到昭和17海軍年度結束時（1943年3月末），三菱重工隻完成了14架J2M係列的試製工作。已經被美軍原來越明顯的質量優勢壓得喘不過氣的海軍航空本部已經沒有功夫繼續等了。J2M2剛剛投產，軍方就要求三菱重工在昭和18海軍年度（到1944年3月末為止）剩下的5個月時間裏要完成540架雷電的生產。而昭和19海軍年度（1944年4月1日至1945年3月31日），海軍要求三菱方麵要生產1575架雷電。實際上，軍方交到三菱重工手裏的要求數量還要大得多。在軍方交給堀越二郎本人的規劃中，昭和19海軍年度三菱應該製造出3600架雷電。年度末的1945年3月，軍方希望三菱重工加上海軍自己的高座飛機製造廠應該形成具備月產雷電545架的生產能力。很顯然，已經對零戰的性能不再抱什麼希望的海航本部其實一度是很有意將雷電作為下一代主力戰鬥機之一的。
然而一直到1944年3月，進度已經受到不少延誤的雷電戰鬥機仍然留有不少技術問題，在作戰部隊的反應也一直不怎麼樣。更重要的是，此時本來並不受軍方看好的由傳統水上飛機製造廠商川西飛機公司所研製的N1K2-J代稱1號局戰改（即未來的紫電改戰鬥機）卻進展順利，大有希望成為新一代海軍主力戰鬥機。
為此，橫須賀航空隊向主持陸海軍軍需生產的軍需省提出報告，將當時已有的零式艦戰與雷電21型和代稱1號局戰改做了一番對比。報告認為，速度方麵代稱1號局戰改優於雷電21型，雷電21型又優於零戰；爬升方麵雷電21型優於代稱1號局戰改，代稱1號局戰改又優於零戰；對戰鬥機作戰，雷電21型沒有強於零戰的項目，代稱1號局戰改也是如此；對轟炸機作戰，雷電21型在速度、爬升、火力、防護性方麵全麵優於零戰，可維護性則明顯不如，大約相當於零戰的六成。1號局戰改在火力、防護方麵也優於零戰，可維護性略差。另外，1號局戰改具有改裝為艦載戰鬥機的可能性，綜合性能實際上還在試飛中的預定下一代艦戰“烈風”之上。
這份並不能算十分公正的報告雖然不能說徹底斷送了雷電繼續生存的可能性，不過至少也是斷送了一大半，擴大生產的可能性徹底沒有了。綜合各方麵評價，顯然將代稱1號局戰改作為日本海軍下一代的標準戰鬥機更有價值。於是原定的擴大生產的計劃被取消了。
不過雷電也有自己明顯優勢，那就是爬升性能。在這一方麵，雷電的性能在整個日本海軍的所有機種中也是最強的。作為高空高速截擊機，雷電在日本海軍中可以說是無出其右者。也因為這一點，雷電係列的生產也一直以每個月20-40架的速度不緊不慢的維持了下去直到戰爭結束。由於川西紫電係列戰鬥機的機動性能良好，曾經裝備過紫電、紫電改戰鬥機的各部隊實戰中都是用於與美軍艦載戰鬥機爭奪戰場製空權使用，在日本海軍中事實上是扮演了甲戰鬥機——製空戰鬥機的角色。基本上看作零戰的準後繼型，也不能算錯。加上其他專用局地戰鬥機又沒有一架能夠在戰爭中實際投入使用，所以雷電係列事實上也就成為日本海軍中第一種也是唯一的一種專業截擊機。在日本本土各主要防空部隊都作為一線主力使用。
1944年6月15日，美國陸軍第20航空隊的B-29重型轟炸機首次空襲日本本土獲得成功。日本海軍這才重新意識到高速度大爬升的雷電戰鬥機的巨大存在價值，立即要求重新大規模生產雷電戰鬥機。遺憾的是，在製造廠商已經撤去了大多數工裝夾具轉產其他機型的時候，再重新建立生產線實在不是一件容易的事。再加上美軍的戰略轟炸的影響，雷電係列的生產再也沒有能夠得到恢複。到雷電全係列的總產量按照日本航空史學家渡邊洋二所著《局地戰鬥機雷電》一書（日本文藝春秋出版有限公司2005年版），在三菱重工名古屋飛機製造廠共生產了476架，在海軍高座廠共生產了50-60架（也有說法認為是88架），合計總產量為530-560架左右。而美國在戰後留下的戰略轟炸統計報告則認為三菱公司共生產了14試局地戰鬥機8架、雷電11型131架、雷電21型307架、雷電33型43架、雷電31型2架，海軍高座廠則生產了雷電21型128架，以上合計為621架。總之對於雷電全係列的生產數量，最高的估計也不過630架左右，在二戰期間日本海軍所裝備的三代四型單發戰鬥機中產量是最少的。