當場擊落，包括宮崎勇在內的兩名飛行員負傷後跳傘逃生。就這樣結束了整個源田之劍——343航空隊的全部戰爭曆程。
在將近半年的交戰中，343航空隊以戰死飛行員85名，實際損失飛機可能在100架左右為代價，宣稱擊落美機170架。實際戰績可能在40-60架之間。基本上說，能在美軍數量質量都占據壓倒優勢的1945年，這個戰績也算是很說得過去了。