在社會主義市場經濟體製下，本流域內的城市正處於由傳統的封閉型工業生產城市向經濟型、開放型和以第三產業為主的城市格局轉變，從單體城市（自我發展為主）向相互依托、相互發展的城市群體轉變的過程中。隨著流域經濟發展和三峽工程的建設，本地區城市化水平也將進一步提高，區域和城市經濟結構正發生重大變化，城市發展麵臨著許多新的矛盾和問題。
城市化與工業化協調發展、同步推進，甚至超過工業化的速度，是世界各國的普遍規律。長江流域各省區中尤其是江蘇、湖北與浙江等省的經濟指標在全國處於領先地位，但城市化水平卻明顯偏低，僅為18%耀25%，不少省、市地區低於全國平均水平（23.1%），與國際標準相比，差距更大。城市化長期滯後於工業化，導致城市經濟結構不合理，基礎設施不足等一係列經濟、社會發展中的結構性矛盾和問題。城市化滯後，實際上又製約工業化的發展，製約科學技術進步和勞動者技能的全麵提高，影響工業技術裝備、生產工藝和市場的培育，阻礙第三產業的發展，使城市的規模集聚效應得不到有效發揮。城市化滯後，還影響農業和農村的現代化，影響農村勞動力非農化的進程與小城鎮建設的速度。
城市規劃對城市發展與建設的指導作用不強。20世紀80年代以前，長江流域內許多城市規劃的製定脫離了實際，人為壓低規劃的人口規模，致使實際人口大大突破規劃的人口規模，造成城市基礎設施嚴重不足。近期，個別地區又出現脫離客觀實際、超越現實可能的傾向，把發展目標定得過高，如十堰市和蕪湖市。一些大城市人口和產業過度集聚，造成大城市病日趨嚴重。小城鎮建設自成體係，帶來盲目攀比、重複建設，結果還形成小城鎮工業結構與大中城市趨同，工業的高度同構導致在市場上的過度競爭。
城市建設中反映最集中、最突出的是資金問題，城市建設資金是決定城市發展速度快慢、規模大小、標準高低的重要因素。由於資金嚴重不足，給城市建設和發展帶來諸多困難。
沿江那些重工業、重化工城市，城市地表水、大氣環境受到較重或嚴重汙染，生活垃圾、交通噪聲汙染也日趨嚴重。城市綠地空間不足，居民生活環境質量較低，城市水土流失問題也日趨突出。致使河道、湖泊嚴重淤積。1998耀1999年連續兩年長江流域發生特大洪水是沉重的教訓。
在我國社會經濟發展的新階段，本流域城市總體發展必須結合國家的產業政策、區域經濟發展戰略、城鄉經濟一體化建設以及逐步縮小中西部差距等策略性任務。同時要大力提高城市經濟運行機製與管理水平，保持城市發展中的等級體係、合理規模結構和改善城市生態環境等。從目前來看，長江流域城市發展中要逐步解決這些突出問題尚需作出巨大的努力，任務還十分繁重。
根據國家建設部有關資料預測，2010年我國城市化水平將由2000年的28.6%提高到32%左右；2020年提高到40%耀45%；2040耀2050年提高到55%耀60%。2020年全國的城市數量將由2000年的645座增加到800座，建製鎮將由1.6萬個發展到2萬個。從全國發展的思路出發，長江流域城市化總體發展水平應略高於全國平均水平，在長江中、下遊經濟發達地區要大大超過全國平均水平。在我國正在建設社會主義市場經濟新體製與實行全方位對外開放，城市發展日益走向國際化的新形勢下，對於長江流域的城市建設提出更高的要求。
對長江流域一些城市與區域經濟發展資料的分析表明，城市地區計算出的城市化水平不能盲目追求西方發達國家的高指標，依據我國的國情，城市化水平達到60%耀65%應是我國的最終目標。中國幅員廣闊，具有一定豐度的資源，發展潛力巨大；但中國人口多，耕地少，人均經濟實力和人均資源總量均遠不及發達國家。目前中國人均耕地僅0.11平方公裏，不及世界人均耕地0.25平方公裏的44%，全國還有666個縣（區）人均耕地低於聯合國糧農組織規定的0.05平方公裏的警戒線。這就要求我們必須充分考慮土地資源的合理分配，要重視我國有限的土地資源尤其是耕地的保護，不能造成糧食供求關係的緊張局麵。如果城市規模失去控製、縣鄉鎮企業占地過大、盲目搞工業區、開發區以及到處建設高等級公路，勢必造成土地資源的枯竭。因此，提高城市化水平應該適度。
在相當一個時期內，我國城市化水平應當界定在50%左右為宜。長江流域包含十個省市，城市化水平各地不一，大致也要界定在50%耀55%。目前，長江流域一些省區地方政府的長遠發展戰略中提出的城市化水平基本上偏高，如江蘇省提出2010年城市化水平達60%，湖北省提出50%，安徽與江西省提出45%耀50%等等。一是時間過於急促，10耀15年內要從目前的30%、25%的比重提高到50%耀60%的水準，從條件評估看是不可能的；二是缺乏合理的分析論證，特別是對用地、人口與環境容量缺乏分析，缺乏空間上的橫向比較和時間上的縱向比較；三是沒有從投資規模與投資來源進行分析，缺乏科學依據。
不少地區結合城市規劃做了城市體係綜合規劃，但有許多主觀隨意性，科學分析不夠。如江蘇省關於城市化比重，省政府的發展戰略提到，2010年全省城市化水平要達到60%，而目前全省總人口6908萬人，城鎮非農人口僅有1683.3萬人，城市化水平僅24%，15年後江蘇總人口可達7500萬人，城市化水平如達60%就要有4500萬人居住在城鎮地區，15年內城鎮人口還要增加2900多萬人，意味著城市區域要擴大2900平方公裏，增加約4600多億元的基本建設投資（以每平方公裏七通一平的投資為1.6億元計算），顯然不可能。增加城鎮人口必須投入巨額資金，同時增加對土地、水資源和交通方麵的巨大壓力。從每個城市的人口容量、環境容量、用地平衡以及城市環境、支撐體係（特別是用地、水資源、能源交通等問題）綜合分析，江蘇城鎮拓展的空間有限，這樣的誤導，有可能走向“欲速則不達”的窘境。
發達國家如北美、西歐都很重視區域規劃或國土規劃工作，並在這一規劃指導下做好城鎮體係規劃及城市總體規劃。德國的萊茵河流域規劃、魯爾地區重化工區的國土規劃以及美國的田納西河流域規劃都卓有成效。例如德國的區域建設規劃做得較細，可操作性強，主要分為三個層次。第一層次，屬於聯邦政府原則的區域規劃，它根據國家發展的總體方針與政策，以及各州或跨州區域的資源與區位特點，采用點軸增長理論來製定區域規劃，解決大區域範圍內社會經濟發展總體目標、產業布局、基礎設施和城市布局以及重大工程項目，對地方政府具有很強的指導作用。第二層是州政府的區域規劃，內容包括大中城市、工農業、金融、貿易、旅遊區、綠化區、住宅區和交通運輸布局等。第三層次是基層的縣市以下的區域規劃，是聯邦政府和州政府的實施性規劃，比較具體，易於操作。德國采用點軸法區域發展模式，即把幾個有不同產業功能的中心城市通過交通線連接起來，結合土地利用規劃，劃出城市區域、農業保護區、自然生態保護區以及可以作為將來的工業開發區等等。創造良好的生態環境。防止大城市人口、工業過分集中，減輕地區環境汙染的壓力，提高自然界的自淨能力，促進各地區的城市職能分工以及城鄉協調發展。
從長江流域大範圍看，國家在沿海以及中西部地區生產力布局的發展主軸線和城市的等級體係已經形成基本框架。從全國看，沿海開放地帶是我國經濟布局（區域規劃）的第一條主軸線；沿長江幹流地帶是我國經濟地帶的第二條主軸線；而隴海――蘭新鐵路沿線和黃河中上遊若幹個經濟核心區是第三條主軸線。其中長江三角洲以上海為龍頭、加上南京與杭州的兩翼發展，構成我國經濟最發達、城市產業最集中、工業化、城市化水平最高的地區，未來的發展潛力巨大，說明長江流域在全國經濟發展中的戰略地位。同時按照點軸布局的模式，長江流域城市體係中的主體部分以及其他次一級中心城市也很明確。城市密集區域內城市群體的地理分工、職能互補以及城市等級體係也比較清楚。第一層次應當是上海這個具有國際性城市特征的大經濟中心；第二層次為武漢、重慶、南京等具有全國意義或大區域發展中心地位的城市；第三層次為杭州、南昌、成都、長沙、貴陽、昆明、合肥等省一級的經濟中心城市；第四層次為各省專區地方一級的中心城市。這樣逐步形成沿海、沿江、沿邊和內陸開放城市等全方位、多層次的對外開放格局，為整體長江流域的規劃與建設注入了巨大的活力。
城市如何合理發展？有很多內在規律性，要不斷地認識它、運用它、掌握它。例如，從宏觀分析看，一個城市的發展不能就一個城市論城市，應當跳出城市進行區域分析，從城鎮體係、城市群的發展、從市場經濟進行分析，並善於對城市的曆史演變、擴展規律、資源情況與產業結構的轉型等進行分析，研究城市的集聚與擴散規律，從更高層次去看城市用地擴散問題。
城市總體規劃中，最重要的就是合理地確定一個城市未來（10耀20年）的人口、用地規模及其城市功能問題。我們考察的一些城市，城市人口規模偏大，計算得不合理，指標偏高。例如合肥市市區目前人口僅有100萬，2010年要發展到160萬人，2020年要發展到200萬人（不含流動人口）；合肥市從1950年的20萬人發展到2000年的130萬人，50年中城市人口增加110萬人；今後20年中城市人口要增加90萬人，實際是不可能的。其主要原因：合肥工業基礎薄弱，不是經濟實力雄厚的城市；合肥處於交通支線上，不是主樞紐；改革開放較遲，區位不優越，外商投資少；周圍的縣市經濟發展水平低，自身的輻射能力不強；中央在合肥投資的力度不大，基礎工業不發達。長江中下遊地區的一些城市如十堰、阜陽、九江、蕪湖、揚州、江陰等都有類似的情況，人口與用地規模偏大，常熟市目前僅30萬人左右，未來十年內要由目前的25平方公裏建成區擴大到80平方公裏也不可能。另外，目前人口規模僅有30萬人的阜陽市、36萬人的十堰市在今後10耀15年內發展到100萬人的特大城市，也不符合城市發展的客觀規律。首先，這些城市的非農人口從何來？用地又如何考慮？還有，建設資金如何籌集？在沒有考慮這些問題的前提下，主觀臆斷城市的規模是不科學的。我們認為今後城市規劃的指標應當適度，符合國情。就是在21世紀，城市規模也不能過大，造成城市用地上的浪費。
在調查過程中，不少開發項目、建設項目的論證審批製度不健全、不嚴格。一些城市出現重複建設項目，據規劃部門反映，主要原因在於大多數建設項目的可行性論證都是“可行的”，而且還有些項目“先施工後論證”，有些項目則是“首長項目”無需論證，因此造成中國的基本建設投資浪費驚人，效益不佳。近幾年來南京、上海、無錫、南昌、武漢等許多大城市的中心區高層建築不斷湧現，其中相當一部分屬於超前建設的賓館、大廈、購物中心與娛樂中心，很多大樓被閑置，利用率低，致使全國建設資金周轉率、利用效果降低。如南京近幾年來建設的高檔賓館、飯店空房率高達40%左右。因此，建設項目真正走上法製軌道，才能加快城市現代化的建設步伐。
從區域經濟發展與地理分工的角度分析，省會以上的大城市大部分都是區際性的經濟貿易中心，交通樞紐、科技文化與信息金融方麵的中心，具有較強的中心城市作用，承擔著區域經濟發展的重要作用。改革開放後，黨中央國務院一直在探索提高中心城市的作用問題，特別是提高中心城市在區域經濟活動中的管理職能與組織作用，並相應地實施一係列體製改革、計劃單列、市帶縣的體製等等。已經收到比較明顯的社會經濟效果。長江沿岸的上海、南京、武漢、重慶等城市都是國家體製改革的試點城市，十多年來在帶動區域經濟發展方麵起到了中心城市的作用，今後仍需在以下幾方麵進一步加強。
努力提高城市經濟效益和國際競爭能力，強化城市綜合生產功能。城市是工業經濟的集聚中心，城市的綜合功能主要體現在工業基礎上，也要體現在擴大再生產的能力上。而擴大再生產的能力，一要體現在本身的資金積累、擴大固定資產；二要體現在技術能力和信息傳輸的強度上。如上海這幾年工業生產能力都很強，大多數年份都占全國各大城市之首，2000年工業總產值達5045.9億元，財政收入達288.5億元；南京是全國重要的基礎工業基地，工業產值也達到1224.7億元，超過與南京城市規模相當的哈爾濱（717.6億元）、重慶（976.8億元）和成都（954.3億元）等。長江流域這些超級城市或大城市（無錫、蘇州、寧波等）都是我國大中型企業集中的所在地、也是外商投資較多的城市，在經濟體製轉軌與對外開放過程中，相當一部分企業轉換了經營機製，並通過技術改造提高了產品的市場競爭能力。
在提高城市生產功能的同時，更加突出城市的服務功能與外向功能。在市場經濟體製下，城市經濟國際化與第三產業社會化、現代化的要求越來越高。城市的服務功能與外向化服務是促進城市的加工工業生產要素與外貿商品的流動發達的重要核心，市場經濟的活力就在於通過要素流動實現資源的優化配置。為此，特別是像長江流域上海、南京、武漢、重慶四大經濟中心加速市場體係的培育，主要包括金融與資本市場、房地產市場、科學技術與信息市場等，在與全國主要的經濟中心及其他世界貿易港口城市相互聯係中起到樞紐與“窗口”的作用。例如上海市，作為全國重要的經濟中心與航運中心，必須加強城市的外向功能。上海市政府提出：“以上海浦東開發開放為龍頭，進一步開放長江沿岸城市，盡快把上海建設成為國際經濟、金融、貿易中心之一，帶動長江三角洲和整個長江流域地區經濟的新飛躍。”這一重大戰略決策，確定了上海城市發展的基本方向為除加強生產功能外，還要加強城市的服務功能與外向功能，使上海盡快與國際接軌。隻有這樣才能使上海基本形成國際大城市的經濟規模和綜合實力，基本形成具有世界一流水平的現代化城市格局，基本形成同國內外廣泛聯係的全方位開放態勢，基本上形成適應國際競爭需要的市場經濟運行機製和運作方式，基本形成具有高度文明的社會文化結構和社會風貌。