陸九淵的“心學”創立後，一度成為與朱熹並立的有影響的理學學派。然而兩派之間因學術觀點不同，而發生爭辯。朱熹認為“無極而太極”，“理”在“氣”之先；而陸九淵則認為“心即理”。朱熹認為封建倫理綱常是“天理”；陸九淵則認為這是人人固有的“本心”。朱熹主張“存天理，滅人欲”；陸九淵則宣揚“明本心”。為此，理學金華學派創始人呂祖謙於宋淳熙二年（1175）邀集朱熹與陸九淵等赴信州（治今江西上饒）鵝湖寺，進行學術辯論，以調和兩派激烈的爭執。辯論的中心仍是“無極而太極”與“心即理”，以及教人與治學之法等問題。雙方各持己見，且發展到相互攻擊。朱熹譏諷陸九淵的“禪學”，陸九淵則譏諷朱熹為“支離”，又賦詩相互責難。兩人皆自詡己學為正統，終未得調和。後又於淳熙十四（1187）至十六年（1189）間再度進行學術辯論，亦未有結果。兩次學術辯論，實質隻是理學中，以朱熹為代表的客觀唯心主義與陸九淵的主觀唯心主義兩派間的爭執，絲毫未妨礙理學的發展。
宋寧宗趙擴在位時（1195～1224），權相韓胄為獨攬朝柄，盡斥異己，亦反理學，理學人物悉遭排斥、打擊，朱熹亦未能幸免，甚至一度定理學為偽學。然而這並未能阻止理學的傳播。後隨黨禁鬆弛，理學得以再度發展。韓胄被誅後，史彌遠專權，又極力尊崇朱熹，於嘉定二年（1209），加朱熹諡號為“文”，稱“朱文公”。次年，又追贈朱熹中大夫、寶謨閣學士。嘉定五年（1212），將朱熹的《論語集注》、《孟子集注》列入官學讀本。嘉定十三年（1220），又追諡周敦頤曰“元”，程顥曰“純”，程頤曰“正”。嘉定十六年（1223），又追諡張載曰“獻”。至理宗趙昀時（1225～1264），更極力褒頌程朱。寶慶三年（1227），趙昀下詔追贈朱熹為太師，封信國公。嘉熙元年（1237），又下詔，令國子監刊印朱熹的《通覽綱目》，以為學校讀本。淳元年（1241），趙昀親臨太學，下詔將周敦頤、張載、程顥、程頤、朱熹配享（附祭）孔子，且親書朱熹《白鹿洞學規》，頒賜太學。至此，程朱理學遂取得官學的地位。理學的其他學派或附會於程朱學說，或一改原有觀點，其影響日趨削弱。程朱理學遂被奉為理學正統，統治思想領域長達七百年之久。
注釋
①《皇極經世·附編·觀物外篇上》。
②《皇極經世·附編·觀物外篇下》。
③《伊川擊壤集》卷一九《自餘吟》。
④⑤《張子全書》卷二《正蒙·太和》。
⑥《張子全書》卷二《正蒙·大心》。
⑦《張子全書》卷二《正蒙·誠明》。
⑧《朱子語類》卷四。
⑨《伊川文集》卷五《答張閎中》。
⑩《二程遺書》第五。
《二程粹言》卷下《天地篇》。
《二程遺書》第一八。
《二程遺書》第一。
《二程遺書》第二五。
《二程遺書》第一五。
《王文公文集》卷二〇《進字說表》。
《王文公文集》卷二九《禮樂論》。
《朱子語類》卷一。
《朱子大全》卷四九《答王子合》。
《朱子語類》卷九四。
《朱子語類》卷一。
《朱子大全》卷五八。
《朱子大全》卷五六。
《朱子大全》卷七四。
《朱子大全》卷一三。
《大學章句》。
《朱子語類》卷一八。
《朱子語類》卷一三。
《象山全集》卷一一《與李宰二》。
《象山全集》卷一《與曹宅之》。
《象山全集》卷二二《雜說》。