接下來幾天薛家軍不敢靠近雞籠港，西班牙聯軍也不敢離開雞籠港，薛家軍跟雞籠港的西班牙聯軍進入了相持作戰階段，可是受西班牙人鼓動的突圍部落，因為自己部落族人戰死和得了西班牙人好處，頻頻晝伏夜出攻擊薛家軍士兵，薛家軍士兵一旦落單或者是小股，就被這些突圍部落戰士射殺或消滅，短短幾天薛家軍損失上百士兵，隨後薛家軍對這些部落進行了清剿，消滅這些部落戰士和族民一千多人，薛家軍腹背的威脅才消除了。
不過就是這個消滅這些台灣部落戰士和族民一千多人數字，是被餘四和楚翊、薛十一、薛克己等人刻意隱瞞了的，是怕薛雲知道了薛家軍在台灣搞大屠殺，會追究參加屠殺部落將領們的責任。
其實是餘四、楚翊、薛十一、薛克己這些人沒有領悟薛雲的精神，台灣的部落並不等同大明百姓，在薛雲心目中台灣平埔番比高山番更接近漢人，不過敢於攻擊薛家軍士兵，薛雲是不會認他是大明人還是異族的，後來薛雲才知道餘四在台北一帶屠殺了五千多部落男女，隱瞞了整整四千人，使許多平埔番、高山番滅族，更多的平埔番、高山番不是臣服就是遠遠的逃入深山荒野，之後很長時間也沒有幾個部落敢來騷擾薛家軍了。
十月二十二日，薛破虜在南線跟西班牙軍打了一場對攻戰，這時一場因為西班牙一個連在鳳山被一千薛家軍包圍，之後西班牙軍的援軍到了近千人，而薛家軍羅二娃的海軍陸戰隊六百多人趕到參戰，西班牙軍隨後兩千多援軍殺到，幾乎是與此同時薛破虜率領薛家軍各部八千將士先後到達。
薛家軍跟西班牙軍形成了互相包圍，隊伍你中有我我中有你，雙方就在這種混亂局麵下激戰，戰至中午西班牙漸漸不支，可是又有兩千西班牙水兵參戰，薛家軍腹背受敵眼見就要潰敗，薛家軍烈士營再次祭出自殺式襲擊，每個死士帶一個炸藥包衝入敵陣引爆，直到薛家軍引爆兩百多個炸藥包，犧牲上烈士營上百死士，西班牙軍的陣腳才開始鬆動，下午申時西班牙開始潰敗，逃到了海軍軍艦的庇護範圍之內。
這場仗薛家軍是慘勝，薛家軍出動近萬士兵，傷亡超過五成以上，其中陣亡士兵就達到兩千人；西班牙參戰士兵包括陸軍、海軍和仆傭軍五千人，傷亡達到了兩千人，因為是全軍潰敗，傷員大多數沒有跑掉，戰死和被薛家軍殺俘，有一千五百西班牙軍死亡。
這一仗打下來薛家軍和西班牙軍都損失慘重，沒有了大規模作戰的能力，特別是西班牙海軍先後投入三千水兵、水手，有一千五百士兵傷亡，死去的有六百多人，使整個西班牙海軍軍艦上，很多位子都沒有士兵幹活了。
氣急敗壞的西班牙海軍，在攻擊不到陸上薛家軍的情況下，十月二十五日，西班牙海軍來到大員“威遠城”報複，西班牙海軍二十五艘軍艦和薛家軍海軍第三四五艦隊海戰，台灣南方軍區副司令連熊偉指揮“威遠城”岸炮助戰，荷蘭王國女王馬蒂麗雅一世下令荷蘭王城軍民參戰，滿刺加國士兵訓練營的五百士兵也趕到“威遠城”助戰。
不過戰鬥主要發生在海上，西班牙海軍五艘三桅戰艦、二十艘重型軍艦，薛家軍第三四五艦隊三艘三桅戰艦“華山號”“衡山號”“恒山號”，六十艘兵船、海盜船，以及荷蘭王城、“威遠城”、“平南關”、大員台江海岸艦隊戰艦四十餘艘戰艦參加海戰。
一開始西班牙海軍炮擊頻頻得手，可是很快就被薛家軍海軍的群狼戰術打亂，一百多艘戰艦陷入了混戰，一艘西班牙海軍軍艦被四五艘薛家軍海軍戰艦圍毆，西班牙海軍炮火的精確性和威力被削弱，薛家軍海軍迅速靠近西班牙軍艦跳幫近戰。
這時薛家軍的“燃燒彈”大顯威力，引燃了好幾艘西班牙軍艦，可是薛家軍的“華山號”“衡山號”“恒山號”對西班牙海軍五艘三桅戰艦完全處於下風，整個戰鬥打得非常艱苦，下午薛家軍海軍基本上快靠上海岸，以求得“威遠城”、荷蘭王城岸炮助戰，不過西班牙海軍先後十幾艘戰艦過火，其中五艘戰艦燒毀沉沒，天黑前西班牙海軍艦隊退出了海戰離去。