這些印第安人，還有那些他見過的勤勞的黑人，難道是野蠻人嗎？而那些手握武器，到處殘殺的白人，又文明在什麼地方呢？
從羅薩斯將軍的莊園出來，達爾文眼前總是閃著剛才發生的一幕幕情景，這些見聞和思索，關於種族的優劣問題又使他想到了人類的起源問題，難道人類真有天生的高低貴賤之分嗎？
他們繼續在文塔那山脈一帶考察，達爾文逐漸發現了一些證據，足以證明這個山脈是從海洋中上升而來的。正當他歡欣鼓舞時，忽然聽到遠處傳來了槍炮聲。
科恩慌慌張張地跑來對達爾文說：“老爺，不好了，要塞上已經用炮聲警告，印第安人已經衝過來了。”達爾文聽了也很緊張，盡管他對印第安人不抱什麼偏見，可印第安人見到陌生的白人會不由分說地殺害他們的，因為他們被白人騙得太苦了，他們不會相信白人中會有好人，所以說他們的處境是十分危險的。他們慌裏慌張地騎上馬，沿著沼澤的邊緣跑去，忽然達爾文的坐騎跌倒了，他也被重重地摔落馬下。全身沾滿了黑色的泥漿，科恩趕忙下馬扶起主人，把達爾文放到自己的馬上，自己在下麵牽著馬向要塞跑去。身後傳來了印第安人的呼喊聲，他們拚命往前跑，終於跑到了要塞，暫時躲過了這場危難。
盡管科恩再三勸達爾文回到軍艦上去，因為這裏實在是太危險了，可是達爾文卻絲毫不為之所動，他說：“科恩，你看，危險已經過去了，我們馬上就要進人森林了，景色這麼美好，你讓我怎麼舍得走開呢?”科恩無可奈伺地搖了搖頭，隻好陪主人繼續前進，他們沿著一個美麗的湖泊向一片森林走去。
走入森林之後，達爾文已是疲憊不堪了，他一下子躺在一片樹陰之下說：“休息一下再走吧，科恩。”科恩也躺了下來，他們差不多快要睡著了。這時候，一隻凶惡的專食腐爛動物屍體的老鷹飛了過來，不停地在他們頭上盤旋。科恩像是突然醒悟過來，一下子從地上跳起來，大聲喊道：“美洲獅!”達爾文聞聲也抓起獵槍站了起來，屏住呼吸，靜心傾聽周圍的聲息，一隻龐大的美洲獅正在向他們逼近。果然，獅子從樹叢中走了出來，達爾文舉起槍瞄準了這個猛獸，準備作一次殊死搏鬥。這時，突然有兩個騎在馬上的印第安女人仿佛從天而降，出現在美洲獅麵前。有一個女人揮舞著一個投石索，投石索上有三個旋轉的球，她熟練地把石索拋向獅子，動作優美而準確。獅子大叫一聲被擊中了，四腳朝天地跌倒了，它掙紮著想擺脫縛在它身上的繩索，這時印第安女人騎馬繞樹轉了幾圈，把獅子用投石索緊緊縛在了樹上。
那兩個印第安女人並沒有看到達爾文主仆二人，當他們走上去向她們致謝時，她們一下子看到兩個白人，不由吃了一驚。她們二話沒說，上馬便走，轉眼間便不見了。達爾文感歎了一聲，看來，印第安人和白人之間的誤解和敵意，實在太深了。
主仆二人經過千辛萬苦，終於又來到了一年前發現大懶獸的彭塔阿爾塔。在這裏，他認真發掘，又發現了許多古生物的遺骸。達爾文非常驚奇地發現，這些已經絕跡的動物和現代的動物十分相似，但又有些細微的差別。他發掘的不下五種貧齒類化石，有大懶獸、磨齒獸、臀獸、巨樹懶等，它們與現在仍生活在南美洲的樹懶科動物很相近，這些動物大小像大象和犀牛一樣，它們未必能像現在樹懶科一樣爬上樹去，但它們能用後肢站立起來，它們的腳踵像三角架，能夠用腳踵和尾巴支撐著抱住樹，把樹弄彎，然後吃樹上的葉子。有一種劍齒獸，同現代許多種動物都有相似之處，它體形龐大，牙齒卻與體形極不相稱，像小老鼠的牙齒那麼小，眼睛、耳朵、鼻孔又與水生動物海牛比較相似。這種動物集中了大象、老鼠，海牛等動物的特點，又不是其中任何一種動物。這是多麼奇妙的事情啊！
達爾文反複思索著他的發現。居維葉說地球經過了27次連續災變的說法，顯然是靠不住的。如果真是那樣，為什麼過去的生物和現代的生物會如此相似呢？上帝重新創造的生物不是彼此無關嗎？這顯然是自相矛盾的。可是，萊伊爾關於有機界發展的觀點又不能使他完全信服，難道拉馬克的進化論是正確的？現在的動物是古代生物發展而來的？可是這與《聖經》上的真理又是多麼不同啊！這需要反複地觀察和研究，還不是貿然下結論的時候。達爾文為了弄清這個向題，又在內地的山野和森林裏進行了多次的考察。
達爾文通過兩年的考察生活，已經變成一位富有經驗的博物學家和旅行家了。物種起源問題越來越廣泛地在他麵前展開了。他的研究工作經常是在困難環境中進行的，這需要他有勇氣，十足的耐心，孜孜不倦和堅忍不拔的精神，要有做出正確判斷的卓越才能。同時，他還培養了善於博得當地居民信任的本領。他在青年時代，作為一個采集者，獵人，收藏家，就已經初步表現出了這些品質，現在這些品質已經大大地加強和提髙了。他已經成為一個善於思考，善於給自己提出問題，並且努力去解決問題的博物學家了。
“貝格爾”號終於結束了對南美洲東岸的曠日持久的測量工作，經麥哲倫海峽向西岸駛去，軍艦沿著狹窄的海峽迂回行駛，從兩個大懸崖，也就是東符裏島和西符裏島之間進人了太平洋。