農民專業合作社清算，指農民專業合作社解散後，依照法定程序清理合作社債權債務，處理合作社剩餘財產，使合作社歸於消滅的法律行為。《民法通則》第四十條規定，法人終止，應當依法進行清算，停止清算範圍外的活動。清算的目的是為了保護合作社成員和債權人的利益，除合作社合並、分立兩種情形外，合作社解散後都應當依法進行清算。
因章程規定的解散事由出現、成員大會決議解散或者依法被吊銷營業執照、被撤銷等原因解散的，應當在解散事由出現之日起十五日內由成員大會推舉成員組成清算組，開始解散清算。逾期不能組成清算組的，成員、債權人可以向人民法院申請指定成員組成清算組進行清算，人民法院應當受理該申請，並及時指定成員組成清算組進行清算。清算組是指在合作社清算期間負責清算事務執行的法定機構。合作社一旦進入清算程序，理事會、理事、經理即應停止執行職務，而由清算組行使管理合作社業務和財產的職權，對內執行清算業務，對外代表合作社。清算組自成立之日起接管農民專業合作社，負責處理與清算有關未了結業務，清理財產和債權、債務，分配清償債務後的剩餘財產，代表農民專業合作社參與訴訟、仲裁或者其他法律程序，並在清算結束時辦理注銷登記。清算組成員應當忠於職守，依法履行清算義務，因故意或者重大過失給農民專業合作社成員及債權人造成損失的，應當承擔賠償責任。農民專業合作社清算工作的程序是：
（1）通知、公告合作社成員和債權人。合作社在解散清算時，由清算組通知本社成員和債權人有關情況，通知、公告債權人在法定期間內申報自己的債權。為了順利完成債權登記、債務清償和財產分配，避免和減少糾紛，《農民專業合作社法》對清算組通知、公告合作社成員和債權人的期限和方式作了限定：清算組應當自成立之日起十日內通知本社成員和明確知道的債權人；對於不明確的債權人或者不知道具體地址和其他聯係方式的，由於難以通知其申報債權，清算組應自成立之日起六十日內在報紙上公告，催促債權人申報債權。但如果在規定的期間內全部成員、債權人均已收到通知，則免除清算組的公告義務。債權人應在規定的期間內向清算組申報債權。具體來說，收到通知書的債權人應自收到通知書之日起三十日內，向清算組申報債權；未收到通知書的債權人應自公告之日起四十五日內，向清算組申報債權。債權人申報債權時，應明確提出其債權內容、數額、債權成立的時間、地點、有無擔保等事項，並提供相關證明材料，清算組對債權人提出的債權申報應當逐一查實，並作出準確詳實的登記。
這裏需要說明的是，如果清算組在此間對已經明確的債權人進行清償，有可能造成後申報債權的債權人不能得到清償，這是對其他債權人權利的嚴重侵害。
（2）製訂清算方案。清算方案是由清算組製定的如何清償債務、如何分配合作社剩餘財產的一整套計劃。清算組在清理合作社財產，編製資產負債表和財產清單後，應盡快製定包括清償農民專業合作社員工的工資及社會保險費用，清償所欠稅款和其他各項債務，以及分配剩餘財產在內的清算方案。清算組製定出清算方案後，應報成員大會通過或者人民法院確認。
（3）實施清算方案。清算方案經農民專業合作社成員大會通過或者人民法院確認後實施。清算方案的實施必須在支付清算費用、清償員工工資及社會保險費用，清償所欠稅款和其他各項債務後，再按財產分配的規定向成員分配剩餘財產。如果發現合作社財產不足以清償債務的，清算組應當停止清算工作，依法向人民法院申請破產。
（4）清算結束辦理注銷登記。這是清算組的最後一項工作，辦理完合作社的注銷登記，清算組的職權終止，清算組即行解散，不得再以合作社清算組的名義進行活動。