對官員廉貪的考察是明代考課製度的一項重要內容，並且位於考項之首。而明中葉以後，考語和舉劾嚴重失實，使考察逐漸失去激濁揚清的作用。張居正為此提出：吏部、都察院監督撫按，撫按的考語失實，則以“不稱職”予以處罰；內閣、六科監督吏部、都察院，發現考語失實，同樣以“不稱職”處罰。這樣層層負責，層層監督，各相關部門不敢以虛偽的方式蒙騙上級。萬曆二年（1574），在張居正的建議下，明朝在文華殿設內外職官書屏，列天下中高級文武官吏，每官一帖，十日一換，盡可能如實反映其任職情況，便於皇上和內閣直接了解、監督官吏。
張居正柄國伊始，即雷厲風行地懲治貪汙腐敗，清洗了一批奸邪庸碌之人。吏部左侍郎魏學曾因貪賄徇私被劾，調往南京；江油知縣侵帑二千餘金被判處死刑；河南、陝西兩省按察僉事因貪虐削籍。這些果敢嚴厲的措施，表現了張居正懲治腐敗、“廓清濁氛”的決心和魄力。萬曆初，神宗屢次嚴令懲貪追贓，張居正提出，對違法犯贓者，“不問官職崇卑，出身資格，一律懲治，必定罪而毫無赦免。”在張居正柄國的十年間，據《國榷》記載，關於懲貪的敘述有十六處，涉及各級官吏、軍官以及擾民的宦官。其中比較突出的是萬曆二年正月，將“貪酷異常”的保定知府賈淇等十八人依法給以嚴懲。
在懲貪的同時，張居正竭力倡廉舉能。他認為，選拔官吏應該“以操守為先”，廉潔且有能力者為最佳人選。他還主張不循資格，不惑浮譽，官吏黜陟皆繩之以品行與才能，並向神宗建議恢複中斷已久的皇帝麵獎廉能的製度。萬曆初，廉能者“不次超擢”，脫穎而出。如浙江布政使謝鵬舉為政廉能，政績卓著，升任右副督禦史巡撫浙江、戶部右侍郎，擔當起懲貪倡廉的重任。吏員出身的黃清，被譽為“天下第一清官”，張居正不顧流俗議論，調他任兩淮鹽運司同知。他主持漕運工程，節省費用，政績顯著。
奢風與貪風相長，懲貪必須抑奢崇儉。封建時代，帝王之舉動，為萬民所瞻，士大夫所效。因此，張居正一直諫說神宗恤財節用。他說：“臣朝夕所忠告於上者，惟以節約愛民為急務。”神宗興修宮殿，增派織造，強取內帑，屢屢遭到他的強諫。如萬曆七年（1579）春，皇帝諭令取用光祿銀十萬兩，張居正勸阻不及，毅然上奏諫言道：“財政有限，而消費無窮。此後希望皇上力行節儉，若再取用國庫，臣也決不敢奉詔了。”在他的堅決抵製下，萬曆初宮中許多不該浪費的錢財，較前有所減少。
在張居正獨柄國政期間，懲治腐敗是其為政的一項重要內容，並取得了很大的成效，在一定程度上為改革的順利推行和扭轉國勢衰微的局麵奠定了基礎。
其次，在整頓吏治的同時，張居正還大力開展開源節流的經濟改革。張居正執政之初，就麵臨相當嚴峻的經濟形勢。隆慶五年（1571）。全國稅收總計為250萬兩，而支出竟達四百多萬兩，整個國家陷入了財源枯竭、入不敷出的困境。為了挽救財政危機，張居正從開源和節流兩個方麵著手，對帝國財政大加整頓。在節流方麵，他起用水利專家潘季馴治理黃河。潘季馴采用堵塞決口、加固堤防的辦法，束水攻沙以使河道暢流，基本上緩解了困擾多年的水患，從而節省了巨額的河政開支。張居正還通過整頓驛遞製度，縮減政府每年的大量支出。原來，有明一代在交通幹線上都設有驛站，照例為來往官員供應車馬食宿。在明初，政府對驛站的管理相對較嚴，文武百官非軍國大事不得使用。此後，使用驛站的條例日漸廢弛，幾乎所有官吏及其親屬都可以隨便使用，這自然增加了政府的開支。有鑒於此，張居正竭力革除驛傳之弊，規定官員非奉公差不許輕擾驛遞，違者參究，內外各官丁憂、起複、升轉、改調、到任等項，均不得動用驛傳，以厘革驛遞冗費之弊。
為了開辟財源，增加帝國的財政收入，張居正還重新丈量土地，改革稅製。
明初，田賦及力役的征調，主要依據記載田畝的“魚鱗冊”和記載戶口的“黃冊”，以後，隨著土地的不斷兼並，人口逃亡，這一製度已遭到破壞。到了明中葉，出現了一種矛盾現象，一方麵是人丁不斷增加，荒野土地不斷開墾為耕地，但是全國田畝額數以及戶口數反比建國初期減少，政府實際所能征收的賦稅也相應的日益減少。另一方麵是“冗員日多”，官吏的祿米有增無減，王室的揮霍浪費也與日俱增，結果朝廷的財源枯竭，收支失去平衡。
土地的兼並和欺瞞，丁口的逃亡和戶籍的紊亂，造成賦役負擔嚴重不均，加重了貧苦農民的賦役負擔。因為官僚地主霸占民田，卻想方設法把賦稅以各種方式轉嫁到農民身上，加劇了社會矛盾。當時流傳的一首民謠說：“富家得田貧納租，年年舊租結新債”，就是這種不合理的社會現實的反映。
久居官場的張居正深刻地認識到，這一社會矛盾的根源在於貴族豪紳，他們依仗權勢，侵占民田，而且勾結奸猾的官吏隱瞞田畝以逃避賦稅，因之導致“私家日富而公家日貧，國匱民窮”。為了維護封建政權的經濟基礎，張居正決心進行改革。他選派精明強悍的官員嚴行督責，在全國重新丈量土地，清查漏稅的田產和追繳欠稅。他任用張學顏製訂《會計錄》和《清丈條例》，頒行天下，限令三年內各地要把清理溢額、脫漏、詭寄等項工作辦妥。到了萬曆八年（1580），據統計，全國查實征糧田地達七百多萬頃，比弘治時期增加了近三百萬頃，朝廷的賦稅收入也因而劇增，國庫充盈。
為了進一步改變嚴重的賦役不均，減輕無地或少地的農民的浮稅，適應社會經濟發展的新形勢，張居正在清丈土地的基礎上，實行了賦役製度改革。萬曆九年（1581），張居正通令在全國推行“一條鞭法”。這是自唐朝行“兩稅法”以來，我國賦稅史上的又一次大改革。