經過曹操的改組，內閣現在轄有吏部、戶部、禮部、刑部、工部、兵部等六部，黃琬為尚書令，設有兩個尚書仆射，分別有司徒王允、司空楊彪擔任。
吏部由原來的三公曹、吏部曹整合而成，掌品秩銓選之製、考課黜陟之方、封授策賞之典、定籍終製之法，下設四司：文選清吏司、驗封司、稽勳司和考功司。文選清吏司掌考文職之品級及開列、考授、揀選、升調、辦理月選。驗封司掌封爵、世職、恩蔭、難蔭、請封等事務。稽勳司掌文職官員守製、終養、辦理官員之出繼、入籍、複名複姓等事。考功司掌文職官之處分及議敘，辦理京察、大計。
戶部由大司農衙門改組而成，掌全國疆土、田地、戶籍、賦稅、俸餉及一切財政事宜，其內部辦理政務按地區分工而設司，現任戶部尚書為原來的大司農朱光，是朱儁的族弟。
大司農為九卿之一，依然存在，兩漢時大司農掌管租稅、錢穀、鹽鐵和國家財政收支，現在大司農的大部分職權都轉移到戶部衙門，大司農的職權便改為主掌勸課農桑、屯田、水利、救荒等事。現任的大司農是一個世家大族出身的老朽，本身不管事的，真正理事的是大司農丞韓浩。
工部由民曹改組而成，民曹原來掌管一切有關修建和鹽池苑囿的管理，改組為工部以後，職權擴大，職掌土木興建之製、器物利用之式、渠堰疏降之法，凡全國之土木、水利工程、機器製造工程、礦冶、紡織等官辦工業無不綜理，並主管一部分金融貨幣和統一度量衡。工部下設四司：將作司，掌宮室官衙營造修繕；虞衡司，掌製造、收發各種官用器物，主管度量衡及鑄錢；都水司，掌估銷工程費用，主管製造詔冊、官書等事；還有軍械司，負責軍械打造，被曹操掌控。
將作大匠職掌宮室、宗廟、陵寢等的土木營建，雖不是九卿之一，卻也不並入工部。
禮部則有客曹和太常衙門改組而成，客曹掌管護駕邊疆少數民族朝賀事務，太常掌管禮樂社稷、宗廟禮儀，兼管文化教育、陵縣行政，也統轄博士和太學，改組後的禮部掌管全國學校事務、文化教育、博士太學及藩屬和外國之往來事。現任的禮部尚書是一個名不見經傳卻被士人稱許的世家老朽，曹操準備把這個位置留給大儒荀爽。
太常作為九卿之首，依然保留，負責建邦之天地、神祇、人鬼之禮，吉凶賓軍嘉禮以及玉帛鍾鼓等威文物的官員，同時負責宗教事務，不再兼管文化教育事務。
刑部由二千石曹改組而成，二千石曹原來掌管司法訴訟事務，改組後的刑部為主管全國刑罰政令及審核刑名的機構，與禦史台管稽察、廷尉掌重大案件的最後審理和複核，共為“三法司製”。刑部的具體職掌有，審定各種法律，複核各地送部的刑名案件，會同三司審理“監候”的死刑、案件以及直接審理京畿地區的待罪以上案件，刑部是按州設司。
兵部是由中都官曹和太尉府改組而成，中都官曹掌管水、火、盜賊等治安工作，而太尉除了評定全國武官的功績高下、以為升降的依據外，就是作為皇帝的最高軍事顧問，改組後的兵部職掌內外武職官員的除授、封蔭之典，乘載﹑郵傳之製，甄核﹑簡練之方，士籍﹑軍實之數。兵部下設四司：武選司，考核武職官員的品級與選補、升調、承襲、封贈諸事；車駕司﹐掌全國馬政及驛傳等事；考功司，掌武職官員的敘功﹑核過﹑撫恤﹑軍旅之簡閱﹑考察﹑巡防等事；武庫司，掌全國之兵籍﹑軍器之事。
曹操增設了丞相，自己領了。而兵部尚書曹操自然也是交給荀攸這個自己人，那些民政的他可以不幹涉，但是軍事自然要全部握在手裏。
當然那些世家人物讓家族在朝廷的官吏在其他內閣輔臣麵前詆毀曹操，說曹操既掌司隸軍，又掌兵部，洛陽朝廷的兵權全歸曹操所有，曹操勢力大了，原沒有野心也會變得有野心，沒準就會成為董卓第二，一時之間，那股讒言使得“董卓第二”成了曹操的代名詞。
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