從塔希提島，他們駛往新西蘭。新西蘭是個外形柔和，崗巒起伏的國家，被許多海洋切成一小塊一小塊，近處被蕨類植物所覆蓋，遠處則為大片森林所掩映。傳教士及其仆從和工人們住在茅舍之中，英國人住在那些粉刷得潔白的小屋子裏，當地人則住在窩棚裏。
達爾文在這個南太平洋島國進行了遊覽。新西蘭人具有殘忍、粗暴和狡猾的特點，這裏是英國流放犯人的地方，英國的流放犯也在當地橫行。達爾文在向導的帶領下，深人到新西蘭的村莊進行旅行，這裏的居民吃的是歐洲人運來的馬鈴薯，蕨類植物根和海澱的一些軟體動物，有趣的是，當地人見麵後常用相互碰鼻子來表示友好和問候。
達爾文在新西蘭的一個村莊度過了1835年的聖誕節。他還和艦上的蘇利文準尉一起坐著一隻小船，沿著卡瓦河逆流而上，觀賞美麗的風光；他們訪問了幾個村子，觀看了一個酋長女兒的葬禮；考察了一些石灰岩，然後就回到了艦上，從而結束了在新西蘭的旅行。
澳大利亞的悉尼是一個新興的城市，市內有許多寬大的正規街道，還有許多兩三層樓高的石屋和商店，在晚風中的城市中漫步，使達爾文的心情十分舒暢。
當地的居民樣子都很善良，他們向達爾文表演了高超的投擲標槍的技術。他們的文化水平和聰敏程度要比火地島人高一些，他們不種地，不蓋房，不牧羊，過著一種漂泊不定的生活。酒類的輸入，歐洲苦役犯帶來的各種疾病的傳播，對當地人危害極大；對當地人所食用的野生動物的捕殺，都使得這塊殖民地的土著居民迅速減少。達爾文在考察日記中曾經寫道：“隻要歐洲人一到那裏，死亡就無不立即摧殘著當地居民。”
在澳大利亞，達爾文觀察到了當地動物不同於世界上其他地方的獨特性，他想：如果是一個什麼宗教都不信仰的人，在這裏會發出感歎，這裏肯定有兩種不同的創造者在工作。能否認為有兩個創造者，他們每一個都發明了這種如此美觀，如此簡單，同時又如此精巧的裝置呢？不可能這樣認為，創造世界的無疑隻有一隻手。這裏，達爾文堅持思考物種起源的問題，許多事實已使他不再相信《聖經》中的創造概念，不知不覺中，他已經成為一個不信教的人了。
達爾文和費支羅伊艦長還訪問了馬來亞人的山村，村子坐落在一個島嶼的角上，在那裏他們觀看了在死人墓上跳的木勺舞，這是在望月時舉行的一種半偶像崇拜的儀式。他們還在緊靠礁湖人口的島嶼觀看了居民捕捉海龜的情況。猛烈的海浪在岸邊碰得粉碎，也激動著達爾文年輕的心。
太平洋航行還使達爾文留下了關於珊瑚礁和環形珊瑚島起源的著名理論的初稿。他認為，環形珊瑚島可以使人看作一個標誌，它標誌著陸地是在什麼地方被淹沒在海洋深處的。
“貝格爾”號繞過了毛裏求斯島後，又繞過馬達加斯加駛抵非洲海岸。經過一次陸地旅行後，他們繼續航行。他們到達了埋葬著拿破侖的聖赫勒拿島，這個島好像一個巨大的黑色城堡，陡峭地聳立著。
在聖赫勒拿島逗留的四天中，達爾文從早到晚都在島上漫遊，研究這個島的地質構造。從聖赫勒拿島起航到達的下一個島嶼是亞森鬆島。在亞森鬆，他收到了寄自英國的一封家信，妹妹在信中告訴他，他的航行和他的工作已經引起了國內地質學界的注意，通過他同亨斯羅的通信，人們了解到他的了不起的收集工作，信中還轉達了塞治威克對他的祝賀和問候。這一切使達爾文感到愉快，同時，也加深了他對祖國和親人的思念。
本來，經過佛得角群島就可以直接駛向英國，然而，費支羅伊艦長卻下令向西，向南，向西又向巴西駛去，軍官們和達爾文都感到失望，原來艦長是為了重新精確地確立原來的測量結果。這樣，“貝格爾”號又在巴伊亞停泊，然後又駛向亞速爾群島，向英國駛去，駛去……
達爾文站在船舷邊，透過海上的重重迷霧，眺望著祖國的方向。五年了，袓國和親人們，你們一向可好嗎?他的眼前浮現出了父親和舅舅的形象，兩位老人啊，是你們使我獲得了環球航行的機會，當父親一旦做出了支持他參加航行的決定之後，他就毫無怨言地承擔了兒子的一切費用，夥食費、實驗經費、旅行費，雇仆人，寄標本，這些龐大的開支全由老人一人承擔，用他精湛的醫術和辛勤的勞動來支撐著一切，這些年，他又該添了些白發吧！還有亨斯羅教授，這位慈祥的師長和朋友，在整個旅行期間，他們始終保持著通信，達爾文將采集到的成千上百的礦物、古生物化石、動植物標本寄給了他，托他保管、鑒定，不斷收到來自他的問候和鼓勵。還有那些親愛的姐妹們，是她們的一封封問候信撫慰著他寂寞而又思鄉的心靈。這些親愛的人們啊，我馬上就要見到你們了。
海風吹動他的卷發，五年使他的臉上掛滿了蒼桑，他從一個熱情的少年人變成一個成熟穩重的博學之士，他收獲頗豐：收集了數千種珍貴的化石和標本，得到了物種起源的重要啟示，破除了關於《聖經》的迷信，一種嶄新的思想正在他頭腦中形成;遊曆使他大開眼界，增長了見識和經驗，豐富了自己。但是，他也失去了很多，他的健康受到了損害，他失去了常人的享樂，或許還有本該擁有的愛情。
然而，無論怎樣，達爾文都會因為這次偉大的航行而獲得了第二次生命。