薛家軍同皇太極的蒙滿大軍混戰一個時辰之後，在手雷、炸藥包的爆炸聲中，皇太極的鑲黃、正白兩旗首先出現潰退，接著蒙古漢軍開始逃跑，從而演變成了皇太極大軍的大潰敗，十幾萬大軍鋪天蓋地的向東北兩個方向逃竄。
薛家軍開始全線追擊敗兵，這時娜木鍾讓烏雲娜的萬人隊投入了最後的進攻，娜木鍾希望烏雲娜能夠為薛家軍建立殊功，烏雲娜跟娜木鍾有一個約定，就是成為薛雲的側妃，烏雲娜率領自己的萬人隊直追皇太極的金帳，要借皇太極和建虜的貝勒、貝子的人頭，作為覲見薛雲的見麵禮。
薛家軍的追擊以天黑結束，這一仗薛家軍殲滅皇太極大軍八萬多人，其中俘虜的隻有三萬人，繳獲的牛羊駝馬數十萬，其他金銀皮毛糧草帳篷等物資不計其數，不過薛家軍也付出了三萬多人的傷亡，其中犧牲的將士就達到一萬二千多人。
作為有生力量投入戰鬥的烏雲娜部，烏雲娜追趕皇太極時，裏皇太極最近時不過二十個馬步，最終還是讓皇太極逃掉了，不過烏雲娜還是一箭射死了皇太極身邊的大漢奸範家主，並活捉了朝鮮叛徒韓潤。
皇太極退往遼西跟隨的人馬隻有五萬左右，基本上都是女真、漢軍、朝鮮軍，蒙古部落不是被消滅，就是逃回自己的部落了，皇太極帶著十萬人馬征討蒙古，眼看著大獲全勝，哪知道跟薛家軍一戰，倒賠進去了五萬人馬，現在皇太極死的心都有了，自己怎麼老是犯糊塗，去跟薛家軍硬碰硬，最後的結局證明依然是頭破血流。
皇太極悲傷對豪格說道：“兒呀，大明有了薛家軍，就沒有我們女真人欺負漢人的機會，你要記住隻要守住祖宗的長白山就是了。”
皇太極說完是不住的咳嗽，不遠處的多爾袞、多鐸鄙視著皇太極，大汗一場敗仗打下來，就喪失女真男兒的血氣，在這次跟薛家軍的對決中，多爾袞、多鐸率領的左右翼損失相對較少，得到了八旗各牛錄的擁護，多爾袞、多鐸二人在想，皇太極這個癆病鬼一死，豪格能不能當上大汗可不是你皇太極的遺言說了就算數的。
薛家軍取得對金國大戰的勝利後，皇太極率領殘兵敗將逃回了盛京，蒙古暫時被建虜放棄了，大批的蒙古部落開始向娜木鍾或者哈日珠拉稱臣納貢，林丹汗失去的領土和人口，漠南蒙古大部分回歸到娜木鍾、哈日珠拉帳下。
當薛家軍以優惠價格處理一大批皮毛給等候的杭州商人時，這些杭州商人對自己在大同城多呆一月，得到如此優厚的回報，僅有的一點抱怨也變成了欣喜，在紀天恩的護送下，浩浩蕩蕩返回江南杭州。
林丹汗逃到呼和浩特後，在成吉思汗陵前舉行莊嚴的儀式，宣稱自己為全蒙古的"林丹巴圖魯汗"，遂帶領察哈爾、鄂爾多斯餘眾，移動成吉思汗之陵，西渡黃河至大草灘。林丹汗在大草灘永固城一帶擁眾落帳，重整旗鼓準備東山再起。
年底林丹汗得知大福晉娜木鍾聯合薛家軍戰敗了皇太極之後，林丹汗是又高興又愧疚，要是早聽薛家軍的話，自己也不至於逃到大草灘永固城，於是林丹汗派人去跟娜木鍾聯係，準備過了冬天就重回察哈爾部。
哪知道就在這一年冬天，心力交瘁的林丹汗病倒了，於第二年返回察哈爾的計劃拖延下來了，經過一年的病痛折磨，身體虛弱的林丹汗開始“發痘”，一天天的消瘦下去，終於在崇禎七年四月，死在了青海的打草灘阿拉他拉，蘇泰大福晉的兒子察哈爾?額爾克孔果爾額哲被立為大汗，仍駐紮在河套地區，可是稚嫩額哲難以服眾，原來跟著林丹汗的部落紛紛散去，最後額哲除了擁眾萬人和母後手裏的傳國玉璽之外，已泯然成為一個不起眼的小部落了。
崇禎五年七月朝廷處死了登萊巡撫孫元化與總兵官張燾，宋光蘭和王征、餘大成等充軍；繼任登萊巡撫謝璉與知府朱萬成，剛到登州又被詐降軍所挾持，崇禎皇帝勃然大怒，決心集中朝廷大兵進剿，以浙江朱大典接任山東巡撫，太監高起潛監軍，領關寧軍五千人等諸軍共計三萬多人圍剿叛軍。
崇禎五年八月，孔有德開始幾戰告捷，由於過分輕敵，結果在沙河遭到遼東騎兵襲擊，孔有德損失半數部隊，大將陳有時戰死。叛軍不得不退守登州死守，至此萊州之圍已解，接著大明官軍進圍登州，叛軍都元帥李九成戰死，叛軍軍心逐漸混亂，孔有德有心放棄登州去遼東投靠建虜。
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