有一天，延平府知府率一班官員到縣學來視察，按習慣，縣學裏從學生到教諭都要跪著迎接。而海瑞卻隻作揖為禮，不肯下跪，站在他兩邊的訓導，自然沒有這勇氣，早已跪下，三個人兩邊兩人都跪下，唯海瑞挺立著，很像是一個筆架。官員們對他不滿，又不好正麵訓斥他，便稱他是“山字筆架”，以後便有人以此相稱，稱他筆架博士。
這件事發生後，海瑞感到十分憤懣，自己以祖宗成法為模式，教導學生崇尚氣節，何錯之有，竟得不到上司的理解。聯想自己多年苦讀，處處以“聖賢之道”作為立身之本，將氣節看得比自己生命還重要，誰知，剛剛踏入官場便橫生枝節，在區區禮節問題尚不能見諒，遑論日後施展自己的抱負。真是“缺陷世界，何能有濟”！書生意氣十足的海瑞越想越想不通，一氣之下，竟提出辭呈，上交郡衙，想就此告辭還鄉，獨善己身。海瑞的辭呈送至延平府後，一些地方長官想起當日情景，餘怒未消，極力主張同意海瑞的要求，允其解除公職，放其還鄉了事。
眼見海瑞仕途生涯即將結束，情況卻出現了根本的轉機。當時的延平知府在看到海瑞的辭呈後，慚愧不已地說道：“海瑞之言行均合祖製，是吾等行事之誤也。”更加幸運的是，當時大司空朱衡（字鎮山）正為福建按察司提學副使（時稱“學憲”），聞聽此事後，對海瑞的氣節人品非常讚賞，當即將海瑞召來，命就正學書院進修。海瑞依然要求離職，朱鎮山寬慰他道：“汝自幼飽讀詩書，究竟為何？汝出任公職，究竟為何？難道就為爭一跪之禮而全部放棄嗎？”這話使海瑞有些醒悟了，他平心靜氣一琢磨，難道就為此事而永遠歸居田野，不入俗塵了嗎？這當然是誌在愛民行道的海瑞無法接受的。就這樣，在朱鎮山的勸導與挽留下，他才打消了辭歸鄉裏的念頭。
在此風波之後，海瑞依然堅持自己的主張，在學堂之內對上司不行跪拜之禮。又有一次，福建按察使長官到延平府視察，海瑞率領眾位學生迎候於縣學門外，有位分守道的官員早到一步進入大門，見海瑞昂然不跪，十分驚訝，便問隨從這位長揖不跪的人是誰，隨從答曰：“此乃海教官。”這位官員便命隨從暗中觀察，想看一看海瑞見到按察使長官的態度。結果，按察使長官進門時，海瑞依然故我，保持長揖不跪的姿勢。這位官員知道後，不禁吐舌歎服道：“今日之世竟有此等教官！”海瑞的名聲從此在四處傳揚，不少過往的官員也都知道南平有一位“海筆架博士”。
海瑞任教官的四年間，一直堅持自己剛直不阿的立場，實屬難能可貴，而我們為之慶幸的是，海瑞的正直抗爭固然引起了一些官員的非議與憎惡，但卻贏得了不少士大夫的交口讚歎，後者認為如此剛直守道、不畏權勢的教官，恐怕隻有在古人之中才能找到。因此，海瑞不畏權勢、昂然犯顏、獨守己道的行為不僅沒有為自己招來罷官的厄運，而且使自己的聲望漸起；不僅當地官員默認了他正直的行為，而且“守相台察以上，鹹鑒涵之矣”。這不能不說是海瑞的幸運。他得到了高度的評價：“以禮為教，其講論道德以及經義治事，一一實事求是，不為俗學所染，是教職中最難得者。”因此，巡按、監司等官員紛紛上書舉薦海瑞。於是，海瑞於嘉靖三十七年（1558）升遷為浙江淳安縣令，開始施展自己的政治抱負。