該問題在理論上正處於爭論中，本章第二節已有提及。赦免不但影響補充性原則，還影響司法合作等問題。對於惡意赦免，可以通過擴大解釋第17條和第20條，視為“不願意”切實行使管轄權，由國際刑事法院行使管轄權。而善意赦免能否阻卻國際刑事法院行使管轄權，並無明確答案。再者，惡意赦免和善意赦免不易區分，因為赦免都是以合法名義作出的。在烏幹達案件中，穆塞維尼於2006年7月4日表示，如果約瑟夫·科尼積極響應和平談判，並願意結束烏北部的叛亂，烏幹達政府將大赦他，保證不將他移交國際刑事法院。從表麵看，穆塞維尼的決定是出於維護和平利益，是合法的，不屬於惡意赦免。對穆塞維尼的做法，國際刑事法院表示不會撤銷對科尼的控告。國際刑事法院的做法實際上填補了《羅馬規約》的空白，為該法院以後應對此類問題創造了先例。但大赦對該法院造成的實際障礙仍然難以逾越。如果大赦真正得以執行，烏幹達政府就不可能將科尼移交國際刑事法院，而該法院又無權做缺席審判，懲治罪犯的願望將成為泡影。即使能做缺席審判，如果國家不配合，無法控製被告人，刑罰無法執行，案件因此沒有意義。
5.國家與國際刑事法院的司法合作義務
根據《羅馬規約》第九編及其他相關規定，在國際刑事法院決定對有關案件開始調查並通知所有締約國及對案件具有管轄權的國家後，締約國和其他有義務與國際刑事法院合作的國家，在調查取證、查封扣押、傳喚、逮捕、拘留和移交被告人方麵應當與法院充分合作。但是，目前國際刑事法院關押的犯罪嫌疑人隻有剛果（金）東北部伊圖裏地區的軍閥盧邦哥，他是被國家逮捕後移交給法院的。法院早已向聖靈抵抗軍首領發出了逮捕令，但有關國家至今未采取任何行動。在法院無警察權力的情況下，如果國家不提供司法協助，法院的審判活動將陷入癱瘓。甚至在安理會提交的達爾富爾案件中，對犯罪嫌疑人的逮捕令迄今仍未執行，更何況是無安理會參與的案件，其合作難度可想而知！
6.國際刑事法院管轄權內的犯罪和可適用的刑罰
根據《羅馬規約》第5條的規定，在侵略罪的定義得以界定之前，國際刑事法院可以行使管轄權的犯罪為滅絕種族罪、危害人類罪和戰爭罪。在烏幹達案件中，不存在滅絕種族的行為，涉嫌的犯罪為危害人類罪和戰爭罪。
在危害人類罪中，被指控的行為涉及下列具體罪目：（1）謀殺（第7條第1款第1項）；（2）奴役（第7條第1款第3項）；（3）強奸、性奴役等性暴力犯罪（第7條第1款第7項）；（4）故意造成重大痛苦，或對人體或身心健康造成嚴重傷害的其他性質相同的不人道行為（第7條第1款第11項）。就戰爭罪而言，烏幹達境內的衝突屬於非國際性武裝衝突，該衝突違反了適用於非國際性武裝衝突的法規和慣例。因此，在烏幹達案件中，被指控的戰爭罪包括下列具體罪目：（1）對生命和人身施以暴力，特別是各種謀殺、殘傷肢體、虐待及酷刑（第8條第2款第3項第1目）；（2）故意指令攻擊平民人口本身或未直接參加敵對行動的個別平民（第8條第2款第5項第1目）；（3）搶劫即使是突擊攻下的城鎮或地方（第8條第2款第5項第5目）；（4）強奸、性奴役等性暴力犯罪（第8條第2款第5項第6目）；（5）征募不滿15歲的兒童加入武裝部隊或集團，或利用他們積極參加敵對行動（第8條第2款第5項第7目）。國際刑事法院可以根據《羅馬規約》第25條第3款第3項對實施上述犯罪的人定罪處刑。
經過審判，如果罪名成立，犯罪人將有可能被判處無期徒刑、或最高刑不超過30年的有期徒刑，同時可以並處罰金和沒收財產。
二、聯合國安理會向國際刑事法院提交的達爾富爾情勢及法律分析
（一）達爾富爾情勢的背景
蘇丹是非洲麵積最大的國家，國土麵積約為250萬平方公裏，北鄰埃及，東接紅海、厄立特裏亞和埃塞俄比亞，南毗烏幹達、肯尼亞和剛果民主共和國，西壤中非共和國、乍得和阿拉伯利比亞民眾國。蘇丹人口估計為3900萬，其中32%居住在城市，68%居住在農村，遊牧人口約占7%。伊斯蘭教為主要宗教，北部地區尤其如此，而基督教和傳統拜物教在南部較為盛行。蘇丹是一個擁有聯邦製政府的共和國，實行多級行政管理，全國分為26個省（wilayaat），大約120個縣（mahaliyaat）
蘇丹是一個曆史悠久的國家。公元前8世紀中葉起，北部努比亞人建立奴隸製國家。公元7世紀阿拉伯人遷入。16世紀初建獨立的伊斯蘭王國。19世紀70年代英國勢力從埃及向境內擴張，1899年起，英國利用英埃共管名義使蘇丹淪為其殖民地。1951年廢除共管，1956年1月1日宣告獨立，成立蘇丹共和國。
蘇丹獨立後，國家在軍事專政和民主統治之間搖擺不定。在1949年國民統治中，蘇丹經曆了1956—1958年、1965—1969年和1985—1989年的10年民主時期。除此之外，蘇丹實行軍人專製統治。
1958年11月，易卜拉欣·阿布德將軍通過政變奪去了政權。阿布德支持推廣阿拉伯語和傳播伊斯蘭教，這一主張引起了南部的抵抗。1962年，南部動蕩加劇。1963年出現了武裝反叛。政府在全國加大鎮壓行動。1969年5月，加法爾·穆罕默德·尼邁裏上校率領的一批軍官奪去了政權。他們推行一黨製社會主義思想，後來演變為政治伊斯蘭教。在最後幾年統治時期，尼邁裏采取了幾項使其緊握大權的措施。南部發現石油以後，尼邁裏實行措施，確保將南部產油區歸入北部，並取消了南部自治。1983年9月，在全國伊斯蘭陣線領導人哈桑·圖拉比和穆斯林兄弟會的影響下，尼邁裏開始推行伊斯蘭教法統治。所有這些步驟都遭到了南部的強烈反應，並最終導致1983年爆發與南部的第二次戰爭。
南北衝突自1983年爆發以來，在許多方麵使蘇丹遭受重創。這是非洲持續時間最長的衝突，引發了嚴重的侵犯人權行為和人道主義災難。200多萬人在衝突中喪生，450萬人被迫逃離家園。
達爾富爾位於蘇丹西部，麵積約25萬平方公裏。1994年以來，達爾富爾在行政上劃分為北達爾富爾州、南達爾富爾州和西達爾富爾州。達爾富爾地區的居民主要由阿拉伯人和非洲黑人構成，約600萬，其中約60%是農民，其餘大多是牧民。在黑人居民中，富爾人是達爾富爾地區最古老、最主要的原住居民，其餘主要的部落還有紮加瓦人和馬薩利特人。雖然該地區的居民屬於不同的種族和不同的部落，但他們幾乎都信仰伊斯蘭教。
自20世紀80年代以來，蘇丹境內的生態不斷惡化，達爾富爾地區的情況尤為嚴重。自然災害對阿拉伯人和黑人部落之間的關係產生了嚴重影響，爭奪資源的鬥爭使得他們之間原有的緊張關係更加惡化，最後演變為仇殺。在與阿拉伯人的衝突中，達爾富爾的兩個黑人反叛組織“蘇丹解放運動”（Sudan Liberation Movement，簡稱SLM）和“正義與平等運動”（Justice and Equality Movement，簡稱JEM）誕生。
2003年2月，蘇丹解放運動和正義與平等運動武力攻陷了北達爾富爾省首府法希爾，標誌著戰爭正式爆發。其後，為了挽回軍事進攻上的頹勢，政府借助金戈威德（Janjaweed）民兵組織與叛軍作戰。衝突各方不加分別地攻擊平民，實施強奸，強迫其流離失所，以及實施各種暴力行為。武裝衝突造成大量人員傷亡，許多村莊全部被摧毀和焚燒，近200萬平民流離失所。
達爾富爾地區的危機引起了國際社會的普遍關注。2004年7月和2005年5月，聯合國秘書長安南兩次前往達爾富爾地區，以推動和平進程。安理會自2004年6月至2005年3月31日先後通過了關於蘇丹問題的9項決議，以求盡快結束達爾富爾地區的衝突，但未取得實質性進展。
聯合國安理會根據《聯合國憲章》第七章於2005年3月31日通過了第1593號決議，其序言第5段規定：“認定蘇丹局勢繼續對國際和平與安全構成威脅”。正文第1段規定：“決定將2002年7月1日以來達爾富爾地區局勢問題移交國際刑事法院檢察官”。第1593號決議的事實依據來自於一個國際調查委員會的報告。2005年1月，由聯合國秘書長安南任命的一個國際調查委員會向安南提交了一份報告，指控51名蘇丹人在達爾富爾地區犯下戰爭罪和危害人類罪，其中既有政府軍官員，也有親政府遊擊隊和反政府武裝組織的成員。該委員會在該報告中強烈建議安理會立即根據國際刑事法院規約第13條第2款，將達爾富爾局勢提交給國際刑事法院審理。安理會在接到報告後，經過權衡各方利益，以11票讚成、4票（中國、美國、巴西和阿爾及利亞）棄權的表決結果通過了第1593號決議。
2005年4月3日，蘇丹政府正式宣布，“完全拒絕”安理會第1593號決議。蘇丹政府當日發表聲明說，安理會第1593號決議直接針對蘇丹及其領導機構，缺乏客觀公正的基礎，侵犯了蘇丹的國家主權，忽略了蘇丹政府對和平穩定的看法以及為和平穩定所做的努力。蘇丹政府同時強調，政府必須在地區和國際範圍內，利用一切外交和法律手段使安理會第1593號決議破產。蘇丹政府還宣布，蘇丹司法部門將繼續本著嚴厲、公正的原則，懲治被指控在達爾富爾地區犯罪的人員。
2005年4月5日，聯合國秘書長安南在紐約聯合國總部向國際刑事法院檢察官移交了在達爾富爾犯下戰爭罪和危害人類罪的嫌疑人名單。
（二）達爾富爾案件的進展
2005年4月21日，院長會議作出決定，將蘇丹達爾富爾情勢分配給第一預審分庭。國際刑事法院檢察官路易斯·莫雷諾·奧坎波（Luis Moreno-Ocampo）收到國際調查委員會的調查資料後，檢察官辦公室通過多種渠道來獲得信息，搜集了數以千計的文獻資料，並會見了50餘名獨立專家。對資料進行全麵分析後，檢察官於2005年6月1日通知第二預審分庭，將根據《羅馬規約》與《程序和證據規則》第104條開始調查蘇丹達爾富爾情勢。檢察官認為，根據已經掌握的信息，可以受理安理會提交的有關達爾富爾情勢的案件，並於5日後宣布調查開始，同時聲明調查將是公正和獨立的，將集中對在達爾富爾地區的嚴重罪行負有責任的個人進行調查。2006年6月14日和12月14日，檢察官根據第1593號決議的要求，向安理會彙報了達爾富爾案件的進展情況和未來的調查計劃。2006年8月25日，書記官長任命來自利比亞的律師哈迪·沙魯夫（Hadi Shalluf）為該案特別辯護人，要求其代表並保護被告方的利益。2007年2月2日，為了保證當前程序的有效運行與調查的公正，國際刑事法院預審分庭任命阿庫娃·庫恩耶希亞（Akua Kuenyehia）為達爾富爾情勢的獨任法官，任期為2007年2月5日至2月19日。同年3月7日，經選舉，預審分庭宣布阿庫娃·庫恩耶希亞為該庭首席法官，負責達爾富爾案件的預審工作。經過近兩年的調查，莫雷諾·奧坎波於2007年2月27日依據《羅馬規約》第58條第7款向第一預審分庭提出申請，請求該庭為艾哈邁德·哈倫（Ahmad Harun）和阿裏·庫沙布（Ali Kushayb）簽發出庭傳票或逮捕證。其中，艾哈邁德·哈倫是蘇丹前內政部長，阿裏·庫沙布是受到政府支持的金戈威德民兵前指揮官。奧坎波指出：“基於檢察官辦公室收集的證據，我們認為艾哈邁德·哈倫和阿裏·庫沙布是對發生在達爾富爾的罪行的主要責任人之一，他們共同或與其他人一起行動，襲擊了四個村莊和城鎮的百姓。他們犯下的危害人類罪行和戰爭罪行包括強奸、謀殺、迫害、酷刑、摧毀財產、搶劫等等。”2007年5月2日，國際刑事法院第一預審分庭正式向艾哈邁德·哈倫和阿裏·庫沙布發出逮捕令。奧坎波在接受聯合國電台采訪時表示：“如果這兩個人在蘇丹以外旅行，他們就會被逮捕。即使他們在蘇丹境內，蘇丹政府也應該逮捕他們，因為蘇丹政府有法律責任，有可能做到。”同日，蘇丹司法部長穆爾迪宣布，蘇丹政府拒絕國際刑事法院針對“涉嫌在達爾富爾地區犯有戰爭罪”的兩名蘇丹公民的逮捕令。穆爾迪說，蘇丹拒絕國際刑事法院逮捕令的決定符合國際法。蘇丹不是關於設立國際刑事法院的《羅馬規約》的締約國，所以該法院不享有審訊任何蘇丹公民的權力。他還說，國際刑事法院的逮捕令具有“政治印記”，旨在向蘇丹政府施加壓力。2007年6月7日，奧坎波向安理會彙報了國際刑事法院在調查兩名被起訴的達爾富爾肇事者方麵取得的進展，並呼籲蘇丹政府立即將這兩人逮捕歸案。安理會當月輪值主席，比利時常駐聯合國代表韋貝克（Johan Verbeke）指出：“我們確認蘇丹政府有和國際刑事法院合作的法律義務，把兩名被起訴者遞解到海牙。蘇丹的法律義務在安理會1494號決議第二個段落表達得很清楚。即使蘇丹不是《羅馬規約》的締約國，但它是聯合國會員國，安理會決議是有法律約束力的。”