第二個基本理論要求是，既要將研究主題放在特定的曆史境遇中，又要在多學科的視角中進行概括和解說，找出思想與曆史的內在關聯，從而不僅理解昨天，也為今天的進步和明天的發展提供接續點。
就《儒教史》的敘述脈絡來看，一元宗教的外在上帝模式貫穿全書始終。這一模式大致包括由上帝、祖宗、孔子構成的神靈係統，以六經為根本的經典係統，儒教的組織和祭儀以及行政教的儒者群體等幾個要件。在解說“儒”這一存在幾千年的曆史現象時，作者以這幾個要件做基準，形成平推式的闡述方式。在“上帝”之手的平堆下，不同曆史階段的社會問題，學者的精神個性、學術特征以及他們的人文關懷，均被整齊劃定在“上帝”的意誌之下。
最後，她指出，《儒教史》一是忽略哲學、曆史等學理角度，而隻運用一元宗教的框架闡釋複雜而又生動的儒家文化，很容易將兩千多年的中華民族的精神曆程，軋平為一部上帝鬼神的解說史以及在上帝意誌支配下的社會行為史，從而遮掩了中華民族的文化個性和特征。二是《儒教史》的作者將本來有著自然法傳統的儒家文化往回推到一元宗教的上帝那裏。這種走回頭路的方式，怎麼能夠使中國傳統文化得以繼承和發展呢？我們又怎樣理解：摸透儒教的存在事實，“才能有效地為建設具有中國特色的社會主義新文化增添一些新材料”？以及《儒教史》“為研究中國文化史、思想史、哲學史打開了一堵牆”，“為中國宗教史的研究、中國文化史的研究提供一條新思路”？（見任繼愈先生為《中國儒教史》所做序）
李申隨即在網上發了《豆腐渣、“嚴謹學理”說及其相關問題――對王健、陳明雙文的回應》，認為陳明君所說的“硬傷”之類，不過是理解、觀點上的分歧。針對王健說他“簡陋的邏輯推論”，他認為邏輯推論的正確與否、嚴密與否，而與“豪華”和“簡陋”無關。他還認為是王健和陳明君的文章都沒有抓住《中國儒教史》的要害。他所謂的要害就是指儒家相信鬼神，天或上帝是儒“家”的至上神，古代國家是政教一體等等，王健、陳明都放過了這些根本問題，隻論那些具體的問題。然後就諸如“悠悠蒼天”等具體問題進行了辯論，說明至少從唐初開始，製禮的儒者們就是依據《毛詩》對蒼天的解釋，認為國家所祭祀的至上神“昊天上帝”，就是那一團元氣。這樣的上帝觀，後來又被載入《開元禮》，並且成為宋代及其以後儒教上帝觀的定說。
他對陳明說《中國儒教史》是“厚誣”祖先，“糟蹋”傳統文化非常不服氣，認為“厚誣”和“糟蹋”之類是價值判斷，不是確定理論是非的概念。如同“左”、“右”也是個政治概念，不是判斷理論是非的概念。
對於王健和陳明都批評他不懂訓詁，他承認，但就“事天”這一訓詁問題和黃老、道家即道教進行了辯解。對於王健批評他自說自話，他辯解說“史書的寫法和論著似有不同。論著常常需要列舉有關的重要論點，進行評論，在評論中建立自己的主張。當然，也不盡然，自說自話的情況也並不少，問題在於說得是否正確。至於史書，則往往是自說自話者多。因為他隻能在各種史料中加以分別、取舍，最後把自己認為是可靠的史實講述出來。除非特殊必要，史學著作中與人分辨的情況是不多的。”
接著，陳明又發表了《對李申先生《回應》的回應》一文，對“事天”這一訓詁問題繼續進行辯論。認為天這個詞在上古常表示上帝的概念，但在後世，除在舉行祭祀這種特定場合或討論有關禮儀時還有上帝的意思，在人們一般的觀念中就已經改變了。如項羽戰敗，說：“天亡我，非戰之罪也”，也隻是認為命運不好，而不是認真說上帝和他過不去。《儒教史》羅列了許多資料，指出儒教中也有祭祀、上帝、鬼神，由這些表麵現象就斷定儒教是與基督教、佛教等宗教是一樣的性質。但是，由於沒有再深入一步進行分析和論證，就出現無可無不可的、糾纏不清的毛病，非但沒有把問題澄清，反而造成了更大的混亂。
為了說明《中國儒教史》一書的主要問題，李申從《中國儒教史》和剛剛完成的《儒教通論》中摘取了若幹段落，組織成四篇文章：《傳教士看儒教和清末儒者對儒教的自我意識》、《儒教的上帝觀念》、《北宋邵雍、蘇軾等人的鬼神論》、《二程儒學》、作為對陳明的回應，又從《中國儒教史》第七章中摘出《王安石新法與天意》作為對王健問題的回應。後來，他還專門寫了《從事天、蒼天說起――儒教爭論中的訓詁問題》的長文，專門搜集討論古代文獻古籍中的事天以及天的含義，歸結到一點，就是天是上帝，“事天”都是侍奉上帝。
陳明寫了《儒教無鬼論》，專論曆史上儒家學者對待鬼神的態度，以否定李申認為儒家都迷信鬼神的觀點。
後來，他們還就許多具體問題進行了反複的爭辯，使對這部書中的觀點得到了深入的討論。但結果是誰也沒有說服誰，而且確實發生了糾纏不清的現象。
與他們對《中國儒教史》一書同樣持批判立場的還有鞠曦、韓星、範寶華諸先生。
鞠曦先生連續寫了《中國儒教史》反思的係列，對這部書從宏觀層麵進行了深刻批評，在《<中國儒教史>反思：中國文化宗教論kk兼與李申先生商榷》一文中，他以“中國文化宗教論”定位李申先生的觀點，認為這是任繼愈先生的“儒教是教”說的惡性發展，並從曆史、方法與思想等多個層麵對《中國儒教史》一書的立論基礎與研究範式提出質疑，認為“儒教是教論”難以自圓其說，“儒教是教論”不能一以貫之儒學、儒學之教及中國文化，由此使我們更加明確儒學及儒學之教不是宗教。
《中國儒教史》思路清楚，主線分明，以宗教為方法論對史料進行解構，把中國文化歪曲為宗教化的曆史進路，從而為“中國文化宗教論”開創了曆史的和邏輯的思想理路。他還用《中國儒教史》中常用的計算機模型來說明“中國文化宗教論”的思想理路。這個計算機模型表明，李申的文辭架構是操作平台，在運行了“中國文化宗教論”的運算程序之後，計算出的結果都是一個；該程序功能強大，運行的硬件環境異常簡單，對中國文化的解構無所不能。這樣的程序設計應稱為“宗教化算法”。
在《<中國儒教史>反思：違反規則的遊戲kk由“教主困境”到“教主悖論”》一文中，鞠曦通過對“儒教是教說”發展為“中國文化宗教論”的思想進路進行反思，推定“儒學是教說”的“教主困境”和“中國文化宗教論”的“教主悖論”，表明了其是一個曲解經典，歪曲儒學，否定中國文化的理論形式。由於“儒教是教說”的宗教曆史觀產生於對中國文化否定的價值論承諾，因而沒有遵守思想規律與社會發展規律的統一性，從而違反了由曆史決定的思想史規律，所以，由於違反曆史和邏輯的統一性，“儒教是教說”的宗教曆史觀就必然與社會發展觀發生矛盾而產生“教主困境”。為步出“教主困境”的《中國儒教史》，也必然表現為由“邏輯推演”的內在矛盾而產生“教主悖論”。“教主悖論”的形式如下：
推定1：“社會發展”的“巨大進步”使孔子成為“儒教之主”；
推定2：“社會發展”的“巨大進步”使孔子成為“喪家之狗”；
如果《中國儒教史》上述“邏輯的推演”能夠成立，那麼，按照曆史和邏輯的統一性，再繼續進行“邏輯的推演”，其最終結論隻能是：
隨著中國“社會發展”的“巨大進步”，產生了宗教和教主，教主是條狗。
這就不僅僅是學風的敗壞，更是對理性的褻瀆。結論隻能是：錯在《中國儒教史》以“儒教是教說”的立論，錯在《中國儒教史》的“邏輯推演”，錯在《中國儒教史》的思想架構，錯在《中國儒教史》的價值承諾。所以，“中國文化宗教論”是錯誤的理論，中國曆史上根本沒有產生這樣的宗教和這樣的教主。
在《<中國儒教史>反思：必須終結的曆史kk由“科玄論戰”到“學教之辨”》一文中，鞠曦以“學教之辨”的思想理路對“儒教是教說”和“中國文化宗教論”進行了批判反思。認為《中國儒教史》不顧西方科學已麵臨的種種問題，其以科學主義的思想理路、以反宗教的科學主義鬥士的麵目，把中國文化統統打成了宗教，以達到全盤否定中國文化的目的。《中國儒教史》承諾了“全盤西化”的價值取向，但具有不同於曆史上其它“全盤西化”的思想理路，因為其它的思想理路或以“科學”、或以“民主”、或以“發展、進步”為思想武器，而《中國儒教史》卻是把“宗教”作為思想武器，以“宗教”為本體把中國文化歪解為宗教文化，從而可能實現把中國文化徹底推出曆史舞台的目的。應該通過“學教之辨”把孔子儒學與儒學區別開來，把儒學與儒教區別開來，以解決“科玄論戰”以來沒有解決的中西文化異同等問題，使“中國文化宗教論”壽終正寢。
在《<中國儒教史>反思：“性與天道”的曆史性誤判kk“訓詁注疏”和“廣泛參照”的狡辯》一文中，鞠曦對《中國儒教史》的“事天”之解進行了反思。在孔子的儒學思想中，天道、人道、地道是以“三才之道”作為理論形式的，而理解天道，不可能不論及人道，這就是所謂的“性與天道”問題。《中國儒教史》把孔子的“天道”推定為“上帝”，孔子以“教主”身份“侍奉上帝”，不但是錯上加錯，而且是曲意進行的宗教化推定。在宗教化的“訓詁注疏”中，《中國儒教史》以孔子對天“敬畏”而“事天”開始宗教化推定，直至“不言天”而聽命於天。孟子因此把“不言天”發展為“以人言天”，從而“侍奉上帝”。這樣，就把曆史和邏輯弄得一塌糊塗之後再進行的“廣泛參照”，其“廣泛參照”的最終目的即是對儒學作出宗教化的“訓詁注疏”，以達到把孔子儒學推定為宗教的目的。