國家的合作行動主要分為三類：頒布執行合作的立法；向法庭移交被告人；在收集證據方麵與法庭合作。在立法方麵，許多國家履行了《前南國際刑庭規約》要求修改國內立法的國際義務。在對第827號決議表決以後，許多安理會成員國，包括美國、英國和中國的大使指出，執行合作的立法是必要的。自從1993年5月25日安理會通過第827號決議後，許多國家通過了執行《前南國際刑庭規約》及《訴訟程序和證據規則》的立法。在參與南斯拉夫衝突的各當事方中，波斯尼亞—黑塞哥維那和克羅地亞頒布了所要求的法律，而南聯盟則在幾年內拒絕這樣做，但在2001年改變了立場。巴爾幹地區之外的其他國家也製定了協助國際法庭的法律。許多國家在立法方麵的積極態度表明國家願意同國際法庭合作，以懲罰國際犯罪。但在具體實施國際合作方麵，國家卻不願意積極配合，甚至采取抗拒手段，拒絕與國際法庭合作。
前南國際法庭在逮捕嫌疑犯方麵困難重重。北約的執行和平部隊不肯抓人，前南衝突各方除波黑穆族以外，都拒不執行法庭發出的逮捕令，法庭又沒有對這些國家進行製裁的權力，隻好求助於安理會。1996年4月至5月，前南國際刑庭庭長卡塞塞連續兩次向安理會致信具報拒不執行國際法庭逮捕令的情況；1996年7月庭長又向安理會報告了斯普斯卡共和國未執行法庭逮捕令的情況。麵對這三次報告的情況，安理會隻通過主席聲明表明要求有關國家與法庭合作的態度。安理會對前南衝突各方不合作的行為，不但未采取任何製裁行動，反而在1996年10月1日一致決定解除1992年決定對南斯拉夫聯盟的製裁。麵對安理會的態度，卡塞塞抱怨道，建立了國際法庭，“同時又阻止它履行使命等於給未來的暴君發了殺人許可證”。
麵對有關國家不合作和安理會對此不采取強硬措施的狀況，前南國際刑庭推動國際社會采取了兩種手段，以完成對犯罪嫌疑人的逮捕和移交工作。第一種是“溫和的”和“間接的”手段。這種手段包括通過聯合國機構的譴責施加政治壓力，使用經濟製裁措施和提供金錢獎賞的辦法。具體而言，主要包括三方麵：第一，凍結被告人的金融資產。檢察官解釋道，之所以發出凍結被告人金融資產的命令，是“因為南聯盟一貫不與法庭合作，並且被告有利用這些資產逃避逮捕的可能”。第二，法庭與國際社會合作，將前南衝突各方遵從法庭的命令作為得到經濟援助項目的條件。如果不與法庭合作，將不會得到國際社會的經濟援助。第三，為協助逮捕戰爭罪犯的個人提供金錢獎賞。這種辦法是有爭議的。法庭並不為逮捕被告人提供獎賞，但美國建立了一個戰爭犯罪獎賞項目，承諾為逮捕被告人提供信息的人獎賞現金。第二種是“強硬的”和“直接的”手段。在法庭和其他方麵的努力下，北約穩定和平部隊在逮捕戰犯的問題上改變了態度。北約部隊於1997年7月10日發動了第一次逮捕行動。1997年歲末，荷蘭駐波黑的穩定和平部隊和1998年年初美國部隊又采取了逮捕行動。法庭和北約部隊逮捕被起訴的嫌疑犯的行動給那些尚未歸案的嫌疑犯敲響了警鍾。1997年10月6日，10名被起訴的波斯尼亞克族嫌疑人自動向國際法庭投案。美國和世界銀行對其政府施加的巨大的經濟壓力對其投案也起了作用。
由於為克服某些國家不願意合作的障礙而采取了一些行動，前南國際刑庭不得不應對使用引誘或綁架手段違法移交的指責。……有關綁架的指控讓前南國際刑庭感到非常不安。其中的原因不言自明：作為一個執行國際準則的機構，對侵犯人權的指責是很敏感的。
前南國際刑庭的經驗告訴我們：一方麵，國家與國際法庭的合作至關重要。如果國家不履行其合作義務，尤其是在國際法庭沒有拘留個人的強製性權力的情況下不履行合作義務，那麼國際法庭的效率將會降為零。另一方麵，國際法庭要順利獲得國家的合作極為困難。作為安理會附屬機構的前南國際刑庭尚且如此，更何況是沒有安理會做後盾的國際刑事法院！國際刑事法院的合作體製將會比以往的各種國際刑事法庭更加脆弱。