紅綠篇（漫畫1——3卷）
故事舞台：關東地區
故事梗概：
為了登上精靈訓練師頂點，真新鎮的小智（大陸翻譯，原名是red）帶著大木博士贈送的精靈圖鑒，踏上了漫長的旅途。在經曆了與擁有同樣目標的小茂（大陸翻譯，原名green）的戰鬥，與小藍的相遇，以及與火箭隊殊死激戰之後，小智終於如願以償的獲得了精靈聯盟大賽的總冠軍。
具體時間軸：
事件一：小智在真新鎮與國外留學的小茂相遇，初次邂逅了夢幻。小智向夢幻挑戰，初始精靈的蚊香蛙被擊敗。
事件二：不甘心的小智為了變強來到了大木博士研究所，得到了精靈圖鑒和妙蛙種子，並立誌成為最強的訓練師開始了旅行。
事件三：小智在常磐森林再次遇到了小茂，得知小茂是大木博士的孫子並且也有精靈圖鑒，從此開始了兩人的互相競爭之路。
事件四：小智在尼比市抓到了皮卡丘，並靠皮卡丘打敗了小剛的大岩蛇，得到了灰色徽章。【智爺初次開掛】【小剛並沒有加入隊伍】
事件五：小智在月見山遇到了小霞，並聯手向月見山的火箭隊戰鬥。火箭隊三幹部之一，毒係道館的阿桔登場。小智用皮卡丘秒掉了阿桔的鐵甲犀牛，鐵甲犀牛進化成鐵甲暴龍，小智還是用皮卡丘順利的逃走了。【又開掛】
事件六：小智和小霞來到了華藍市，小智得到了藍色徽章【小霞並沒有加入隊伍】
事件七：小智在華藍市郊**到了正輝，初次了解精靈傳送係統。
事件八：小智來到了枯葉市，遇到了拐賣精靈的火箭隊三幹部之一，枯葉市道館的首領馬誌士。馬誌士用電擊獸，小智的蚊香蛙進化成快泳蛙將其打敗。
事件九：小智捕捉了卡比獸。
事件十：小智來到了紫苑鎮的幽靈塔，遇到了被阿桔用幽靈操縱的小茂，小智將其喚醒。
事件十一：小智的妙蛙種子進化成妙蛙花，途中遇到了小藍。
事件十二：小智潛入彩虹市火箭隊基地，看見了還在試驗階段的超夢，和火箭隊研究人員——紅蓮島道館首領夏伯。
事件十三：火箭隊想在彩虹市捕捉夢幻，被小智和小藍阻止。
事件十四：小智抓到了從彩虹市逃出來的火箭隊的試驗品伊布，該伊布可以自由變換三種形態。隨後小智得到了彩虹徽章。
事件十五：小智在地鼠洞穴遇到了阪木老人，此時的他還不知道阪木就是火箭隊首領，得到了神秘琥珀。
事件十六：為了能夠渡海，小智與小霞交換到了暴鯉龍。