後院較為寬敞，在正中的平台上，坐落著大雄雷音寶殿，與天王殿遙相呼應。這是全寺的主殿。門額懸一塊書有“萬德巍巍”的橫匾。筆跡柔中有剛，瀟灑自如，為明崇禎四年（1631年）進士董承業謹獻。殿閣3間，內設佛祖釋迦牟尼的三身塑像。殿內兩端配有彌勒佛殿和藥師殿各3間，平台下麵的東西兩廂廊分別配有彌陀佛殿、三大士殿和地藏王殿、二郎殿，殿闊各為3間。其次，在兩院間隔的左右上方，建有鍾、鼓二樓。如從前院步入後院，會明顯地看到，古人在設置這組建築時，處處都講究方位和構造的對稱，就連院內四座小巧玲瓏的碑亭，也是對稱分布的。可見，該寺建築的組合，主要吸取了我國傳統對稱美學的特點。
後院各殿宇的彩塑、繪雕、構製，各有其妙，且較為完善。如果從藝術的角度來比較它們，以主殿、藥師殿、三大士殿的珍藏最具魅力。
三大士殿的彩塑殿裏三大士觀音像及周圍大小不等的十八位羅漢，尊尊體型優美，神情逼真，色彩清淡樸實，衣紋自然得體，可稱之為全寺現存90餘尊彩塑之最。他們有的合十沉思，有的怒目叱吒，有的談笑風生……真是惟妙惟肖，栩栩如生，突破了古代彩塑中千篇一律趨於雷同的模式，不愧為我國現存明代彩塑中的珍品。
主殿和藥師殿的壁畫它們雖曆經滄桑，仍保存完好。畫麵構圖豪放，著色渾厚，工筆重彩，技法不俗，寺內所存的九幅壁畫獨具匠心，其畫麵分別記述了有關佛祖釋迦牟尼的傳說故事，圖中有青山綠水、人物花鳥等，精妙之處還在於畫麵的勾埴處皆以立浮貼金裝飾，富有很強的直感，且人物刻畫生動細膩，衣紋線條清晰自然。咀嚼品味一番後，無不為古人精湛的技藝而歎服。
藥師殿的藻井其構製設計精巧，獨樹一幟。且不說數十塊方格中繪製的草藥花卉之絕美，單就中部飾有貼金浮雕盤龍的兩塊長方形頂板，就夠你領略一番的了。它們分別用無數小巧勻稱的彩繪鬥拱，依照八卦圖樣，層層向內上托，進深1米左右，形成盤龍八卦外卦的立體氛圍。這種巧奪天工的奇製結構，在我國北方的寺廟古刹群裏，也是不多見的。
以大雄寶殿為主的建築工藝考究，造型古樸優美。此外，西北角還築有藏經樓、真武閣、方丈院、千手觀音殿、禪堂院；東南角建有關帝廟和戲台。它們同主體建築朝夕共存，相映成趣。資壽寺以其雄偉的建築和高超的藝術載入了《中國名勝辭典》，被列為省級重點文物保護單位。2001年6月15日，資壽寺作為明代古建築，被國務院公布為第五批全國重點文物保護單位。