第二，薦福寺中除了《曆代名畫記》中提到的淨土院、菩提院、律院外，尚有供養佛牙的佛牙樓和翻譯經書的翻譯院。
第三，依圓仁所載，薦福寺所供奉的佛牙，不是法界從於闐國所得就是從吐蕃所得。據寺內所藏《大薦福寺重修塔記》碑所載，至北宋政和六年（1116）修薦福寺小雁塔時，仍將“靈牙舍利，悉貯其中”，隻是不知此“靈牙”是否就是圓仁所見薦福寺供奉的佛牙；北宋以後小雁塔所貯的“靈牙舍利”也不見記載。
唐時薦福寺對佛教各宗派可謂兼容並弘，其中又以律宗最具特色。義淨所譯的20卷《比丘毗奈耶》和40卷《毗奈耶雜事》是義淨回國後所譯全部經典中的代表作品之一，經名中的“毗奈耶”，也有譯作“毗尼”，都是梵文Vinaya的音譯，意思就是“律”、“律法”。
唐代薦福寺所容佛教各宗及代表人物可由以下簡表知其大概：
四、薦福寺的“雁塔題名”
唐代，新及第進士“杏園（曲江池西）宴後，皆於慈恩（寺）塔下題名，同年中推一善書者，已時若有將相，則朱書之。及第後，知聞或遇未及第時題名處，則為添前字。故昔人有詩雲：‘曾題名處添前字，送出城人乞舊衣’。”
白居易有“慈恩塔下題名處，十七人中最少年”之句傳世。
關於題名肇始，曆來說法不一。據宋錢易《南部新書》說是“韋肇初及第，偶於慈恩塔下題名，後進慕效之，遂成故事”；而唐韋絢《劉賓客嘉話錄》卻說是“慈恩題名，起自張莒，本於寺中閑遊，而題其同年，人以為故事”。不論此舉始於何人，自唐中宗神龍（705—707）之後成為慣例則是事實。
盡管唐代進士“慈恩塔下題名”之碑今皆無存，但其故事卻流傳後世，被稱為“雁塔題名”。
到了明清兩代，在陝西省城西安府參加文科、武科鄉試考中的舉人，仿效唐人故事，文舉人在慈恩寺雁塔下刻石留名，武舉人到薦福寺雁塔下題名，形成了明清時期的“雁塔題名”之風。
值得說明的是，唐代“慈恩塔下題名”的是新及第的進士，明清兩代“雁塔題名”的是文舉人和武舉人，“舉人”和“進士”在各代所指並不相同，漢代取士尚無考試方法，皆令郡國守相薦舉，故謂之舉人；唐宋有進士科，凡應科目經有司貢舉者，通謂之舉人。至明清始專稱鄉試登第者為舉人，經會試、殿試而登第者稱為進士。唐製，應舉者稱之“舉進士”，試畢，放榜合格者曰“成進士”，凡試於禮部，皆謂之進士。
武科是科舉製度中專為選拔武官而設的科目，始於唐代，稱為武舉，以後曆朝皆因之，但不定期舉行。至明代中期始定武鄉試、武會試之舉，清代沿襲。考試科目定為馬箭、步箭、弓、刀、石，均為外場，又以默寫武經為內場。其院試、鄉試、會試、殿試及童生、生員、舉人、進士、狀元等名目均與文科同，但加武字以別之。初試亦歸學政主持，鄉試以本省巡撫，會試以大學士、都統、兵部尚書、侍郎等為考官，光緒二十七年（1901）廢止。
明清兩代每三年一次在各省省城（包括京城）舉行鄉試。凡本省生員與監生、蔭生、官生、貢生，經科考、錄科、錄遺考試合格者，均可應考；逢子、午、卯、酉年為正科，遇慶典加科為恩科；考期在八月，分三場，考中的稱為舉人。各省的舉人可應考每三年二次在京城舉行的會試，會試錄取的貢生再經皇帝在殿廷上親發策問的殿試。明清定製：殿試後將一甲三名賜進士及第，第一名通稱狀元，第二、三名通稱榜眼、探花；二甲均賜進士出身，第一名稱傳臚；三甲均賜同進士出身。
薦福寺內現存明清兩代在陝西省城西安府參加武科鄉試考中武舉的題名碑十五方，其中明代兩方。題名碑中年代較早的有明萬曆四十六年（1618）《陝西武舉雁塔題名》碑，較晚的有清光緒二年（1876）《武舉人名碑》。因清康熙二年（1663）分陝西省為二，東部仍稱陝西，陝西西部為鞏昌省，康熙五年（1666）改稱甘肅省，陝西巡撫駐西安府，陝甘總督兼甘肅巡撫駐蘭州府，故清代的薦福寺武舉題名碑中，有《陝甘武闈鄉試題名碑》（乾隆二十一年）、《庚子陝甘武闈雁塔題名碑記》（乾隆四十五年）和《辛酉科陝甘鄉試題名碑記》三方碑石，不言“陝西”而題“陝甘”。
薦福寺的武舉題名碑記載了四五百名武舉人的姓名和籍貫，它為研究陝西明清時期的武舉製度，提供了實物資料。
五、“關中八景”中的“雁塔晨鍾”
關中八景又稱長安八景，是以古都西安為中心，東到華山，西到太白山的八處古跡名勝，即華嶽仙掌（華山）、驪山晚照（臨潼驪山）、灞柳風雪（灞河）、曲江流飲（曲江池）、雁塔晨鍾（小雁塔）、鹹陽古渡（鹹陽渭河）、草堂煙霧（戶縣草堂寺）、太白積雪（太白山）；這八處勝景之題名與排列大約形成於明時，固定於清代。康熙十九年（1680），朱集義繪關中八景之圖並附小序及口占成韻之詩，勒石留碑，此《關中八景》碑現陳列於西安碑林。
《關中八景》碑中“雁塔晨鍾”一景的小序及詩如下：
雁塔晨鍾，城南薦福寺有浮圖聳立於霄漢間者，俗呼為小雁塔是也。爰有台鍾，寺僧曉扣則清音遠震。
噌初破曉來霜，落月遲遲滿大荒。
枕上一聲殘夢醒，千秋勝跡總蒼茫。
西安碑林庫房另有一組四條碑石，陰陽八麵各刻關中八景之圖和附詩，現錄“雁塔晨鍾”之題詩如下：
雲深古刹記何年，高聳層雲接洞天。
聽到更殘月落裏，一聲綠渺一聲園。
曉風何處送鍾聲，塔勢淩霄逼太真。
應是影名消壯誌，鍾聲故作不平鳴。
此詩下之雁塔晨鍾石刻與康熙五十五年（1716）時清人楊晉所作之《雁塔晨鍾》畫頗為近似。
如上所述，“雁塔晨鍾”之景定名於清代，指的是清代薦福寺中的晨鍾報曉，因其“寺僧曉扣則清音遠震，聲聞數十裏，輔以塔影秀麗，遂為“關中八景”之一。據傳，叩擊此鍾，能祈福、消災、傳播思念之情，故又被人稱為“神鍾”。
“雁塔晨鍾”雖然是清代的勝景，但小雁塔是唐代建築，報曉的晨鍾也不是清代薦福寺所鑄。
據清雍正十二年（1734）趙酉撰《薦福寺來源》碑載：
（薦福閣）前左右建鍾鼓樓，關中八景雁塔晨鍾此其一也。其鍾原出自武功河畔。砧婦作石搗衣。忽一日，聲自石出，響聞數裏。婦驚走。土人報官。發之，乃巨鍾也。遂為寺鍾。
另據《關中金石記》卷七之《崇教禪院鍾款》載：
（金章宗）明昌壬子（1192）二月造，正書，在鹹寧薦福寺。崇教禪院，本在武功，於金為武亭縣。是鍾於康熙（1662—1722）中出自河畔。時巡撫某公方修薦福寺，因載歸焉。鍾後有尚書禮部牒文。
考康熙年間薦福寺諸記載，惟有康熙九年二月至二十三年八月（1671—1684）修寺時欽差巡撫陝西等處地方讚理軍務、都察院右都禦史加五級杭愛相助的記載，因此，上碑中“載鍾而歸”的“巡撫某公”極有可能就是杭愛。
這口金代大鐵鍾現仍存於薦福寺鍾樓內，鍾通高3.35米，口部直徑2.45米，鍾鈕為雙獬豸造型（鍾鈕殘損），重8000公斤，鍾上有銘文約千字，多已朽蝕。
民國時期，這口1192年鑄造的金代鐵鍾被“某軍駐寺毀裂”。據今薦福寺兆夏家莊村老人說，1926年劉鎮華鎮嵩軍圍攻西安時，以集束手榴彈炸裂了此鍾。此鍾後來以鐵箍纏繞，置於地上。
1993年底，西安市小雁塔文管所主持焊修了“雁塔晨鍾”的遺留裂痕。1998年，文管所又重鑄了一口“雁塔晨鍾”的仿製新鍾，並將新鍾掛於一露天鋼架下供中外遊客敲擊。新鍾重約9噸，形製與原鍾完全相同，隻是鍾上銘文改為由當代西安書法名家書寫的曆代詩人詠頌薦福寺小雁塔的詩句以代之。作為金代文物，“雁塔晨鍾”原鍾仍陳列於薦福寺鍾樓內。
六、民國時期的寺塔凋敝
1911年10月10日，辛亥革命武昌首義，陝西隨即響應，至10月26日義軍占領西安，清朝在陝西的統治結束。民國元年（1912）1月1日，孫中山在南京成立中華民國臨時中央政府；2月12日，清宣統帝退位；4月5日，臨時政府遷往北京；民國四年（1915）12月12日，袁世凱竊國稱帝，次年6月死去。此後進入軍閥紛爭和割據時期，也就是北洋軍閥政府時期，直至民國十六年（1927），南京國民政府建立，這一時期又稱為北京政府時期。
北京政府時期，薦福寺與小雁塔因為西安地區的兩次戰亂，走向衰落，又一次重複了唐末五代時的曆史。
1916年6月10日，段祺瑞命陳樹藩督理陝西軍務。陳樹藩投靠北洋政府，殘害進步人士，又極盡搜刮民眾之能事，郭堅、耿直等組建靖國軍，通電全國，護法討陳。1918年2月10日，靖國軍張義安、董振五、馮子明、李虎丞等部攻至西安南郊，以西營盤和薦福寺為據點攻打陳樹藩軍。陳亦調重兵反攻，包圍靖國軍，薦福寺成為戰場，嚴重受損。
1923年，陝西省佛教會在薦福寺籌設普通僧學校，推宏純法師主持。當時由各居士為僧學校捐資，購《頻伽正藏》及影印日本續藏各一全部，後來講堂桌凳雖已備妥，卻終未能開課。
1926年，被驅逐的原陝西省長劉鎮華，在吳佩孚、閻錫山支持下，於河南重建鎮嵩軍攻陝。2月，鎮嵩軍在靈寶、函穀關一帶消滅國民二軍大部，入潼關，進逼西安。4月1日，國民二軍、三軍在三原縣召集駐陝各部高級將領會議，決定聯合組成陝軍，抗擊鎮嵩軍，由李虎丞、楊虎城統一指揮；其後，陝軍劉文伯旅宋錫侯團在薦福寺防守。鎮嵩軍兵臨城下，雙方激戰至六日，戰況愈烈。由於薦福寺據點是陝軍在郊外突出的戰略要地（據老年人回憶，小雁塔上曾架設機槍封鎖由草場坡向南門進攻之鎮嵩軍），竟三失三得。為了加強防守，調兵員、彈藥不足的宋錫侯團回守南城牆，王誌茂團守南關，李定五團放棄三秦公學、黃雁村等處，守薦福寺、東西夏家莊、焦家村至東南城角一帶，李定五團將團部駐紮在薦福寺內。至11月27日，鎮嵩軍敗退，西安圍解。在長達半年的激戰之中，薦福寺與小雁塔又一次受到嚴重破壞。