但亞曆山大的突然去世，讓長久以來處於被壓迫地位的雅典人立即掀起了反馬其頓的運動狂潮。此時的亞裏士多德也成了政治打擊的對象，並被控以“褻瀆神靈”的罪名。因有了蘇格拉底因不敬神罪而被判處死刑的教訓，他把學園交給泰奧弗拉斯多，自己逃出了雅典，來到卡爾基避難。第二年，這位偉大的思想家不幸身染重病，從此與世長辭，終年63歲。
亞裏士多德著作
亞裏士多德一生勤奮治學，從事的學術研究涉及邏輯學、修辭學、物理學、生物學、教育學、心理學、政治學、經濟學、美學、博物學等，對世界的貢獻之大，令人震驚。他的著作是古代的百科全書，據說有四百到一千部，其中最主要的有《工具論》、《形而上學》、《物理學》、《倫理學》、《氣象學》、《政治學》和《詩學》等。
《工具論》
《工具論》是亞裏士多德的著作之一，它包括《範疇篇》、《解釋篇》、《分析前篇》、《分析後篇》、《論辯篇》和《辨謬篇》，由亞裏士多德的學生安德羅尼柯編集於一冊，並取名為《工具論》。全書主要論述了演繹法，為形式邏輯論奠定了基礎，對這門科學的發展具有深遠的影響，並提出許多數學和物理學的概念，如極限、無窮數、力的合成等。
《形而上學》
《形而上學》是亞裏士多德重要的哲學著作。全書共14卷，也是由安德羅尼柯編彙而成。它是西方思想傳統中最重要的經典文本，或者說是奠定西方思想傳統的重要著作，它展示了人類理性對於事物最普遍的麵相和終極原因的探索。
《政治學》
《政治學》是亞裏士多德最為重要的一部政治學論著，它被公認為西方傳統政治學的開山之作。該書成書於公元前326年，共8卷108章，按其內容可以分為四個部分：第一部分，探討城邦、政體等基本理論；第二部分，批駁取消私有財產和家庭的主張，評析當時的各種政治；第三部分，論述現實中的平民、寡頭、共和等政體的具體形態、變革原因及其防範措施，提出以中產階級為主體的共和政體是最穩固的政體；第四部分，論述理想城邦中的道德、人口、疆域、民族性和教育等問題。在書中，亞裏士多德在對一百多個城邦政製進行分析比較的基礎上，從人是天然的政治動物這一前提出發，係統論述了什麼樣的國家對公民來說是最好的國家，它所建立的體係和一係列政治觀點，對西方政治思想的發展產生了深遠影響。
《詩學》
亞裏士多德的《詩學》是西方第一部從理論內容到理論形態都比較完整的美學、文論專著，深刻體現了他本人的方法論。而書中的一般藝術原理則揭示了“美的藝術”的本質特征，這既是古希臘發展對理論醞釀提出的要求，也為亞裏士多德回答柏拉圖對詩的攻擊提供了一個立足點。
《物理學》
《物理學》也是亞裏士多德的重要著作之一，書中討論了自然哲學、存在的原理、物質與形式、運動、時間和空間等方麵的問題。