確如所料，二月初，太平軍忠王李秀成率軍萬人，渡過長江，試圖第三次解天京之圍，但被早有防備的湘軍擊退。差不多也在這個時期，與天朝政權決裂的石達開所部，入川後，遭到川軍圍追堵截，覆沒於大渡河畔。
安徽境內，自陳玉成率領的太平軍被殲滅後，撚軍和苗沛霖武裝集團成了清軍重點剿滅的對象，這兩股反清武裝集團，曾經受到幾次打擊，而元氣未傷，尤以苗沛霖集團的實力最強。
苗沛霖，安徽鳳台人，鹹豐六年在家鄉辦團練，瘋狂鎮壓撚軍的過程中，招降納叛，吸收土豪惡霸，勢力越來越大，致使野心膨脹，妄圖把清軍擠出皖北，成為獨霸一方的軍事集團。勝保駐軍皖北剿撚，受招撫，投靠了勝保，去年隨軍赴陝平亂；勝保獲罪，苗沛霖由秦返皖，又打出反清的旗號，肆無忌憚地到處搶掠，仇官殺官，朝廷對其反複無常恨之入骨。
三月間，苗沛霖匪幫先後陷懷遠，圍壽州，攻蒙城，逼臨淮，竄擾於皖北、皖中廣大地區，氣焰十分囂張。
四月二日，朝廷命令僧格林沁配合曾國藩、劉長佑、吳棠階、張之萬、王昶熙、唐訓方各軍對苗匪幫進行“四麵兜剿，殲厥渠魁。”
廬州城地當衝要，仍然處在苗匪幫覬覦的危境中。馮誌沂首先責成各鄉縣調集民工，把破壞的城防工事予以修複、加固。繼之，修繕衙署、庠序、寺廟。經過大力整治，城內秩序逐步恢複，店鋪陸續開業，街上過往的人馬增多。此外，他還主動登門拜望了城內的耆宿、文士。
廬州城整治初見成效，又馬不停蹄到府屬州、縣視察，敦促地方官員酌情減免賦稅，扶持複耕，維持治安，務求盡快醫治戰爭創傷，一時江淮之人對他勤政愛民的風範，無不稱之道之。
接觸到基層，他才真正體會到領郡之官的責任重大，同時找出了江淮之地易生動亂的答案。憶起去年由陝赴皖，途經陳州（今河南淮陽），讀了旅店牆上的打油詩，心靈受到強烈的震撼，賦成《陳州道上讀逆旅題壁有感》：
嚐憶老氏言，民蓋不畏死。
何況鞭撲殞，瑣瑣乃及此。
終是愷弟人，溫言遍閭裏。
但勸急輸將，未忍遽敲比。
雖雲言感人，哀矜差勝喜。
翹首問蒼天，喪亂曷遄已。
溯自庚辛來，軍興逾一紀。
萑苻魁桀徒，所在揭竿起。
遺黎盡良懦，延息待鞭笞。
軍食所取資，秦晉豫蜀耳。
三秦土半焦，兩川兵未弭。
赫赫舊神州，完土今餘幾？
此亦兵燹餘，瞿然念桑梓。
詩的開頭，引喻了老子的名言“民蓋不畏死。”他認為，民之所以不怕死，蓋因曆來的官府不關心民間疾苦，實施暴政，逼得老百姓像春秋時期鄭國的災民那樣，聚集於萑苻澤，落草為寇，導致揭竿起義。詩中痛心的指出，軍興十餘年來，用於平叛的糧餉，取資於秦、晉、豫、川數省，造成那些地方兵未弭而土半焦，皖省同樣飽曆戰亂浩劫，瘡痍滿目，四顧神州大地，幾無完整的疆土。
四月十三日，湘軍揆帥曾國藩，用完早餐，稍休片刻，開始審閱公牘，閱畢，隨便翻看了當地文士們的贈詩，在署名馮焯的八首詩後批了“清穩不俗”四個字，於是傳喚幕僚程鴻詔，問：“伯（程的字）你是安徽的，認識馮焯這個人嗎？”
答：“回大帥的話，伯認識；不過，他不是安徽的，是山西代州人，與魯川師同宗，現任潛山縣天堂鎮巡檢，職位不高，倒卻才識有餘，大帥如有雅興，在下還帶著他祖上的詩集刻本呢。”
曾國藩打開《馮氏詩彙》看了序文，自言自語道：哦，子明（馮焯的字）乃代州秋水先生的後裔，五世祖馮光裕任過我們湖南的巡撫，曾祖馮廷丞湖北按察使，祖父浙江某縣令，“原來如此，其家世淵源有自也。”（《曾國藩日記》）