現代科學用於研究世界的一般模型是係統，而不再是原子（或哲學中所謂的絕對者，即實體）。原子觀的“機械分析法”總是試圖將一切現象解釋為獨立自存的、永恒不變的、不可再分的單元粒子之堆積。如：牛頓力學自然觀，就曾力圖表明世界是眾多不記大小形狀的具有質量的剛性粒子———質點的組合。思想史表明，這種觀點對涉及到整體性、意義性和演化性這三類問題的所謂複雜現象終究無能為力，而這三類問題在今天表現得如此普遍且內在，幾乎今天的所有難題（如被稱為三大自然之謎的生命、宇宙和思維等之類）都與此有關。我們可以形象地稱這三類問題為現代科學中的“三塊硬骨頭”，並寄希望於係統觀來對此予以解答。那麼這“三塊硬骨頭”究竟“硬”在哪裏呢？係統觀能否啃動它們呢？係統觀是怎樣的一種觀點呢？並且，作為思想前提，這種科學思維範式的改變，在多大程度上要求我們的哲學和邏輯學，也發生相應的革命性改變呢？這就要求我們對現有哲學和邏輯學作一綜合的整體的考查，了解它們能做什麼，不能做什麼。正是基於這樣的考慮，本書將向讀者表明，我們現有的邏輯學和哲學依然是“前”係統論的，不能適應於研究係統和一切與上述“三塊硬骨頭”有關的複雜現象，並且我們今天對係統概念的理解，依然受到了原子觀框架的支配性影響，我們遠未發展起甚至遠未找到適合於係統模型的分析方法，而是繼續沿用了機械分析法來處理係統性問題，也就從根本上歪曲了係統。我們必須從思維的最根本處———從邏輯學本身做出調整、修正和補充，並進而建立起一種能直接適用於研究複雜現象的哲學和邏輯學，即建立一種新的包括複雜現象在內的整個世界的統一性圖景，而不再隻是傳統邏輯學和形而上學得到的以排斥複雜現象，和設立心與物、主與客、本質與現象等一係列二元對立為前提的統一性。沒有這種更深廣的統一性，困境和衝突無法消解，生命的意義無從安置，未來的文明無以為繼，心與物的鴻溝無可溝通。這種新的統一性，不是形式邏輯的教條，也不是辯證邏輯的模棱兩可，更不是直覺主義的神秘體悟，而是對這一切的改造和綜合。
從理性的最深層麵，來審視我們這個充滿著困惑、挑戰和希望的巨變的時代，在這個偉大的千年轉折之際，尋找一幅共通的世界統一性圖景，並用純粹邏輯建立起一種新的適合於係統觀的分析方法，以便能為我們的時代，為這個時代的每個領域號脈、診斷和定位，這無疑已是我們這個時代基礎理論研究的曆史使命，也是本書的宏願，盡管還僅僅隻是一個開始。
其實，所謂複雜現象的問題，早已不隻是單純的書齋裏的理論問題，已然成為我們這個時代非常緊迫的現實課題。諸如生態問題、環保問題、克隆人問題、外星生命問題、人工智能問題、互聯網問題、全球經濟一體化問題、社會變革中的產業結構調整和曆史進程的階段性定位問題，等等。無一不是複雜現象，無一不是需由我輩慨然作答的現實問題。我們這個時代是一個被自許為知識爆炸的時代，交織著工業化和信息化，也糾纏著現代化和後現代化。然而，在這個知識劇增、時代巨變的繁華的背後，卻是心靈的雙重困惑。一方麵，知識領域學科林立，日新月異，讓生命有限的我們總覺顧此失彼，無所適從；另方麵，卻又常感生命意義的失落和行動中往往依然束手無策。究其根源，其實就在於我們對世界、對知識缺乏一種統一性的了解。我的內心深處總有一個倔強的聲音響起，我們的智力不能滿足於一種迷茫漂泊的人生，一堆零散雜亂的知識，和一個支離破碎的世界，因為，很簡單，世界隻有一個，永遠隻是同一個世界開放得萬象欣欣。我以為，我們這個時代是一個擁有了太多知識的時代，卻唯獨沒有思想，或者說是一個以知識取代智慧而成為思想的時代。當然，這也是一個急切呼喚思想、必將產生震撼人心的新思想的大時代。