徐有貞等人唆使言官誣蔑於謙陰謀迎立襄王（英宗的叔父）的兒子為太子，定於謙為“謀逆”死罪。卷疏上報英宗，英宗本人也覺處置太過，說道：“於謙實有大功於國家。”徐有貞迫不及待地上前言道：“不殺於謙，今日之事無名。”聞聽此言，英宗頓時語塞。
這一句話深深地刺痛了英宗的心，這位重新複出、頗有喜色的君王登時回想起“土木之變”後自己親身經曆的種種不堪回首的日子。他自然不會忘記於謙那著名的“社稷為重，君為輕”的主張，英宗沒有將由寵任王振而使王朝百姓慘遭塗炭的責任攬在自己身上，卻把自己所受的磨難歸咎在於謙身上。他對於謙的仇視是可想而知的。於謙是不歡迎他朱祁鎮作皇帝的，“奪門之變”可以說是非法的叛亂，如不橫下一條心，這皇帝寶座怎麼坐得下去呢？想到這裏，英宗殺機頓起，命將於謙等人在東市處斬。
麵對莫須有的誣陷與栽贓，麵對無恥之徒的挾私報複，於謙並不是不想抗辯與申訴，但他心裏明白，自己是逃不過英宗這一關的。同樣，滿朝文武大臣也十分清楚這一點，他們之中雖不乏良知未泯之士，但誰也不敢在此時抗顏強辯，為於謙鳴不平，根本原因就在於他們與於謙一起擁立景泰帝，在對待英宗的態度上也是模棱兩可，他們同樣害怕英宗追究。因此，於謙之死，從根本上說是有關皇帝廢立的政治問題，擁立並忠於景泰帝的於謙在英宗複位之後，隻有死路一條，這也是素稱“剛烈忠義”的於謙無奈的結局。他保全了社稷，卻無法保全自己的性命。
應該承認的是，在奉迎英宗的問題上，於謙確實猶豫再三，同樣著眼於江山社稷，在選擇的天平上，於謙是傾向於景泰帝一邊的，他對英宗的昏庸與妄為不可能沒有自己的評價和看法，也就在這一點上，於謙為自己掘下了危險的陷阱。在封建王朝中，隻有專製帝王對其臣子有生殺予奪的大權，而不存在臣下選擇帝王的自由，否則就是大逆不道。這就是於謙悲慘結局的症結所在！
在殺害於謙的同時，徐有貞、石亨、曹吉祥等官僚又大搜所謂於謙黨人，榜示天下，把於謙平時舉薦、重用的一些官員、將領加以殺害、謫戍、罷官。一些希圖取寵上爬的卑鄙小人無不以攻擊於謙為進身之階。這樣還不夠，他們又大改於謙創立的一些製度，連團營也被罷廢，恢複原來的三大營。由於發動“奪門之變”之功，徐有貞、石亨、曹吉祥等佞臣得到英宗的重用。這些小人得誌之後自然忘乎所以，擅作威福，曾橫肆一時。
更具有諷刺意味的是，英宗複辟後，思念王振，下詔恢複王振的官位，並以木頭刻成王振的形狀，招魂安葬，祀其牌位於智化寺，賜其祠名為“精忠”，英宗這種是非顛倒的行徑真令後人悲歎！
但是，烏雲遮不住太陽，正義最終會戰勝邪惡。徐有貞、石亨、曹吉祥等奸佞亂臣受到了應有的懲罰，於謙後來也得以平反昭雪。明憲宗借用李薦之語讚於謙曰：“皇天後土，鑒生平忠義之心；名山大川，還萬古英靈之氣。”明孝宗弘治帝以為於謙“能為國家建大議、決大事而成非常之功”。明神宗萬曆帝以於謙“有鞠躬報國之節，有定傾保大之勳”，諡曰“忠肅”。後又“祠於謙‘忠節’”。於謙被尊稱為“於忠肅公”，受到後人的景仰。